К Октябрьской революции отнёсся очень настороженно и как мог противостоял с товарищами-однопартийцами попыткам со стороны большевиков установить безраздельную власть над Забайкальем. Так, вместо прекратившего к концу декабря своё существование областного КОБа по инициативе читинских демократов для противостояния диктатуре слева в Чите был создан коалиционный Народный совет, в который вошли представители всех революционных политических партий, а также классовых объединений трудящихся. Антон Флегонтов вошёл в состав Народного совета от 2-го областного съезда сельского населения. Однако уже в феврале 1918 г. собравшиеся с силами большевики распустили коалиционный орган революционной демократии, а вслед за ним городскую думу и земское самоуправление. Противостояние с советской властью оказалось проигранным.
Реванш забайкальским демократам удалось взять лишь в конце августа того же года, когда в результате общесибирского вооруженного восстания диктатуру большевиков удалось временно низвергнуть. Уже утром 25 августа, в то время как отдельные части красных войск ещё находились в Чите, в помещении областного краеведческого музея состоялось нелегальное заседание членов областной и уездной земских управ, а также гласных городской думы, на котором была избрана так называемая Коллегия общего присутствия, составленная из представителей самоуправлений и призванная в переходный период обеспечить временную власть в городе. В эту Коллегию под председательством бывшего руководителя областной земского управы Матвея Ваксберга вошёл и Антон Флегонтов. 26 августа большевики полностью оставили Читу, и в тот же самый день в город вступил 1-й Томский добровольческий полк под командованием подполковника Иванова.
Экстренное заседание представителей местного самоуправления, собранное в столь радостный для многих момент, постановило — подчиниться власти Временного Сибирского правительства, доблестные войска которого принесли городу и области столь долгожданную свободу. На этом же собрании Антона Ивановича Флегонтова решено было рекомендовать ВСП в качестве временного областного комиссара Забайкалья. 9 сентября, во время визита в город специального представителя ВСП по Дальнему Востоку Леонида Загибалова, А.И. Флегонтова окончательно утвердили в должности. Однако в то же самое время в Читу прибыли передовые части семёновцев во главе с полковником Т.И. Артамоновым и в сопровождении кавалерийского отряда японцев. В городе опять стал устанавливаться режим диктаторской власти, но на сей раз уже правого толка. В Чите начались массовые аресты, причём не только в рабочих предместьях, но и в среде представителей так называемой трудовой интеллигенции — мелких служащих, инженеров и, главным образом, учителей, обвинённых в сотрудничестве с советской властью.
Происходящее, вполне естественным образом, вызвало обеспокоенность у демократически настроенных политиков города, которые стали в очередной раз прилагать усилия, направленные на то, чтобы противостоять людям, не желавшим идти ни на какие компромиссы с умеренной оппозицией. Так, только что утверждённый в должности областного комиссара Забайкалья, Антон Флегонтов пригласил на общее собрание педагогов города, состоявшееся в одной из гимназий Читы, члена семёновского Забайкальского правительства генерала Ивана Шильникова, имевшего репутацию порядочного, трезвого и вполне адекватного человека. Цель данной акции состояла в том, чтобы попытаться каким-то образом воздействовать на семёновскую администрацию хотя бы в плане прекращения арестов среди педагогов в период уже начавшегося учебного года.
О собрании учителей, а также о том, что по его окончании генерал Шильников отправился домой в одном экипаже с комиссаром Флегонтовым, сразу же сообщили атаману Семёнову, находившемуся в тот момент на ст. Маньчжурия. Грозный атаман заподозрил во всём произошедшем тайный сговор и тут же приказал арестовать обоих фигурантов этого «дела». Так Антон Иванович, как в старые «добрые» времена, опять оказался за решёткой, причём его освобождению даже не помогло заступничество самого председателя Временного Сибирского правительства П.В. Вологодского, 14 сентября проезжавшего Читу и указавшего атаману на незаконность ареста областного комиссара. Амнистия наступила лишь 21 октября, после того как «дело» Флегонтова и Шильникова было тщательно проверено совместной комиссией Сибирского и Забайкальского правительств. Оставаясь после освобождения под надзором правоохранительных органов «царства» Семёнова, Антон Иванович вынужденно покинул все занимаемые им административные посты (27 ноября в должности областного комиссара Забайкалья его сменил Сергей Таскин) и перешёл на работу в систему сибирской кооперации. В 1919 г. он стал членом Забайкальского областного правления кооперативов. В мае того же года Антон Иванович вновь баллотировался в гласные Читинской городской думы как представитель профессиональных союзов и социалистических партий города.
