Odstępstwo od religii równało się zdradzie. Uparci schizmatycy i zatwardziali ateiści mieli zostać zwalczeni i wykorzenieni w imię miłosierdzia — nie tylko jako heretycy, ale także jako wrogowie ustalonego ładu społecznego i politycznego.
Podobnie jak często w historii cywilizacji rosyjskiej, najwyższych ideałów użyto dla usprawiedliwienia najzwyklejszych aktów przemocy.
W praktyce zasada prawosławia uderzyła najsilniej w tych, których przekonania były najbliższe dogmatom religii panującej, chociaż się z nimi ściśle nie pokrywały. Muzułmanów na ogół pozostawiano w spokoju, z protestantami natomiast łatwo ustalono modus vivendi. Ze stosunkowo większą podejrzliwością traktowano Żydów i członków Kościoła rzymskokatolickiego, którzy wyznawali swoje własne „ortodoksje”. Natomiast wobec grekokatolickich unitów rozpalano uczucia bezgranicznej nienawiści. Podczas gdy protestanci w byłej Rzeczypospolitej bez trudu znajdowali posady w służbie carskiej, a Żydzi i wyznawcy Kościoła rzymskokatolickiego tylko sporadycznie spotykali się z aktami dyskryminacji, unitów systematycznie prześladowano. Po trzecim rozbiorze tereny osadnictwa Żydów ograniczono do linii osiedlenia, której wschodnia granica pokrywała się z granicą dawnej Rzeczypospolitej; ale tylko w krótkich okresach — za panowania Mikołaja I i Aleksandra III — wywierano na nich jakiś nacisk w kierunku przyjmowania chrztu i przechodzenia na wiarę chrześcijańską. Katolicy stale natrafiali na przeszkody przy staraniach o awanse w wojsku czy administracji. Nad klerem sprawowano kontrolę i pozbawiano go majątków, reorganizowano diecezje, ograniczano kontakty z Rzymem. Bulli papieskich nie wolno było ogłaszać w Rosji bez zgody Petersburga, a nierzadko były one ignorowane lub odwoływane. Mimo to zakonu jezuitów nie rozwiązano, jak to miało miejsce wszędzie indziej, a jego członków cesarstwo powoływało do służby w dziedzinie oświaty. Natomiast unici nie mogli korzystać ze skutków równie niejednoznacznych postaw. Ponieważ byli potomkami wspólnot, które niegdyś pozostawały wierne wyznaniu prawosławnemu, traktowano ich nie jako heretyków, lecz jako renegatów. Katarzyna usunęła z urzędów wszystkich biskupów unickich z wyjątkiem jednego i podporządkowała hierarchię kościelną Konsystorzowi, który pozostawał w całkowitej zależności od państwa. W latach siedemdziesiątych i dziewięćdziesiątych XVIII wieku, a potem w latach trzydziestych i sześćdziesiątych wieku XIX przeprowadzano przy pomocy wojska akcje masowego przechodzenia na prawosławie. Palono książki, niszczono kościoły, mordowano księży; pod osłoną bagnetów odprawiano nabożeństwa według obrządku prawosławnego. W 1839 r. zerwano wszelkie kontakty Kościoła unickiego w Rosji z Watykanem. W r. 1875 oficjalnie anulowano samą unię brzeską. Do roku 1905, kiedy to ostatecznie został wymuszony dekret o tolerancji religijnej, praktyki religijne mogło oficjalnie uprawiać już tylko 200 tysięcy unitów. Nie ulega wątpliwości, że u podstaw wszystkich tych posunięć w sprawach religii leżały motywy natury politycznej. Z tego też powodu fikcyjną „zasadę prawosławia” należy jako ideologię państwa starannie odgraniczyć od rzeczywistych zasad i praktyk Kościoła prawosławnego. Nie trzeba specjalnie podkreślać, że była ona pięknym zaprzeczeniem polskich tradycji pluralizmu, sumienia jednostki i tolerancji. (Patrz rozdz. VII tomu II).
