В самом начале польской кампании выяснилось, что представления Гитлера о ведении войны в Польше расходятся с представлениями руководства вермахта, которое 1 сентября призвало немецких солдат не видеть в гражданском населении врага и соблюдать все права польских граждан. Еще в июле 1939 г., перед польской кампанией, руководство вермахта оговорило условия полицейской деятельности в тылу немецкой армии на территории Польши. 2700 подчиненных Гейдриха из полиции безопасности и СД должны были заниматься ликвидацией партизан, злоумышленников, террористов. Немецкий публицист Йорг Фридрих справедливо указывал, что германские генералы видели свою цель в уничтожении польских вооруженных сил, а Гитлер — в уничтожении польской государственности и ее носителей. То, в чем генералы видели недисциплинированность, садизм и беспричинную жестокость эсэсовцев, в действительности было спланированным Гитлером уничтожением польского руководящего слоя (не пожелавшего сотрудничать с Германией): интеллигенции, дворян, священников, евреев{144}. Свидетели передавали, что польские священники, сначала арестованные СС, освобождались офицерами вермахта, а злодеяния в отношении поляков начались только после отвода вермахта. Гитлер же сразу заявил, что у него нет намерения вести войну по правилам Гаагских конвенций (1899 и 1907 гг.), ибо эти правила не согласуются ни с целью германизации Польши, ни с краткосрочными задачами эксплуатации ресурсов Польши. Из этих двух подходов к войне вскоре стал преобладать гитлеровский, поскольку он был подкреплен старыми обидами между немцами и поляками. Во многом взрыв ненависти был обусловлен событиями в Бромберге (Быдгощ) и в других местах Польши, где поляки в стихийных погромах убили несколько тысяч фольксдойч. Фридрих фон Меллентин писал в мемуарах, что когда 5 сентября 1939 г. авангард его танкового корпуса подошел к Бромбергу, танкисты обнаружили в городе сотни трупов этнических немцев, которых поляки убили во время погрома{145}. Офицер Люфтваффе Хайнц Кноке 31 августа 1939 г. записал в дневнике, что известия о зверствах поляков в отношении немецкого меньшинства произвели ужасное впечатление{146}. В этих эксцессах принимали участие и солдаты отступающей польской армии, что вовлекало в различные инциденты и солдат вермахта. Ко всему прочему, за частями вермахта следовали опергруппы полиции безопасности и СД, имевшие целью ликвидацию всех враждебных элементов; в заранее заготовленных РСХА списках насчитывалось 30 тысяч поляков, подлежащих аресту{147}. Уже 3 сентября Гиммлер приказал расстреливать партизан на месте. Собственно, в сентябре — октябре 1939 г. хозяином в Польше был вермахт, но после завершения военных действий многие части вермахта возвращались в рейх в прежние гарнизоны, где их с восторгом встречало гражданское население{148}. 29 сентября 1939 г. Виктор Клемперер записал в дневнике, что победа в Польше оттеснила все внутренние проблемы на второй план, Германия была на вершине мощи и славы и что за дело, что в ней есть какие-то незначительные проблемы или изъяны{149}. Гитлер называл войну с Польшей «второй силезской войной» — по аналогии с войной Фридриха Великого с Австрией за польские земли. Половина Польши с 15 миллионами поляков, 2 миллионами евреев и более чем с 1 миллионом фольксдойч оказалась присоединена к рейху.
Первоначально административные функции в Польше находились в руках немецкого военного командования. Однако своим администрированием в Польше вермахт не оправдал ожиданий Гитлера: он был раздосадован цивилизованным обращением с поляками, поэтому СС получили полномочия по переселению фольксдойч из Прибалтики в Польшу. В диком и хаотичном изгнании поляков с их родных мест ради поселения фольксдойч руководство вермахта усмотрело угрозу военным интересам Германии. Этот конфликт компетенций стал одной из причин кризиса в отношениях между Гитлером и частью руководства вермахта. Ради прекращения этого конфликта Гитлер передал все административные полномочия Гансу Франку, ставшему генерал-губернатором Польши. Армия с облегчением узнала о передаче административных функций в Польше в октябре 1939 г. гражданской администрации (на самом же деле, компетенции в этой сфере перехватили СС, с которыми конкурировали Франк, Геринг и другие инстанции). Гитлер и его окружение считали, что вермахт не в состоянии создать на оккупированной территории и политически подпитывать новую власть — это уже говорит о том, что целиком унифицированным нацистами вермахт считать нельзя{150}. Такое же недоверие к вермахту Гитлер часто проявлял и во время войны на Восточном фронте.