После разгрома белых на территории Забайкалья Флегонтов перебрался на Дальний Восток. В 1921 г. его избрали в члены Учредительного собрания Дальневосточной республики, а в 1922-м — депутатом Народного собрания ДВР второго созыва. В результате окончательного поражения белого движения в Приморье и ликвидации Дальневосточной республики Антон Иванович сразу же был арестован большевиками и приговорён к 3 годам лишения свободы за оппозиционную деятельность. По выходу из тюрьмы его отправили в ссылку: сначала — в Ашхабад, потом — в Ташкент, с 1932 г. он находился в Павлодаре, а с 1934 г. — в Уфе. В следующем году ему, как больному тяжелой формой туберкулёза, столичные друзья выхлопотали поселение под надзором в Ялте. Умер в 1946 г.
Флуг Василий Егорович — 58 лет в 1918 г., родился в Санкт-Петербурге, в дворянской семье, выпускник Михайловского артиллерийского училища, в 1890 г. окончил Николаевскую академию Генерального штаба. С 1896-го в течение 14 лет служил на Дальнем Востоке. В 1901 г. за участие в подавлении народного «боксёрского» восстания в Китае был награждён Золотым оружием. С 1905-го по 1908 г. генерал-майор Флуг являлся военным губернатором Приморья и одновременно наказным (то есть назначенным лично царём) атаманом Уссурийского казачьего войска, участник русско-японской и Первой мировой войн. Во время последней Флуг сначала возглавлял 10-ю армию на Северо-Западном фронте, но потом по каким-то причинам оказался понижен в должности и в последующем командовал лишь отдельными фронтовыми корпусами, кавалер многих боевых орденов, в том числе и Св. Георгия IV степени; в тот же период Василий Егорович получил звание генерала от инфантерии (высшее воинское звание в царской армии).
Являясь доверенным лицом командующего Добровольческой армией генерала Л.Г. Корнилова, Флуг в начале 1918 г. прибыл со специальной миссией в Сибирь — с целью налаживания связей с местным подпольем и организации единого фронта в борьбе с большевиками. В ходе той поездки вместе с верным помощником подполковником В.А. Глухарёвым Флуг побывал в Омске, Томске и Иркутске, где активно контактировал с руководством местных антисоветских организаций. Помимо этого в Томске Флуг имел встречу и с Г.Н. Потаниным, в ходе которой передал сибирскому «патриарху» личное послание генерала Корнилова. В начале лета того же года миссия Флуга достигла конечного пункта своей тайной миссии, — столицы КВЖД, являвшейся одновременно и центром русской дальневосточной эмиграции, — города Харбина. Здесь Флуг и Глухарёв сразу же были назначены членами так называемого Делового кабинета (самопровозглашённого «временного правительства» России), возглавляемого генералом Хорватом.
После установления на территории Сибири и Дальнего Востока личной диктатуры адмирала Колчака генерал Флуг, сложивший к тому времени обязанности «министра» Делового кабинета, уехал назад в Добровольческую армию.
По окончании Гражданской войны Василий Егорович эмигрировал в Югославию, сотрудничал в эмигрантских военных журналах, так, в частности, в 1923 г. опубликовал воспоминания о, несомненно, исторической поездке в Сибирь. В это же время он являлся членом Российского общевоинского союза, а с 1930 г. возглавил его югославское отделение. Некоторые источники указывают, что, несмотря на уже преклонный возраст, 80 лет, генерал Флуг после начала Второй мировой войны вступил, на территории той же Югославии, в Русский корпус, подчинявшийся немецкому командованию и сражавшийся с партизанами Тито, а в конце войны присоединившийся к армии генерала Власова. В 1945 г. вместе с отступающим Русским корпусом Флуг перебрался в Австрию, потом — во Францию, а в 1946 г. — в США, где и умер в 1955 г., не дожив пяти лет до своего столетнего юбилея.