Zasady autokracji nie należy mylić z ogólną teorią absolutyzmu w takim kształcie, —w jakim był on znany zachodniej Europie. We Francji, Hiszpanii czy Austrii absolutyzm rozwinął się jako antidotum na rosnące tendencje rozpadowe posiadłości i ziem lennych w okresie średniowiecza. Mimo że nieodmiennie odwoływano się w tych praktykach do Bożego błogosławieństwa, nigdy nie mogło być całkowitej zbieżności interesów między Kościołem a Państwem, między Watykanem w Rzymie a katolickimi monarchiami w różnych częściach Europy. Już sam fakt, że Fenelon czy Hobbes pisali drobiazgowe, acz dowodzące o różnicy postaw traktaty na temat teorii absolutyzmu, świadczy o toczącym się sporze z obrońcami wcześniejszych, odmiennych doktryn. Mimo nie kończących się roszczeń władców z dynastii Burbonów czy Habsburgów, ich rzeczywista władza była zawsze w mniejszym lub większym stopniu ograniczona w wyniku tlącego się wciąż oporu ze strony ugrupowań regionalnych czy społecznych. Autokracja rosyjska natomiast pochodziła w bezpośredniej linii od prymitywnego, patriarchalnego despotyzmu Księstwa Moskiewskiego. Sprawowała najwyższą władzę w kraju, gdzie właściciele majątków feudalnych nigdy nie mieli żadnej autonomicznej władzy i gdzie Kościół został całkowicie pozbawiony możliwości odgrywania jakiejkolwiek samodzielnej roli. Była nie tylko bardziej absolutna niż absolutyzm, ale także wywodziła się z innych źródeł i wywierała inne wpływy. Gdyby się chciało znaleźć jakąś paralelę w Europie Zachodniej, można by jej rolę przyrównać do zasady nieomylności papieża w Rzymie, którego polityczno-mistyczne rządy w państwach papieskich były tak słabe, jak rozległe było cesarstwo rosyjskie.
Polskim prowincjom cesarstwa autokracja przyniosła co najmniej sześć istotnych przemian w życiu politycznym. Po pierwsze, zniosła wszystkie tradycyjnie demokratyczne instytucje dawnej Rzeczypospolitej. Po drugie, wprowadziła machinę scentralizowanej administracji. Województwa zastąpiono siecią guberni, w których gubernator i dowódca wojskowy odgrywali rolę bezpośrednich reprezentantów polityki rządu. Po trzecie, dokonała reformy aparatu urzędniczego, którego członkowie byli odtąd mianowani, a nie, jak dawniej, wybieram. Jedynym obowiązkiem wszystkich — poczynając od gubernatora, a kończąc na najniższym urzędniku — było przekazywanie rozkazów z góry pod groźbą zwolnienia. Po czwarte, w miejsce niewielkich najemnych sił wojskowych, uzupełnionych kontyngentem ochotników, wprowadziła ogromną stałą armię. Po piąte, zastosowała złożone środki przymusu politycznego. Po szóste wreszcie, spowodowała zmianę najistotniejszą: zmianę stosunków między państwem a jednostką. Z powodu głęboko zakorzenionych podejrzeń Petersburga prowincje polskie nie mogły w pełni korzystać z tych ograniczonych możliwości autonomii, jakie w 1775 r. Katarzyna stworzyła miastom i jakie po roku 1864 ziemstwa (rady prowincji) przyznały większości prowincji rosyjskich. Tak więc, w sposób paradoksalny, carat żądał większego podporządkowania się i uległości od niesfornych poddanych polskich niż od pokornej rdzennej populacji rosyjskiej. A żądał nie tylko ślepego posłuszeństwa, ale tego, co później miano nazwać „prawomyślnością” („wewnętrzną cenzurą”). Dobry obywatel nie mógł się ograniczać do wypełniania poleceń czy utrzymywania swych spraw osobistych w granicach obowiązującego prawa. Uczono go czynnego uprawiania dyscypliny wobec własnych myśli, usuwania z umysłu wszelkich śladów własnej woli. Politykę sprowadzono do punktu, w którym poddany usilnie starał się z góry odgadywać wolę swych przełożonych, traktując to jako pewnego rodzaju duchowe ćwiczenie. Batiuszce—carowi trzeba było ufać bez zastrzeżeń, wszelką krytykę pozostawić tym, których proszono o udzielenie rad; wszelkie nadużycia należało znosić cierpliwie z uczuciem wdzięczności za „rosyjski chleb”, który się jadło. Ludzi zachęcano do myślenia zbiorowego, do demaskowania i odrzucania wszelkich elementów samowoli, tak jak jednostka stara się odrzucić grzech i oczyścić duszę. Ten ideał ilustruje pewien banalny incydent, który miał miejsce w latach trzydziestych XIX w., a który zarejestrował dla potomnych sam Uwarow: