Почвы. На С. распространены подзолистые и лугово-болотные почвы, в южной части умеренного пояса — бурые лесные почвы, в субтропиках и тропиках — желтозёмы и краснозёмы. В горах почвы преимущественно щебнистые, часто с включениями вулканических пеплов, на равнинах — окультуренные аллювиальные почвы.
Растительность. Свыше 2 /3 территории Я. занимают леса и кустарники; значительная часть лесов (свыше 1 /3 ) — искусственные насаждения. Запасы древесины оцениваются (1974) в 1,9 млрд. м 3 . Хвойные породы составляют 50% общих запасов древесины и 37% лесной площади. Всего во флоре Я. насчитывается свыше 700 видов деревьев и кустарников и около 3000 видов трав; сохранились многочисленные представители древней дочетвертичной флоры (папоротники, хвощи и др.). Островная изоляция способствовала высокому эндемизму флоры Я.
На о. Хоккайдо преобладают хвойные леса из ели и пихты с густым бамбучником в подлеске. С высотой леса сменяются зарослями кедрового стланика и березняка, травянисто-кустарниковыми формациями и кустарниковыми пустошами. Верхняя граница хвойных лесов повышается от 500 м на С. о. Хоккайдо до 1800—2000 м на о. Хонсю. В более южных районах Я. хвойные леса постепенно замещаются листопадными широколиственными (из дуба, бука, клёна, местного вида грецкого ореха, каштана, ясеня, липы и др.). На Ю.-З. о. Хоккайдо они поднимаются от побережья до высоты 500 м , на о. Хонсю — до 1800 м . Нижние части склонов гор о. Хонсю к Ю. от 38° с. ш. и склоны гор на островах Сикоку и Кюсю до высоты 800 м покрывают вечнозелёные субтропические леса (с участием вечнозелёного дуба, магнолий, камфорного дерева, криптомерий, японского кипариса и др.) с богатым подлеском и обилием лиан. На крайнем юге о. Кюсю и островах Рюкю до высоты 300 м распространены муссонные леса с участием пальм, фикусов, древовидных папоротников, бамбуков, орхидей.
Животный мир. В стране насчитывается 270 видов млекопитающих, около 800 видов птиц, 110 видов пресмыкающихся; в морях, омывающих Я., — более 600 видов рыб, свыше 1000 видов моллюсков. Фауна Я. включает много эндемичных и реликтовых видов, она несколько обеднена (а формы измельчены) вследствие островной изоляции. Преобладают виды, приспособленные к жизни в горных лесах. Общими для Хоккайдо и Хонсю являются волк, лисица, барсук, енотовидная собака, выдра, заяц и др.; только на Хоккайдо встречаются бурый медведь, соболь, горностай, ласка. Пролив Цугару (Сангарский) служит рубежом для многих видов, обитающих южнее (чёрный медведь, японский макак, антилопа, исполинская саламандра и др.). К Ю. от пролива Тогара — тропическая фауна (летучие собаки, множество тропических птиц и насекомых). Из птиц в Я. встречаются дятел, дрозд, синица, ласточка, скворец, тетерев, журавли, аист, ястреб, орёл, совы, у берегов много морских птиц. Пресноводные рыбы — карп, сом, угорь, миноги; искусственно разводят угрей и лососёвых, в том числе форель. Промысловые рыбы прибрежных вод: тихоокеанская сельдь, иваси, тунец, треска, камбала. Практикуется лов крабов, креветок, устричный промысел.
Охраняемые территории. Охраняется в той или иной степени около 10 млн. га (свыше 1 /4 территории страны). Из них около 5 млн. га в 1977 приходилось на 23 национальных парка (самые известные Сикоцу-Тоя, Йосино-Кумано, Сайкай, Дайсецудзан, Бандай-Асахи, Никко, Товада, Фудзи-Хаконе-Идзу, Сето-Найкай, Асо) и государственные заповедники. Кроме того, в стране созданы парки, управляемые местными органами (префектурами), т. н. квазинациональные парки, и свыше 2 тыс. охотничьих заказников (общей площадью около 2,3 млн. га ). С 1970 на мелководьях морей (до глубины 20 м ) действуют подводные национальные парки (около 40 в 1976).
Природные районы: Северная Я. — большая часть о. Хоккайдо (без полуострова Осима). Наиболее суровый в Я. район с преобладанием низкогорий и среднегорий; умеренно холодный климат со снежной зимой; хвойные леса. Северо-Восточная Я. — Ю. о. Хоккайдо и С. о. Хонсю. Преобладают среднегорья и низкогорья, климат умеренно тёплый, с прохладной зимой и резким различием в режиме осадков противоположных склонов, в низкогорьях — широколиста, леса, выше — горная тайга. Центральная Я. — средняя, самая возвышенная часть о. Хонсю. Наряду с низменностями, низкогорьями и среднегорьями встречаются участки высокогорий (хребты Хида, Кисо, Акаиси, г. Фудзияма). Климат субтропический, в горах — умеренный; на равнинах — преимущественно культурная растительность, в горах — широколиста, и хвойные леса. Наиболее освоенный и густонаселённый район страны. Юго-Западная Я. — юго-западная часть о. Хонсю, о. Сикоку и большая часть о. Кюсю (без его южной окраины). Рельеф низкогорный и среднегорный, климат субтропический с резкими различиями в режиме осадков на юго-восточных и северо-западных склонах. Вечнозелёные горные леса сменяются кверху широколиста, и хвойными. На равнинах — 2 урожая риса в год. Южная Я. — Ю. о. Кюсю и острова Рюкю. Преобладают холмы и среднегорья. Тропический (местами — субтропический) климат и растительность.