Najważniejszą instytucją państwową była rosyjska armia. Stanowiła żelazny kapitał autokratycznej władzy i nieprzerwanie wywierała wpływ na życie wszystkich mieszkańców cesarstwa. Dzięki ustanowieniu stałych garnizonów i okręgów wojskowych wpływy te były szczególnie widoczne na tych terenach polskich, które tworzyły europejską granicę cesarstwa. Synom szlacheckich rodów zapewniała zaszczytną karierę, a od poborowych chłopów wymagała dwudziestu pięciu lat służby. Jej rola w sprawach wewnętrznych kraju nie ustępowała znaczeniu, jakie miała dla obrony przed wrogiem z zewnątrz. Na przestrzeni całego XIX wieku była największą stałą instytucją wojskową na świecie; a w 1916 r. osiągnęła swą maksymalną liczebność — około siedmiu milionów żołnierzy. Była podstawowym narzędziem integracji społecznej, łącząc kolejne pokolenia rosyjskich i nierosyjskich żołnierzy we wspólnym trudzie i braterstwie broni żołnierskiego życia.
Była także ośrodkiem ważnego sektora gospodarki. Na terenie rosyjskiej Polski utrzymywała olbrzymie garnizony w Warszawie, Lublinie, Wilnie, Grodnie i Białymstoku; wybudowała potężne fortyfikacje w Warszawie, Modlinie (Nowogieorgijewsk), Dęblinie (Iwangorod) i Brześciu Litewskim (Briest—Litowsk), dzięki czemu powstał tzw. polski trójkąt. Choć unikano tworzenia regimentów złożonych wyłącznie z Polaków, wielu z nich odznaczyło się we wszystkich wojnach prowadzonych przez cesarstwo. W epoce napoleońskiej w „chorągwiach białoruskich” służyło bardzo wiele polskiej szlachty. Polacy byli w szeregach wojsk Suworowa we Włoszech, Polacy walczyli z Kutuzowem i przeciwko Kutuzowowi, Polacy uczestniczyli w wojnach tureckich, Polacy bili się na Kaukazie i na Krymie, Polacy dotarli w 1878 roku do murów Konstantynopola, w latach 1904—05 bili się z Japończykami w Mandżurii, Polacy w armii rosyjskiej walczyli przeciwko Polakom w armiach państw centralnych na wschodnim froncie pierwszej wojny światowej. Polacy byli we wszystkich formacjach wojsk rosyjskich, które tłumiły kolejno każde z polskich powstań.
Cywilny aparat biurokratyczny cesarstwa był zorganizowany według zasad wojskowych. Składał się z czternastu szczebli hierarchicznej drabiny; każdy z nich odpowiadał określonej randze wojskowej i każdy miał własne mundury i własne insygnia. Podobnie jak wojsko, uważano pracę w biurokracji rosyjskiej za odpowiednie miejsce dla szlachty, której majątki traktowano nie tyle jako własność prywatną, ile jako nagrodę za służbę państwu. W scentralizowanym państwie autokratycznym nie było miejsca dla indywidualnych inicjatyw, natomiast kompetencje drobnych urzędników obejmowały wszystkie sfery życia codziennego. Jeśli wierzyć w obraz, jaki odmalował Gogol, czynownik — rewizor, biurokrata — był pośmiewiskiem w społeczeństwie, zwłaszcza wśród inteligencji. Ale dla większości ludności był to również ktoś, kogo należało szanować i kogo trzeba się było bać. Według rosyjskiej tradycji, droga w górę szczebli aparatu carskiej służby była miarą społecznego sukcesu. Natomiast w tradycji polskiej była to oznaka służalczości. Szlachta polska była przyzwyczajona do zarządzania własnymi majątkami i kierowania własnymi sprawami, a także do wybierania własnych urzędników.
Pomijając już nieudolność przypisywaną wyznawcom Kościoła rzymskokatolickiego, a także późniejszą politykę rusyfikacji, niewielu szanujących się Polaków wykazywało naturalne predyspozycje do pełnienia służby w aparacie biurokracji czy do posłuszeństwa wobec wydawanych przez ten aparat poleceń. Wielu historyków zgodziłoby się z poglądem, że podstawową wadą rosyjskiej biurokracji było tworzenie nieprzebytej przepaści między klasą rządzącą a rządzonymi. Było to najbardziej widoczne w rejonie zachodnim.
Aparat policyjny w Rosji był czymś niepowtarzalnie skomplikowanym, a jego kompetencje pokrywały się częściowo z kompetencjami władz zarówno cywilnych, jak i wojskowych. Żandarmerię cywilną uzupełniały specjalne formacje wojskowej policji, a pod koniec XIX wieku — dodatkowe oddziały policji kozackiej. Od czasu objęcia tronu przez Mikołaja I nadzór nad działalnością policji sprawował III Oddział Kancelarii Osobistej Cesarza, który zatrudniał tzw. ochranę, czyli tajną policję. Zakres kompetencji III Oddziału określał ukaz z 3 lipca 1826:
1. Wszystkie rozporządzenia i wszystkie raporty we wszystkich przypadkach należących do wyższych instancji policji.
2. Informacja o wszelkich sektach i schizmach istniejących w państwie.
3. Doniesienia w sprawie fałszywych banknotów, monet, dokumentów, etc. (…)
4. Informacja na temat wszystkich osób pozostających pod nadzorem policji (…).
5. Zesłanie, rozmieszczenie i kontrole miejsca pobytu wszystkich jednostek podejrzanych i szkodliwych.
6. Nadzór i kierownictwo nad wszystkimi instytucjami więziennictwa.
7. Wszystkie rozporządzenia i polecenia dotyczące cudzoziemców zamieszkałych na terenie Rosji, wjeżdżających do kraju lub opuszczających go.
