В обстановке грандиозного Западно-Сибирского антикоммунистического восстания политика Советской власти ужесточилась. 10-11 апреля 1921 года ЧК были арестованы около десяти руководителей и активистов федерации (кроме Горохова, который успел скрыться). И, хотя, после месячного следствия, они были выпущены, федерация была запрещена и продолжила свою деятельность полулегально и нелегально.
К концу 1921 года материальное положение рабочих Омска значительно ухудшилось, что создало почву для агитации оппозиционных сил, в том числе и анархистов. Обком РКП(б) был весьма озабочен ростом влияния анархистов в городе и губернии и рекомендовал усилить агитацию и пропаганду против анархизма. Одновременно все, причастные к анархистскому движению были взяты под жёсткий контроль ВЧК-ОГПУ.
В условиях политического кризиса идеи анархизма проникали и в ряды коммунистов. В 1921-1922 годах повсюду в РКП(б) возникали группы "рабочей оппозиции" - сторонники анархо-синдикализма. В Омске они были даже на руководящих постах - И.Е.Потёмкин, П.Д.Алисов и другие. "Рабочая оппозиция" выступали за рабочую демократию, против бюрократизации партии и сверхцентрализации управления. От руководства РКП(б) и Сиббюро потребовалось немало усилий, чтобы пресечь деятельность группировки.
В 1922-1923 годах продолжала действовать подпольная анархистская организация в Жуланихе Барнаульского уезда. Она в основном выполняла задачу политического обеспечения деятельности местных анархо-партизанских отрядов (Барышникова и других). Организация вела агитацию и пропаганду, поставляла партизанам развединформацию. Это было одно из последних организационно оформленных анархических политических образований в Сибири.
Анархистское влияние на крестьянское движение было сосредоточено, главным образом, в Западной Сибири (Алтайская, Томская, Семипалатинская губернии и Славгородский уезд Омской губернии) Численность участников "сибирской махновщины" (восстаний и движений под анархистскими и комбинированными лозунгами) в 1920-1921 годах составляло от 20 до 25 тысяч человек. За анархистами шли те слои сибирского крестьянства, которые, будучи недовольными Советской властью и коммунистической диктатурой, в тоже время не желали возвращения белогвардейских порядков.
Отряды анархо-повстанцев сопротивлялись еще до лета 1923 года, когда большевики, подавив народное движение по всей России, уже воплотили в жизнь часть его лозунгов - отмена продразвёрстки, свобода торговли, но политическую власть оставили за собой. Крестьянская война, унёсшая больше жизней, чем гражданская, дала народу передышку на восемь лет, по прошествии которых коммунисты окончательно сломали хребет крестьянству.
В 20-30-е годы в Кузбассе процветали коммуны анархистского типа. Исключительную жизнеспособность проявила толстовская коммуна, руководимая Борисом Васильевичем Мазуриным. Она обосновалась в поселке Тальжино неподалеку от Кузнецка.
Но особенно заметный след в истории Кузбасса оставила автономная индустриальная колония "Кузбасс" (АИК "Кузбасс"), созданная американскими рабочими-эмигрантами, часть которых являлась членами анархо-синдикалистской профсоюзной организации "Индустриальные рабочие мира" (ИРМ). Организаторы колонии на практике осуществили анархо-синдикалистские идеи. С января 1922 года по декабрь 1923 года прибыло 566 человек.