Ночные передвижения в горах встревожили французов. Они открыли огонь, и на их залпы со скал в темноте бросились русские солдаты. Эта неожиданная, неистовая атака с флангов была поддержана войсками с фронта. Французы начали отступать, оставили Гларис, но у деревни Нефельс опять завязался отчаянный и кровопролитный бой. Багратион не сумел продвинуться дальше. Суворов приказал ему отойти, ибо главная задача была решена: Гларис был занят, дорога на Шванден и далее к Рейну открыта. Но еще предстояло обезопасить отступление армии. Да, речь уже шла именно об отступлении — Суворов, отказавшись от движения на Швиц и далее на Цюрих, начал отступать ради спасения армии. На следующий день главные события развернулись в другой части долины, между Муттеном и Швицем, где стояли силы Розенберга. 20 сентября на них пришелся основной удар армии Массены (10 тысяч человек), который решил в этот день покончить с русскими. Происшедшее в тот день сражение оказалось самым крупным за всю Швейцарскую кампанию, и победу в нем одержали русские. Эта победа была очень важной, тыл основной армии был на время защищен от постоянного преследования французов. Массена, который сам чуть не попал в плен, был вынужден отступить, потеряв около тысячи убитыми и ранеными (Суворов в реляции писал о трех тысячах), тысячу человек пленными (в том числе один генерал), а также пять пушек. Казаки преследовали бегущих французов до Швица. Русским солдатам досталась богатая добыча, а главное — в ранцах убитых и раненых французов нашли в изобилии вино, водку, сыр, хлеб, сухари. Впервые за много дней солдаты наелись. После победы Розенберг получил приказ Суворова присоединиться к основным силам, стоявшим в Гларисе.
И все же, несмотря на несомненную победу русского арьергарда, положение армии оставалось тяжелейшим. Выход в Гларис мало что дал — ожидавшегося соединения с корпусом
Линкена не произошло, так как после поражения союзников под Цюрихом Линкен отошел на недоступное французам (да и Суворову) расстояние. Покинул русских и их героический союзник генерал Ауффенберг. 23 сентября Суворов собрал новый военный совет, на котором было решено двигаться по Зернфской дороге в сторону Рейна, чтобы через неделю выйти к швейцарско-австрийской границе. Там можно было соединиться с остатками корпуса Корсакова и передохнуть в относительной безопасности. В Гларисе были оставлены все тяжелораненые (800 человек) с офицером, которому было поручено оберегать их и вместе с ними сдаться в плен французам.
Багратион теперь шел в арьергарде. Как он записал в журнале боевых действий, «24-го… корпус весь из Нечталя выступил в поведенный поход, где уже я с вверенным мне авангардом назначен был в арьергарде, с которым следовал позади всего корпуса»65. Французы после сражения с Розенбергом пришли в себя, собрали силы и получили подкрепление. 23 и 24 сентября они пытались сбить Багратиона, оставшегося у местечка Шванден с двумя тысячами солдат. Багратион виртуозно оборонялся от превосходящих сил французов (их численность князь оценивал в 7 тысяч человек, реально же противника было около 5 тысяч), демонстрируя свое искусство вести арьергардные бои. Суть этой тактики состояла в том, что арьергард занимает заранее намеченную удобную позицию, на которой выстраивается в линию, ведет огонь и переходит порой в контратаку. Не раз полки Багратиона за недостатком патронов бросались в штыковые атаки, осаживая натиск противника и не позволяя ему безнаказанно преследовать отступающих. Затем арьергард переходил на новую позицию — и так несколько раз, пока основные силы армии поднимались к перевалу на хребте Панике, на расстоянии дневного перехода.
Как и прежде, холод и дожди затрудняли движение войск через перевал. Ночь застала бблыиую часть армии на перевале и подходах к нему — спуститься в долину Панике успел только авангард Милорадовича. Это была страшная ночь. Непрерывно шел снег, началась вьюга, крепчал мороз, дорога обледенела. После ночевки на голой земле на льду оставались трупы замерзших солдат. Особенно тяжело пришлось легко одетым пленным французам, которых русские вели с собой. Во время этого последнего перехода полки уже смешались, утратили походную дисциплину — «каждый шел там, где хотел, избирая по своему суждению удобнейшее место, кто куда поспел, как кому его силы позволяли; питательности для подкрепления их не было ни малейшей; слабейшие силами упадали и платили решительную дань природе; желавшие отдыхать, садились на ледяные уступы и засыпали тут вечным сном; идущие останавливаемы были холодным и противным ветром, с дождем и снегом смешанным, который тогда же на них и замерзал; все почти оледенели, едва двигались и боролись со смертью…»66. Топлива не было, и на бивачные костры начали ломать, по предложению великого князя Константина, лафеты пушек и казачьи пики. Вскоре пришлось бросить и все пушки — их закопали в землю под видом братской могилы, но французы раскопали ложное захоронение и включили орудия в общие трофеи. Бросили и все вьючные тюки, которые сгинули вместе с лошадьми в пропастях. Уставших и больных лошадей сталкивали с кручи.