1 сентября возвратился Иоанн в Москву: того же 1471 года в декабре приехал туда нареченный владыка новгородский Феофил и был посвящен; Феофил просил свободы новгородским пленникам, и великий князь исполнил его просьбу; отправил и наместников своих в Новгород по-прежнему. Казалось, что все уладилось, но так могло казаться только: долговременное отсутствие великих князей, долговременная невозможность для них заниматься внутренними делами Новгорода ослабили, привели в забвение, но не уничтожили прав их здесь; теперь же великий князь московский получил возможность дать силу этим правам. При ослаблении власти княжеской вследствие постоянной борьбы многих князей-соперников образовались стороны, также постоянно боровшиеся между собою; богатый боярин, имевший средства платить многочисленным вечникам, мог отважиться на все, мог отважиться вооруженною рукою мстить за свои оскорбления; иногда целые улицы, целые концы враждовали друг с другом, стоя за то или другое лицо, за того или другого чиновника гражданского; сила решала спор; предводитель восторжествовавшей стороны достигал должности посадника и в этом звании позволял себе мстить тем гражданам, тем улицам, тем концам, которые были против него. Что оставалось побежденным и слабым? Молчать и ждать благоприятных обстоятельств, ждать усиления своей стороны, которое подаст им возможность собраться на вече, низложить соперников и поступить с ними по их же примеру. В таком состоянии находились дела, когда великий князь был далеко, а наместников мало слушались. Но теперь, когда великий князь хотел и мог восстановить свое старинное значение верховного судьи, теперь стороне угнетенной не нужно было долго дожидаться удобного случая к низложению врагов своих: она могла отдать свое дело на решение великого князя. Посадник степенный Василий Ананьин с 18 другими боярами своей стороны, наехавши с многочисленным отрядом на две улицы, Славкову и Никитину, людей переграбил и перебил, многих даже до смерти, имения взял на тысячу рублей. В то же время староста Федоровской улицы Памфил вместе с двумя боярами, которые участвовали и в нападении на две упомянутые улицы, ударил на двор двух братьев, бояр Полинарьиных, людей у них перебил, имения пограбил на 500 рублей. Любопытно, что между виновниками этих насилий встречаем имена известных врагов Москвы: это обстоятельство может навести на мысль, что здесь действовали также и причины политические, что на эту борьбу должно смотреть как на продолжение борьбы двух сторон — литовской и московской. В нападении на Славкову и Никитину улицы участвовали: Селезневы — Матвей и Яков, которых брат Василий был казнен вместе с Димитрием Борецким; Андрей Телятев и Моисей Федоров; Павел Телятев и Яков Федоров были также схвачены в Шелонской битве и отосланы в Коломну; Афанасьевы, которых Иоанн, как увидим впоследствии, считал самыми жаркими приверженцами Литвы; наконец, в числе вельмож, на которых были поданы жалобы и которые были обвинены Иоанном, видим Федора Исакова Борецкого. Но если сообщники степенного посадника Ананьина были приверженцами Литвы, то можно заключить, что и сам посадник не был доброжелателем Москвы. Как бы то ни было, обиженные посадником и его товарищами послали жаловаться на них в Москву. Псковский летописец говорит, что житые и младшие люди сами призвали великого князя, потому что обижали их посадник и великие бояре, не знавшие над собою суда; но мы не можем принять этого известия без ограничения: кроме борьбы сословий тут мы видим и борьбу сторон, ибо между врагами Ананьина и товарищей его встречаем не одних житых и младших граждан, но также бояр Полинарьиных.
22 октября 1475 года Иоанн выехал из Москвы в Новгород, миром, но со многими людьми; в Вышнем Волочке встретил его посол от владыки Феофила с дарами, но тут же встретили его и жалобщики, какой-то Кузьма Яковлев с товарищами; отсюда до самого Новгорода по всем станциям встречали его новгородские чиновники с подарками, начиная от подвойского до посадников, и между ними опять жалобники многие. За 90 верст до города встретил князя владыка Феофил, воевода новгородский, князь Василий Васильевич Шуйский и посадник степенный Ананьин со многими другими духовными, боярами и житыми людьми: владыка поднес две бочки вина, все остальные — по меху вина, и все были угощены обедом. Проведя месяц в дороге, 21 ноября Иоанн въехал в Новгород, встреченный посадниками, житыми людьми, множеством народа, и стал на Городище; владыка прислал двух чиновников своих распоряжаться доставкою съестных припасов ко двору великокняжескому; но великий князь не велел брать от них кормов и осердился на владыку, зачем прислал людей непригожих к делу, незначительных; владыка просил прощения чрез бояр, велел отпускать припасы наместнику своему, и тогда великий князь нелюбье отложил и пожаловал, велел брать кормы; владыка в день приезда бил челом Иоанну, звал его к себе обедать; но великий князь не пожаловал, не поехал и на другой день позвал к себе на обед владыку, посадника степенного, старых посадников, тысяцких и многих знатных людей; в тот же день нашло к нему множество жалобников, новгородцев и уездных людей; одни пришли просить приставов, чтобы не быть ограбленными от ратников, пришедших с великим князем, другие пришли с жалобами на свою же братию, новгородцев. «Потому что, — говорит летописец, — земля эта давно уже в своей воле жила, о великих князьях небрегла и не слушала их, и много зла было в ней: убийства, грабежи, домам разорение напрасное; кто кого мог, тот того и обижал».