8. Raporty dotyczące wszystkich bez wyjątku zaszłości.
9. Wszelkie informacje statystyczne mające znaczenie dla służb policyjnych[76].
We wszystkich przypadkach poważniejszych zamieszek lub politycznej działalności wywrotowej działanie sądów cywilnych można było wzmocnić, powołując trybunały wojskowe. Nic więc dziwnego, że służba w policji przyciągała najbardziej ambitne jednostki i była sama w sobie uważana za elitarny odłam służby publicznej. W osobach Aleksieja Arakczejewa (1769—1834) za panowania Aleksandra I, Benkendorfa i Orłowa za Mikołaja I oraz K. P. Pobiedonoscewa za Aleksandra III — wydała kilku spośród najbardziej wpływowych ludzi cesarstwa oraz najbliższych doradców cara. Władza policji obejmowała wszystkie sfery życia, a jedynym jej ograniczeniem były zasoby energii i pomysłowości jej niezliczonych agentów. Z upływem czasu policja carska nauczyła się sama wymyślać problemy, które potem miała rozwiązywać. Działając na podstawie dającej pełne zabezpieczenie zasady prowokacji, podżegała spiski, które potem demaskowała, i organizowała związki zawodowe po to, aby następnie penetrować ich szeregi. Chociaż jej działalność obejmowała cały obszar cesarstwa, istniały szczególne powody do zwiększonej czujności w prowincjach zachodnich, gdzie „schizmy”, „sekty”, „szkodliwe jednostki”, „cudzoziemcy” i „granice”, nie wspominając już o „fałszywych banknotach” czy „zaszłościach”, zdarzały się szczególnie często. W oczach imperium cierpiącego na obsesję bezpieczeństwa teren powtarzających się polskich powstań musiał zasługiwać na szczególną uwagę.
Aparat policyjny wspierała sieć państwowych fortów i więzień. Potężna cytadela Aleksandra, zbudowana w Warszawie w latach 1832—35 na koszt miasta, wkrótce stała się symbolem carskiego ucisku. Cieszący się złą sławą dziesiąty pawilon — siedziba Stałej Komisji Śledczej — był pierwszym etapem drogi, a czasem także miejscem ostatniego spoczynku wszystkich więźniów politycznych.
Granice cesarstwa, których europejska część biegła przez środek dawnego terytorium Polski, były bezustannie strzeżone. Zwłaszcza z nadejściem epoki kolei żelaznej, kiedy gwałtownie wzrosła liczba podróżnych, podjęte środki ostrożności nie miały sobie równych w całej Europie. Wojsku i policji pomagały ubrane w zielone mundury oddziały straży granicznej. Rozmieszczono je w trzech strefach. Strefę pierwszą obsługiwały oddziały wojska stacjonujące w ustalonych odległościach wzdłuż całej długości granicy. Tam gdzie szczególnie obawiano się napięć, żołnierze byli rozstawieni w kilkumetrowych odstępach, kilometr za kilometrem, jak sięgnąć okiem. Strefa druga obejmowała pas szerokości dwóch czy trzech wiorst rozciągający się za linią graniczną, patrolowany przez ruchome oddziały konnicy. Strefa trzecia wreszcie rozciągała się na odległość dalszych 150 wiorst od granicy i obejmowała niemal wszystkie ważniejsze miasta Polski i Litwy. Wszystkie porty, drogi, stacje kolejowe i hotele mogły być w każdej chwili poddane bezapelacyjnej rewizji; wszyscy podróżni podlegali śledztwu; wszyscy, którzy mieli kontakty z zagranicą, byli z góry traktowani jak potencjalni przestępcy. Polacy, których życie kulturalne łączyło ze sobą tereny wszystkich trzech zaborów i którzy często mieli majątki lub krewnych po obu stronach granicy, byli szczególnie podejrzani, na co reagowali z pełną fantazją. W wioskach i miasteczkach położonych w pobliżu granicy z Prusami Wschodnimi, Śląskiem i Galicją kwitły agentury przemytu i nielegalnych przejazdów. W pełni wykorzystywano nocne ciemności i sekretne ścieżki. Urzędników i żołnierzy można było przekupić. Konspiratorów i wywrotową literaturę przemycano w jednym kierunku, natomiast Żydów i innych nielegalnych emigrantów — w drugim. Każdy rabin w Rosji wiedział, że udający się do Ameryki Żydzi z Płocka czy Brodów spotkają swych współwyznawców na „księżycowym szlaku”. Każdy rewolucjonista był pewien, że peronówka kupiona w godzinie porannego szczytu na dworcu w Sosnowcu pozwoli mu spokojnie dojechać do niemieckich Katowic. Każdy zdesperowany uciekinier mógł mieć nadzieję, że na południowym brzegu Wisły między Sandomierzem i Krakowem będzie na niego czekać pomocna dłoń jakiegoś polskiego chłopa. Jednocześnie zaś władze rosyjskie niepotrzebnie hamowały regularny ruch.