В условиях глубочайшей секретности, которой способствуют только что принятый сухой закон и удаленность повстанческих общин от основных центров цивилизации, сапатисты весь 1993 год готовят эту войну. В коллективном заговоре участвуют десятки тысяч индейцев. В военной структуре САНО предусмотрены три уровня участия: базы поддержки — гражданские участники движения, оказывающие всяческую посильную помощь армии и принимающие участие в мирных мобилизациях, милисианос — проходящие курс военной подготовки в рядах САНО, но основную часть времени занимающиеся крестьянским трудом в общинах, готовые к мобилизации в случае тревоги или ведения военных действий, и бойцы — военные, постоянно находящиеся на своих базах в горах. Эта схема вовсе не является жесткой, и участники различных уровней могут по собственному желанию переходить с одного на другой. В число обязанностей бойцов САНО входит обучение письму и истории.
Весь 1993 год число рядов САНО растет. В Лакандонской сельве проводятся широкомасштабные военные учения, происходит накопление оружия и сбор информации о силах противника. Разведывательные службы федеральной армии кладут на столы правительственных чиновников первые донесения о наличии партизан на юге страны, но, поскольку признание этого факта может поставить под угрозу готовящийся к подписанию договор НАФТА, правительство предпочитает игнорировать или приуменьшать значимость этой информации. Никто не в состоянии представить себе масштабов готовящихся событий.
В первые часы 1 января 1994 года — дня, когда вступал в силу договор о НАФТА, — возникшие из ночного тумана и небытия истории тысячи вооруженных индейцев в масках занимают семь муниципальных центров Чьяпаса, включая главный туристический город штата — Сан-Кристобаль-де-Лас-Касас. Восставшие называют себя Сапатистской Армией Национального Освобождения, объявляют войну мексиканскому правительству и обязуются соблюдать международное законодательство о ведении военных действий. Восстание на юге Мексики становится информационной бомбой. Пока власти и мир пребывают в состоянии полной растерянности, сотни вооруженных и едва говорящих по-испански индейцев беседуют на улицах Сан-Кристобаля с удивленными туристами и горожанами. В словах восставших нет призывов к мести или ненависти. Их поведение, их взгляды и их слова значат одно — «Мы здесь». «Мы пришли». «Мы существуем». «Что вы дальше с этим будете делать?!». Единственный метис среди восставших, которого его товарищи называют субкоманданте Маркосом, — военный командир армии. Все въездные пути в город перекрыты сапатистами. Никого не впускают и никого не выпускают. Одна из туристок возмущается тем, что у нее срывается уже оплаченный тур к руинам города майя Паленке, находящимся поблизости. «Извините за неудобства, но это революция», — отвечает ей Маркос.
На следующий день, оправившись от неожиданности, федеральные войска атакуют Сан-Кристобаль и другие города штата, захваченные восставшими. В большинстве случаев, избегая прямых столкновений с войсками, сапатисты отходят в горы. В этот же день, 2 января отборные подразделения САНО атакуют казармы федералов в Ранчо-Нуэво, чтобы отвлечь основные силы противника и прикрыть отход своих товарищей. Бронетехника федералов направляется к индейским общинам, и авиация начинает бомбежки сельвы. На улицы Мехико и других городов страны стихийно выходят сотни тысяч людей, требуя от правительства прекращения бойни и начала переговоров. Имидж правительства, уничтожающего своих индейцев, оказывается для президента слишком дорогой ценой за военные успехи, и 12 января он заявляет об одностороннем прекращении огня, издает закон об амнистии для всех восставших и, получив от сапатистского руководства категорический отказ, соглашается на начало переговоров о мире. К этому моменту в национальной и международной прессе и Интернете уже циркулируют первые декларации и интервью сапатистов, объясняющие причины и цели восстания.