23 ноября въехал Иоанн в город (крепость), где был встречен владыкою со всем духовенством, как приказал сам великий князь. В этот день он слушал обедню у св. Софии и обедал у владыки, причем получил дары: три постава сукон, 100 корабельников (червонцев), зуб рыбий да на проводях две бочки вина. На другой день пошли к великому князю с челобитьем, дарами и жалобами разные люди, а на третий явились главные жалобщики — две улицы, Славкова и Никитина, да братья Полинарьины — и жаловались в присутствии владыки, старых посадников, других бояр и житых людей. Иоанн сказал владыке и посадникам: «Ты, богомолец наш, и вы, посадники, объявите отчине нашей, Великому Новгороду, чтобы дали на этих обидчиков своих приставов, как я дал на них своих, потому что я хочу дело рассмотреть; и ты бы, богомолец мой, и вы, посадники, тогда у меня были: хочется мне обиженным управу дать». Новгородцы дали своих приставов, и в воскресенье 26 ноября обидчики и обиженные все стали перед великим князем на Городище в присутствии Феофила и старых посадников; начался суд, и было решено, что жалобы справедливы. Тогда великий князь велел взять обвиненных, главных посадить за приставами, товарищей их отдать на поруку крепкую, в 1500 рублях; архиепископ взял их на поруку. В то же время Иоанн выслал от себя вон и велел схватить Ивана Афанасьева с сыном за то, что советовали Новгороду отдаться за короля.
Прошел день, другой; на третий явился на Городище владыка и посадники бить великому князю челом от Великого Новгорода, чтобы пожаловал, смиловался, велел освободить посаженных бояр и отдать их на поруку. Великий князь челобитья не принял и сказал: «Известно тебе, богомольцу нашему, и всему Новгороду, отчине нашей, сколько от этих бояр и прежде зла было, а нынче, что ни есть дурного в нашей отчине, все от них; так как же мне их за это дурное жаловать?» В тот же день посадник Ананьин с тремя главными товарищами скованные были отправлены в Москву. Спустя несколько времени пришел опять Феофил с посадниками и многими другими людьми бить челом о помиловании тех товарищей Ананьина, которые даны были на поруку; это челобитье великий князь принял, велел только взыскать с виноватых 1500 рублей истцовых убытков да свои судные пошлины (свою вину). По окончании этих дел, с 4 декабря, начались пиры у знатнейших новгородцев для великого князя и продолжались до 19 января: каждый хозяин дарил гостя ковшами золотыми, деньгами, мехами, рыбьими зубьями, сукнами, ловчими птицами, вином, лошадьми. Те посадники и тысяцкие, которые не успели дать пиров для великого князя, подносили ему дары, какими хотели дарить на пирах; из купцов и житых людей не остался ни один, который бы не пришел с дарами, даже и молодые (незначительные) люди многие были у него с дарами и челобитьем; новоизбранный степенный посадник Фома Андреевич Курятник вместе с тысяцким поднесли ему 1000 рублей от всего Великого Новгорода. Во время пиров приехал шведский посол с просьбою о продолжении перемирия; великий князь пожаловал, велел владыке и Новгороду заключить с шведами перемирие по старине и с честью отпустил посла. При всех этих распоряжениях Иоанновых ни один из старых обычаев, ни одно из старых условий не были нарушены: перемирие с соседним государством было заключено владыкою и Новгородом, но с ведома и по приказанию князя; по жалобе новгородцев Иоанн судил, сменил и наказал посадника, ибо имел право верховного суда над всеми, имел право сменять чиновников, объявив только их вину; при этом Иоанн выполнил в точности старинный обычай: давши на обличенных своих приставов, требовал, чтобы Новгород дал также и своих; он заточил осужденного посадника и его товарищей в Москву, но и это была старина: Владимир Мономах, Святослав Ольгович заточали на юг бояр новгородских, и после в договорах это право не было отнято у князей. Иоанн не нарушил ни в чем старины, но давно уже новгородцы отвыкли от нее, ибо в продолжение многих веков великие князья не пользовались своими правами, а новгородцы, пользуясь настоящим, забыли и о прошедшем и о будущем.