Магілеўцы маглі расцаніць царову грамату як своеасаблівую падзяку за вернасць праваслаўю і барацьбу супроць царкоўнай вуніі. Тым не менш пускаць да сябе войскі валадара суседняй дзяржавы горад не спяшаўся. Гісторыя ўжо дала беларусам багата прыкладаў крывадушнасці маскоўскіх цароў. Апрача таго, жыхары сачылі за ваеннымі дзеяннямі і ведалі, што маскоўцы па-ранейшаму кіруюцца тактыкай выпаленай зямлі. Яны захапілі Амсціслаў, пасля чаго з 33 тысяч жыхароў багатага места засталося жыць не больш за тры тысячы. У аблозе стаялі Крычаў (які пазней таксама напаткаў няшчасны лёс Амсціслава), Дуброўна і Віцебск.
Калі на пачатку жніўня расейскае войска ваяводы Ваяйкова і казацкія аддзелы палкоўнікаў Паклонскага і Залатарэнкі падышлі да Магілева, яны ўбачылі, што «около де города осаду крепят и, по людям де смотря, хотят стоять и биться». Як бы на пацверджанне гэтага адпраўленага цару паведамлення з горада зрабіў адважную, хоць і няўдалую вылазку шляхоцкі аддзел на чале з Табіянам Ждановічам і Міхалам Гініцкім.
Аднак слабасць гарадскіх умацаванняў і падыход войскаў маскоўскага ваяводы Шарамецьева паставілі магістрат перад выбарам: бараніцца, каб урэшце горад быў спалены і разрабаваны, або здацца і паспрабаваць неяк дамовіцца з акупантамі. Магілеўцы абралі другі шлях і 25 жніўня 1654 года адчынілі перад царскімі стральцамі браму.
Праз колькі дзён усялякія спадзяванні на адзінаверцаў развеяліся. Расейцы заняліся ў горадзе гвалтам і рабункамі. Як сведчаць дакументы, стральцы адбіралі грошы і зброю, коней і хлеб, насенне і кухоннае начынне. Горкая доля была наканаваная месцічам-габраям. Пад прыкрыццём размоваў пра высылку юдэяў у Польшчу захопнікі загадалі ім узяць найбольш каштоўныя рэчы і пакінуць горад. У полі выгнаннікаў абрабавалі і амаль усіх перарэзалі. На месцы гібелі большай часткі магілеўскіх габраяў іхныя землякі-хрысціяне насыпалі курган, на які потым з'язджаліся, каб аплакаць адзінаверцаў, юдэі з усяе Рэчы Паспалітай.
Тым часам у стане маскоўцаў ды іх хаўруснікаў разгаралася варожасць паміж Паклонскім і Залатарэнкам. Паклонскі скардзіўся цару, што ўкраінскія казакі Залатарэнкі «приезжают де в город Могилев и чинят обиды болшие, а в уезде хлеб у крестьян ржаной, и яровой, и лошади, и всякую животину побрали». Супрацьстаянне беларускіх і ўкраінскіх аддзелаў не абмяжоўвалася ўзаемнымі скаргамі, а перайшло ў крывавыя сутычкі. Воіны Паклонскага няраз нападалі і на расейскіх стральцоў. «На твою государеву службу полковник не идет, а люди его твоих государевых солдатов в городе на карауле по воротам бьют», - пісаў цару магілеўскі ваявода Алфёраў.
Калі ў лютым 1655 года да магілеўскіх муроў прыйшло войска гетмана Януша Радзівіла, здрайца Паклонскі зноў прызнаў валадаром нашага вялікага князя. Прычыны свайго ўчынку ён растлумачыў у лісце да магілеўцаў, дзе пісаў, што спадзяваўся на вызваленне сваёй зямлі ад ляхаў, ды замест гэтага ўбачыў «лупление домов Божих, что и от татар бывало; а християн наших, которые в повседневном гонении от униатов пребывали, ныне в вечную неволю забрали, а иных помучили; а какие безделия над чесными женами и девицами чинили...»
Гетману Радзівілу не ўдалося адолець моцны расейскі гарнізон, і ён пасля трохмесяцавай аблогі адступіў. Гэта канчаткова развязала акупантам рукі. Горад быў пазбаўлены самакіравання, з жыхарамі абыходзіліся ненашмат лепей, чым з палоннікамі. Магілеўцы рыхтаваліся да помсты.
Зручны момант для гэтага з'явіўся на шостым годзе акупацыі, калі войска Вялікага Княства і Польшчы разбіла расейцаў на рацэ Басі. Пасля таго як стральцы абрабавалі на рынку магілеўскіх пякарак, цярпенне ў магілеўцаў скончылася. На загад магістрата жыхары, у дамах якіх жылі маскоўцы, выкруцілі з іхных стрэльбаў крэмні. Мужчыны даставалі са сховаў падрыхтаваную загадзя зброю. У шматтысячным горадзе не знайшлося ніводнага здрадніка, і захопнікі да апошняй хвіліны нічога не ведалі.
1 лютага 1661 года бурмістр Левановіч, што кіраваў падрыхтоўкаю паўстання, з крыкам «Пара!» выхапіў шаблю і кінуўся на стральцоў. Над местам паплыў набатны звон. Паўстанцам дапамагалі вызваленыя з астрога нашы палонныя жаўнеры. За колькі гадзін царскі гарнізон быў знішчаны. Ад шабляў і куляў магілеўскіх мсціўцаў загінула сем тысяч захопнікаў.