Охрану железнодорожных станций и сооружений и всех мостов осуществляли подразделения 9-й железнодорожной дивизии НКВД (командир — полковник В. Н. Истомин, начальник штаба — полковник Л. С. Булгач). В ее составе было четыре полка: 58-й ЖДП (командир — капитан М. И. Александров, штаб и бронепоезд № 58 — в Белостоке), 60-й ЖДП (командир — подполковник Г. В. Филиппов, штаб — в Бресте, бронепоезд № 60 — в Колодищах), 83-й ЖДП (командир-майор А. С. Загудаев, штаб и бронепоезд № 83 — в Риге) и 84-й ЖДП (командир — майор И. И. Пияшев, штаб в Вильнюсе, данных о наличии бронепоезда нет). Управление дивизии также располагалось в Вильнюсе. Конвойные функции выполняли части 42-й конвойной бригады (командир — полковник Ванюков, штаб — в Минске). Бригада состояла из 226-го (командир — майор Н. Я. Суховей, штаб — в Минске) и 240-го (штаб — в Вильнюсе, подразделения — в Вильнюсе, Каунасе, Шяуляе) конвойных полков и четырех отдельных конвойных батальонов: 131-го (штаб — в Белостоке), 132-го (командир — капитан А. С. Костицын, штаб — в здании кольцевой казармы цитадели Брестской крепости), 135-го (штаб — в Барановичах), 136-го (командир — майор П. А. Репринцев, штаб — в Смоленске). Впрочем, несмотря на кажущееся обилие частей НКВД, численность их была сравнительно невелика. Например, штатная численность подразделений Белорусского погранокруга с учетом собаководов, писарей, медиков и ансамбля песни и пляски составляла 19 725 человек, реально — известна численность отрядов, 18 074 человека. В 9-й ЖДД с учетом экипажей бронепоездов было 6524 человека. Если учесть, что ВСЕ войска НКВД, за исключением оперативных, были рассредоточены на огромной территории, собирать их воедино в силу специфики выполняемых задач было просто нецелесообразно, а после 22 июня — и невозможно, то не следует принимать на веру утверждения, будто бы они «коварно» концентрировались на западной границе исключительно для обеспечения «советизации» Европы, которой «надлежало» быть завоеванной Красной Армией летом 1941 г.
Несколько слов о командовании. Командарма-10 К. Д. Голубева, в числе слушателей первого набора окончившего вновь созданную Академию Генерального штаба РККА, и командарма-3 В. И. Кузнецова нельзя было отнести к «выскочкам», быстро и высоко взлетевшим по служебной лестнице в период с 1936 по 1940 г. Это были весьма опытные и грамотные командиры, без спешки прошедшие все ступени военного командования. Высшее военное образование имели и начальники армейских штабов генерал-майоры П. И. Ляпин и А. К. Кондратьев. В целом старший комсостав обеих армий имел неплохую военную подготовку, обладал опытом боевых действий в Гражданской войне и последующих локальных конфликтах (на реке Халхин-Гол, в Испании, Карелии, Китае), в их частях служило как минимум семь офицеров, удостоенных звания Героя Советского Союза. Но «чистка» комначсостава армии и флота, проведенная в конце 30-х годов Наркоматом внутренних дел, в значительной степени сковала инициативу и волю этих людей. Отстранения от должностей и аресты, проведенные весной и в начале июня 1941 г., моральный климат, ясное дело, не улучшили. Роковое стечение обстоятельств и собственные серьезные ошибки в управлении войсками не дали Голубеву и Кузнецову возможность использовать боевой потенциал частей и соединений своих армий в полной мере, что в совокупности и привело к разгрому и полному уничтожению белостокской группировки. Надо также заметить, что Голубев командовал 10-й армией сравнительно недавно. За несколько месяцев до войны он сменил генерал-майора В. З. Романовского так же, как генерал-майор А. А. Коробков в то же самое время вступил в командование соседней 4-й армией вместо генерал-лейтенанта В. И. Чуйкова. Оба снятых генерала блестяще проявили себя в годы войны, так что проведенная рокировка кажется по меньшей мере странной.