В отсутствие мужа, воевавшего в это время против племен телебоев, Зевс, привлеченный красотой Алкмены, явился к ней, приняв образ Амфитриона. Их брачная ночь длилась три ночи подряд, но пролетела она как одна: Гермес по воле Зевса повелел Гелиосу затушить солнечные огни и весь следующий день оставаться дома, поскольку зачатие столь великого воина, как задумал Зевс, должно было происходить без спешки. После этого Гермес приказал Луне двигаться медленней, а Сну сделать человечество таким сонным, чтобы никто ничего не заметил. Ничего не подозревающая Алкмена с радостью внимала рассказу Зевса о сокрушительном поражении, которое потерпели телебои, и целых тридцать шесть часов предавалась любовным утехам с тем, кого она посчитала своим мужем. На следующий день, когда вернувшийся Амфитрион, не жалея слов, рассказывал Алкмене о своей победе над врагом и о своем чувстве к ней, та вопреки его ожиданиям не спешила пригласить мужа на супружеское ложе. «Мы всю прошлую ночь не смыкали глаз, – пожаловалась она. – Должна ли я дважды выслушивать рассказ о твоих подвигах?» Озадаченный таким ответом Амфитрион обратился к прорицателю, который сказал, что ночью его счастливым соперником был Зевс. После этих слов Амфитрион ни разу не разделил ложе с Алкменой, боясь божественной ревности.
Через девять месяцев Зевс стал хвастаться на Олимпе, что скоро у него родится сын, который станет править благородным домом Персея. Услышав эти слова, Гера потребовала от Зевса обещания, что властвовать над Микенами будет тот, кто в этот день первым родится в роду Персея. Когда Зевс поклялся в этом, Гера тут же отправилась в Микены и ускорила роды Никиппы – жены царя Сфенела. Затем она поспешила в Фивы и села на корточки у дверей Алкмены, причем одежды ее были завязаны в узлы, ноги скрещены, а руки плотно сцеплены; этим она задерживала появление на свет Геракла до тех пор, пока в люльку не лег Эврисфей, семимесячный сын Сфенела, внук Персея. По другой версии Гера поручила задачу изменения срока родов Никиппы и Алкмены своей дочери Илифии, богине родов. Так или иначе, но родившийся на час позже великий Геракл, сын Зевса, попал в зависимость от ничтожного Эврисфея, сына Сфенела, который в соответствии с опрометчивой клятвой Зевса и получил власть над Пелопоннесом. Вместе с Гераклом появился на свет и его брат-близнец Ификл, зачатый Амфитрионом на одну ночь позже.
Алкмена, боясь ревности Геры, отнесла своего новорожденного в поле под стены Фив. Афина, по наущению Зевса, как бы невзначай предложила Гере прогуляться по этому полю. «Смотри, дорогая! Какой красивый и крепкий ребенок! – воскликнула Афина с выражением удивления на лице, поднимая ребенка на руки. – Его мать, должно быть, лишилась рассудка, оставив его среди этого поля! У тебя есть молоко. Подойди и покорми крошку!» Ничего не подозревавшая Гера взяла ребенка и обнажила грудь. Геракл принялся сосать с такой силой, что Гере стало невыносимо больно и она отбросила его от себя. Струйка молока растеклась по небу и стала Млечным Путем. «Маленькое чудовище!» – воскликнула Гера. Но теперь Геракл стал полубогом, и Афина с улыбкой вернула его Алкмене, наказав ей воспитывать ребенка как подобает. По другой версии, Гермес отнес младенца Геракла на Олимп, где Зевс сам положил его на грудь Геры, когда та спала. Млечный Путь возник, когда она проснулась и оттолкнула Геракла от своей груди, или же оттого, что Геракл, пожадничав, высосал больше молока, чем мог вместить его рот, и вынужден был выплюнуть часть его.
Когда Гераклу еще не исполнилось и года, ревнивая Гера послала в дом Амфитриона двух огромных змей с лазурной чешуей, строго наказав им извести мальчика. Проскользнув в дом, они поползли по мраморному полу в детскую; из их глаз вырывалось пламя, а с зубов стекал яд. Но Зевс чудесным образом осветил комнату, и проснувшиеся близнецы увидели над собой мерзких тварей, выстреливавших раздвоенные языки. Когда Амфитрион, разбуженный испуганными криками Ификла, вбежал в детскую, Геракл, за все это время даже не вскрикнувший, с гордостью показал ему почти задушенных змей, которых он крепко сжимал по одной в каждой руке. Затем змеи умерли, он засмеялся, запрыгал от радости и бросил их к ногам Амфитриона. По другой версии, змеи были совсем безобидными и их в колыбель положил сам Амфитрион: он хотел убедиться, кто из близнецов его сын. После случившегося сомнений у него не осталось.
Когда Геракл немного подрос, Амфитрион научил его управлять колесницей. Кастор давал ему уроки фехтования, учил приемам и тактике боя в пешем и конном строю, а также основам стратегии. Автолик, сын Гермеса, учил Геракла кулачному бою, а знаменитый лучник Алкон – стрельбе из лука. Неизвестно, кто обучал его астрономии и философии, но Геракл обладал обширными знаниями по обоим этим предметам. Эвмолп учил Геракла пению и игре на кифаре, а Лин приобщал его к изучению литературы. Однажды в отсутствие Эвмолпа Лин стал давать Гераклу урок музыки, но ученик не пожелал изменять принципам, в которых его утвердил Эвмолп. Когда же Лин прибег к наказанию, Геракл в припадке гнева убил его ударом кифары. Испуганный силой и вспыльчивостью Геракла, Амфитрион отослал его на гору Киферон (на восток от Фив) к пастухам. В восемнадцатилетнем возрасте Геракл покинул пастухов и отправился на охоту за киферонским львом, нападавшим на стада Амфитриона. Выследив зверя, он разделался с ним неотесанной дубиной из дикой оливы, которую вырвал с корнем.