Наиболее сложным периодом в истории Борчалы можно считать XVIII век. Это связано с тем, что во время «избрания» в феврале 1736 года шахом Надир-хана, свергшего с шахского трона Сефевидов и узурпировавшего власть, против выступил очень влиятельный род Зиядоглу, представители которого традиционно являлись беглярбеками (наместниками) Гянджи и Карабаха. Через год после этого злопамятный Надир-шах в отместку отнял у них земли Борчалинского и Газахского султанств и переподчинил своему вассалу, грузинскому царю Теймуразу II.
С распадом государства Надир-шаха после его убийства в 1747 г. в Азербайджане образовалось более двух десятков ханств и султанств, в том числе Борчалинское султанство. В состав султанства входили Гараязы (Гардабани), Сарван (Марнеули), Агбулаг (Тетрицкаро), Болниси, Дманиси, а также Джалалоглу, Барана, Ташир и Хамамлы, ныне как административные единицы находящиеся в составе Армении. Передача Борчалы сначала под управление царя Картли, а затем междоусобица между ханствами стали причиной переселения из Борчалы части тюркского населения. Этот процесс даже усилился после смерти в 1747 году Надир-шаха. Такое положение беспокоило царя Картли и Кахетии Ираклия II, опасавшегося обезлюдения податных селений, и он просил старшин селений не оставлять страну (18). Несмотря на просьбы царя, немало семей покинули родные земли и переселились в Турцию и Иран.
Переселение азербайджанцев из Грузии приняло более массовый характер после присоединения Южного Кавказа к России. Этот процесс с определенным усилением и ослаблением продолжался до установления советской власти в Грузии. Так, весной 1828 года более 800 семей гарагапаглы переселились из Борчалы в область Тебриза. При условии выплаты наместнику Азербайджана и наследному принцу Аббас Мирзе 12 тыс. тюменов золотом, а также службы в его войске 400 всадников со своим снаряжением они были поселены в регионе Сулдуз. Что касается Турции, то, по данным турецкого исследователя, профессора А.Б. Арджиласуна, прибывшие из Южного Кавказа беженцы поселились в основном в Карсской провинции. И сейчас здесь имеются 92 селения, большая часть которых носит названия, совпадающие с названиями оставленных ими родных селений в Борчалы (19). О последующей волне переселений М.Ф. Кырзыоглу пишет: «...прибывшие в 1920–1921 гг. в качестве беженцев, а после 1924 года в результате обмена 45 тысяч тюрков нашли приют и возможность спокойной жизни на землях Карса. Это были гарага-паглы, выходцы из регионов Агбаба, Борчалы-Лори и Гараязы» (20).
Насильственное или добровольное переселение азербайджанцев из Грузии продолжалось в годы второй мировой войны и после нее. Наконец, в конце ХХ века, с развертыванием в Грузии национально-освободительного движения за независимость начинается новый этап политики дискриминации и депортации (эти вопросы мы рассматриваем в нашем исследовании отдельно).
В 1880 году царские власти ликвидировали Борчалинское султанство, создав вместо него Борчалинский уезд в составе Тифлисской губернии. При создании уезда районы Гаратепе (нынешнее Гардабани) и Гарачеп (в основном нынешний Сагареджо) были отделены от него.
Как известно, с падением самодержавия Романовых на территории Южного Кавказа образовались три независимые республики, у которых друг к другу сразу же возникли территориальные претензии. Основным объектом претензий всех трех республик стала территория Борчалы. После объявления независимости Грузии 26 мая 1918 года, председатель правительства Рамишвили заявил об установлении границ государства по административным рубежам бывших Елизаветпольской и Тифлисской губерний. Исходя из своего заявления, грузинское правительство в июне 1918 разместило в Борчалы подразделения своих войск, опираясь на которые, новоназначенные грузинские чиновники стали организовывать свое управление, конфисковывать продовольственные запасы населения, произволом и притеснениями принуждать азербайджанское население региона покидать свое местожительство. Местное население, справедливо полагая Борчалы своей родиной, просило помощи у правительства Азербайджанской Республики и настоятельно требовало создания органов своей власти и в Борчалы. Тогдашнее азербайджанское правительство, в свою очередь, не проявляло равнодушия в отношении примыкавшего к Елизаветпольской губернии и с преобладающим тюркским населением региона Борчалы. Уже 14 июня правительство Азербайджанской Демократической Республики направило грузинской стороне ноту протеста в связи с размещением в Борчалы своих войск и выразило желание решать проблему путем переговоров. В июле грузинское правительство предъявило ультиматум с требованием в течение 24 часов вывести свои воинские подразделения из района Гараязы. Азербайджанская сторона вновь напомнила, что пока не определены границы между двумя государствами, лучше избегать открытой конфронтации и решать вопросы путем переговоров. В качестве выхода из сложившейся ситуации правительство Азербайджана предложило создание международной комиссии. Под давлением представителей Германии и Турции на Кавказе правительство Грузии, в связи с вопросом о спорных территориях, в августе 1918 года дало свое согласие на создание арбитражной комиссии, а чуть позже стороны приняли решение передать данный вопрос на рассмотрение намечавшейся Стамбульской конференции. В преддверии конференции и в местной, и в турецкой печати каждая из сторон опубликовала множество статей с изложением своей позиции по спорному вопросу. Азербайджанская делегация в качестве основного аргумента приводила факт подавляющего численного преимущества в Борчалы и части Сыгнахского уезда тюркского населения, а также настоятельные обращения и пожелания местного населения с просьбой о включении указанных территорий в состав Азербайджанской Демократической Республики. Грузинская делегация, в свою очередь, необходимость включения Борчалы в состав Грузии обосновывала близким, буквально «у порога», расположением земель Борчалы к столице республики. Стамбульская конференция не смогла решить спорные территориальные проблемы стран Южного Кавказа. Земли Борчалинского, Гараязского и Сыгнахского регионов площадью 8,7 тыс. км2с подавляющим азербайджанским населением оставались «спорными территориями». Хотя стороны согласованно вынесли данный вопрос на Парижскую мирную конференцию, представители великих держав ограничились лишь признанием де-факто трех южнокавказских республик, но территориальные проблемы оставили до полного прояснения международного положения (21).
В связи с создавшимся неопределенным положением и агрессивным поведением грузинской стороны борчалинцы пришли к решению о провозглашении самостоятельного государственного образования «Гарапапаг». В их обращении к Совету министров Азербайджанской Республики говорилось: «Исконными жителями этих мест являемся мы, и численное большинство за нами. У нас есть все основания, и мы достойны организовать здесь свою власть. Исходя из наших намерений, мы обратились к султану и великому везирю с просьбой признать наши права и под покровительством Высокой Порты содействовать воссоединению наших земель с Азербайджаном» (22). Однако ввиду чрезвычайно запутанного и напряженного положения на Кавказе, а также с целью обеспечения безопасности населения, создатели «Республики Борчалы – Гарапапаг» приняли решение объединиться с Араз-Тюркской Республикой, включавшей земли Нахичевань – Сюрмели и бассейна реки Аракс, и Карсской Республикой, включавшей территории Карсской области и земли месхетинских турков Ахалцих – Ахалкалака.
В январе 1919 года представители указанных тюркских республик провели в Карсе конференцию, где провозгласили о создании «Тюркской республики Юго-Западного Кавказа» с центром в Карсе, охватывавшую территории от Батума до Ордубада в Нахчыванском крае. Территория республики составляла около 40 тыс. км2, а население – 1 млн. 764 тыс. человек. К сожалению, из-за вмешательства великих держав в лице Англии эта республика просуществовала всего несколько месяцев (23).