Vyriausybė ir Gynybos taryba (ją sudarė prezidentas, užsienio, vidaus reikalų, krašto apsaugos, finansų, susisiekimo ministrai, kariuomenės vadas ir kariuomenės štabo viršininkas) ne kartą svarstė, ką reikėtų daryti, jeigu susidarytų grėsminga situacija. Pasak tuometinio finansų ministro E. Galvanausko, dar vasario mėnesį buvo nuspręsta, jog vyriausybė kritiniu momentu paliks Lietuvą ir išvyks į užsienį. Taip pat buvo nutarta per 3 mėnesius perdislokuoti kariuomenę, kad ji galėtų pridengti vyriausybės evakuaciją. Nutarimą vykdyti buvo pavesta prezidentui ir krašto apsaugos ministrui4. Gegužės pradžioje įvykusiame Valstybės gynimo tarybos posėdyje buvo nutarta, jog kilus SSRS agresijai: 1) bus priešinamasi ginklu; 2) prezidentas bei vyriausybė, dengiami kariuomenės, pasitrauks į Kudirkos Naumiestį ir ten laikysis, kiek aplinkybės leis; 3) blogiausiu atveju prezidentas ir vyriausybė pasitrauks į Vokietiją5. Deja, visi svarstymai ir nutarimai iš esmės buvo tik tušti pasišnekėjimai, nes nieko konkretaus agresijai atremti nebuvo padaryta. A. Smetona vėliau, 1940 m. liepą, rašė apie ministrą pirmininką A. Merkį: ,:,,<...>nujaučiau jo nesugebėjimą sunkiomis valandomis dairytis ir ką planingai ruošti. Jis tarytum laukė, jog kitas kas už jį padarys, ką jis pats privalėtų daryti. Nesiryžo, svyravo"6.. Šie žodžiai tiko daugeliui Lietuvos valstybės vyrų, pirmiausia pačiam prezidentui. A. Smetona sugebėjo prezidentauti normaliu metu, o kritiškoje situacijoje pasirodė visiškai nesugebantis vadovauti valstybei.
Sovietai galėjo užimti Baltijos valstybes dar 1939 m. rudenį: Lenkija buvo okupuota, su Berlynu pasirašyta sutartis, Anglija ir PrancUzija, kilus karui, neturėjo jokios įtakos įvykių eigai Rytų Europoje. Maskva 8 mėnesius kantriai laukė, nes ji kur kas labiau negu Berlynas paisė pasaulio nuomonės ir todėl rūpinosi sudaryti agresijos teisėtumo regimybę, laukė patogaus momento. Sį uždavinį sovietams, deja, labai palengvino tuometiniai mūsų vadovai.
Baltijos valstybių dienas, matyt, prailgino >ir didvyriškas pusketvirto mėnesio trukęs suomių tautos gynybinis karas. Tačiau 1940 m. kovo viduryje pasibaigus Suomijos kampanijai, sovietų rankos buvo laisvos. Atėjo Lietuvos, Latvijos, Estijos eilė.
Net ir paviršutinis žvilgsnis į SSRS politiką Baltijos šalyse rodo, jog ji buvo derinama su vokiečių puolimu Vakaruose. Antai balandžio viduryje Vokietijos kariuomenė užėmė Daniją ir įsiveržė į Norvegiją, o Lietuvos pasiuntinys Maskvoje L. Natkevičius pajuto Kremliaus nedraugiškumą Lietuvai. Gegužės 10 d. vokiečiai pradėjo didįjį puolimą Vakaruose ir įsiveržė į Olandiją, Belgiją, Liuksemburgą. Tą pačią dieną L. Natkevi-,čius pranešė Kaunui apie labai pablogėjusį SSRS vyriausybės požiūrį į Lietuvą. Gegužės 13 d. vokiečių kariuomenė pralaužė sąjungininkų frontą, įsiveržė į Siaurės Prancūziją ir atkirto pus-milijoninę sąjungininkų kariuomenę. Tomis dienomis nerimą jautė ir Baltijos valstybių sostinės, nes gegužės 16 d. „Izvesti-jos“ rašė, jog „galimybės mažiems kraštams išlikti neutraliems ir nepriklausomiems yra sumažėjusios iki minimumo. Visokie samprotavimai apie teisę ir neteisę santykiuose su mažomis valstybėmis, kai didelės valstybės kovoja dėl savo išlikimo, mažiausiai yra naivūs11.
Gegužės 24 d. vokiečių kariuomenei galutinai suveržus kilpą aplink Siaurės Prancūzijoje ir Belgijoje apsuptą sąjungininkų kariuomenę (Diunkerko katastrofa), išryškėjo Vokietijos pergalės Vakarų fronte perspektyva. Būtent tada pasigirdo rūstus griaustinis Maskvos padangėje. Gegužės 25 d. V. Molotovas įteikė L. Natkevičiui notą, kaltinusią Lietuvos vyriausybę raudonarmiečių grobimu: „Sovietų vyriausybė siūlo Lietuvos vyriausybei nutraukti tuos provokacinius veiksmus <...> ir neatidėliojant surasti dingusius sovietų karius <...>. Sovietų vyriausybė tikisi, jog Lietuvos vyriausybė imsis žygių ir patenkins jos siūlymus, neversdama griebtis kitokių priemonių11. Tai buvo beveik atviras grasinimas.
