Заслуги 3. М. Фаткудинова по достоинству оценены Российским научным сообществом. В 1995 г. Российская академия естественных наук вручила ему медаль «Автору научного открытия»; Международная академия наук информационных и технологических процессов дважды удостоила 3. М. Фаткудинова своими наградами.
В 1998 г. Международная академия наук о природе и обществе вручила 3. М. Фаткудинову медаль «За заслуги в деле возрождения науки и экономики России», он стал лауреатом конкурса Академии.
Имя 3. М. Фаткудинова занесено в «Татарский энциклопедический словарь» (см.: Татарский энциклопедический словарь. — Казань: Институт татарской энциклопедии АН РТ, 1990).
В музее истории Казанского государственного университета существует экспозиция: документы, посвящённые 3. М. Фаткудинову.
Материалы, посвящённые творчеству мыслителя и деятельности учёного-юриста, хранятся также и в музее имени М. Горького г. Казани, а также в музее г. Чистополя.
Истинно одарённая личность, как правило, не останавливается в своих поисках. В своём творчестве 3. М. Фаткудинов оперирует предельными универсалиями культуры, обнаруживая связи человека и космоса, исследует не явное в явном, проникает в сокровенные смыслы вещей и явлений, приобщая человека к культуре осознания парадоксов бытия.