С началом русско-японской войны Колчак заторопился на «Петропавловск». Тем более, что на его борту находился штаб и самого Макарова! Но именно его решением Колчак был переведён вахтенным начальником на крейсер «Аскольд» и… чудом избежал смерти – вскоре «Петропавловск» подорвался на японской мине и прославленный адмирал погиб вместе с ним. С этого момента минная война стала почти делом жизни лейтенанта Колчака – он добивается перевода на минный заградитель «Амур», с трапа которого сойдёт уже командиром миноносца «Сердитый».
Человеку непосвящённому может показаться, что пришедший на флот молоденький мичманок командиром какого-нибудь артиллерийского плутонга так себе, ни шатко, ни валко, и добирается по выслуге лет до командирского кресла на ходовом посту. Ан нет – прежде, чем взяться за ручки машинного телеграфа, по службе приходится покувыркаться основательно. И апофеозом этих «кувырканий» является «собачья» должность старпома – буквально во всех смыслах собачья. Да ещё и под пристальным вниманием «отцов-командиров» – офицеров штаба флота. Потому-то командиров плутонгов на кораблях много, а в командиры этих кораблей выходит из них не каждый. Далеко не каждый…
Служба на миноносце началась напряжённая – та, о которой лейтенант Колчак и мечтал: бессменные, многосуточные дежурства на внешних рейдах по защите аван-портов и береговых укреплений, скрытные ночные рейды на постановки минных банок, траление мин противника под его ураганным огнём, рысканье по вражеским коммуникациям ради одного-единственного торпедного залпа, яростные артиллерийские дуэли, уходя от преследования… И – странное дело – Колчак, никогда при жизни адмирала Макарова не являвшийся его учеником в классическом понимании этого слова, был им признан на флоте безоговорочно! Но война есть война – ранения… госпиталя… Профессиональный, промозглый, «родом» ещё из Арктики, флотский ревматизм. Снова госпиталя. Временное списание по здоровью на берег… И – снова артиллерия: грамотная организация артиллерийской обороны Порт-Артура на вверенных ему участках! Потом – снова ранение, снова – госпиталь… Сдача Порт-Артура. Плен.
По возвращении из плена – снова госпиталь и длительный отпуск. Колчак с головой погружается в научную работу, систематизируя свои записи двух полярных экспедиций. Есть мнение, что занялся он этим исключительно из чувства вины перед другим величайшим исследователем Арктики – адмиралом Макаровым, план которого по спасению экспедиции барона Толля был отвергнут в пользу плана Колчака, но экспедицию, тем не менее, спасти так и не удалось. Пусть так. Но материалов-то оказалось столько, что для изучения их при Академии наук была создана специальная комиссия, работавшая с ними вплоть до 1919-го года! Самим же Колчаком до начала I Мировой войны на их основе было составлено несколько географических и климатических таблиц, издано более десятка монографий, написано множество статей…
В 1906-ом году Колчак приглашается принять участие в работе воссоздаваемого Главвоенмора – Главного Морского штаба. Вы вдумайтесь: не штабс – обер-офицер всего навсего! Лейтена-а-ант!.. И, не имея академического образования и не будучи в списках офицеров, причисленных к Генеральному Штабу, Колчак параллельно приступает к преподавательской работе в Морской Николаевской Академии!!! Лекции его вызывали такой потрясающий интерес, что его наперебой стали приглашать выступить в офицерских собраниях флотских частей и соединений. А после публикации в «Морском сборнике» его статьи «Какой нам нужен флот» Колчак был приглашён для прочтения доклада на заседание Государственной Думы. Эффект от него был совершенно непредсказуем – лейтенант Колчак стал постоянным членом думской комиссии по обороне, не будучи её депутатом!