Lietuvos vyriausybė, apsvarsčiusi sovietų notą, atmetė kaip nepagrįstus jai pareikštus kaltinimus, tačiau pažadėjo pradėti tariamai dingusių raudonarmiečių paiešką ir nuodugniai ištirti įvykį. Sovietų kaltinimams tirti buvo sudaryta vyriausybinė komisija, kuriai vadovavo teisingumo ministras A. Tamošaitis, taip pat ypatingoji tardymo komisija. Užsienio reikalų ministras J. Urbšys ir kiti oficialūs Lietuvos asmenys daugybę kartų kreipėsi j SSRS pasiurftinį N. Pozdniakovą, Raudonosios armijos įgulų Lietuvoje vadovybę, SSRS Užsienio reikalų liaudies komisariatą prašydami leisti apklausti tariamai dingusius ir vėl atsiradusius raudonarmiečius ir išsiaiškinti, kaip jie buvo pagrobti, kur laikyti, kieno tardyti, taip pat prašė pateikti dingusių karių nuotraukas, nurodyti jų žymes, dingimo laiką bei vietą. Tačiau į visus Lietuvos atstovų prašymus atsakymas buvo kategoriškas: „Nel“
\
Kaip Lietuvos vyriausybė galėjo rasti tariamai dingusius raudonarmiečius, jeigu sovietų vyriausybė ir įgulų vadovybė atsisakė bendradarbiauti? Ir ar galima surasti tai, kas nedingo? Jau po pirmojo susitikimo su Raudonosios armijos įgulas Lietuvoje vizitavusiu gen. A. Loktionovu (05.27) J. Urbšiui liko įspūdis, kad ,,rusai kažin kuriam nežinomam mums tikslui ieško priekabių". Po Kremliaus kaltinimų Suomijos vyriausybei dėl tariamų provokacijų prieš SSRS kariuomenę Karelijos sąsmaukoje 1939 m. rudenį Lietuvos užsienio reikalų ministrui derėjo suvokti, kodėl ieškoma priekabių.
Birželio 7 d. Kremliuje prasidėjo V. Molotovo ir A. Merkio derybos, kurių metu Lietuvai buvo pateiktas antras kaltinimas: esą jinai sudariusi su Latvija bei Estija slaptą, prieš SSRS nukreiptą karinę sąjungą ir laužanti 1939 m. spalio 10 d. sutartį 7. Sis kaltinimas, kaip ir pirmasis, dėl raudonarmiečių grobimo, nebuvo pagrįstas jokiais faktais. Jų ir nebuvo, nes antiso-vietinė Baltijos šalių/sąjunga gyvavo nebent V. Molotovo vaizduotėje. Tiesa, 1934 m. buvo sudaryta vieša politinė ir kultūrinė trijų Baltijos šalių organizacija, vadinamoji Baltijos santarvė, kuriai Maskva niekada nereiškė jokių pretenzijų. V. Molotovas paprasčiausiai ieškojo priekabių. Vėliau, kai Baltijos valstybės jau buvo užimtos, sovietai atmetė į šalį maskavimąsi ir kalbėjo visiškai atvirai. 1940 m. rugpjūčio 1 d. sakydamas kalbą SSRS Aukščiausioje Taryboje, V. Molotovas net neužsiminė apie pagrobtus raudonarmiečius ar antisovietinį Lietuvos, Latvijos ir Estijos bloką, o tik pasidžiaugė, kad SSRS sienos perkeltos prie Baltijos krantų ir Sovietų Sąjunga gavusi jai labai reikalingus neužšąlančius uostus. Taigi ėriukas buvo kaltas ne todėl, kad sudrumstė upelio vandenį, o todėl, jog alkanas buvo sovietinis vilkas.
Po antrojo derybų posėdžio L. Natkevičiui atėjo į galvą mintis, kad sovietai, matyt, numatę artimiausiu metu okupuoti Lietuvą, o A. Merkys telegrafavo į Kauną, jog „padėtis rimta".
Lietuvos vyriausybė birželio 10 d. posėdyje dar kartą konstatavo, kad ji tvirtai laikosi draugiškų santykių su Sovietų Sąjunga bei sutarčių, sudarytų tarp Lietuvos Respublikos ir SSRS. Taip pat buvo nutarta pakeisti vyriausybės sudėtį (V. Molotovas kaltino „provokacijomis" vidaus reikalų ministrą bei Valstybės saugumo departamento direktorių) ir net išstoti iš Baltijos santarvės, jeigu Maskva to reikalautų. Užsienio reikalų ministrui J. Urbšiui buvo pavesta tuojau vykti į Maskvą ir informuoti V. Molotovą apie Lietuvos vyriausybės nutarimus, taip pat apie Baltijos santarvės esmę.
Birželio 11-osios vakarą Kremliuje įvykęs trečiasis ir paskutinysis A. Merkio, dalyvaujant J. Urbšiui bei L. Natkevičiui, pokalbis su V. Molotovu nepagerino abiejų valstybių santykių. Sovietų vyriausybės pirmininkas ir toliau kartojo tuos pačius kaltinimus Lietuvos vyriausybei.