После конференции в Токио в Саратове был создан научный эпидемиологический институт. Следствие объявило это происками иностранных разведок. Под видом якобы проведения научно-исследовательских работ сотрудники института должны были создавать возбудителей различных заболеваний и взрывчатых веществ, которыми должны снабжать террористические группы. Одновременно институт становился центром для будущего заражения воинских частей (ЦА ФСБ России. АСД Р-9765).
На протяжении 1938 г. продолжались аресты высшего командного состава по обвинениям в принадлежности к так называемому военно-фашистскому заговору. 21 февраля 1938 г. был арестован начальник штаба БВО комдив А.М. Пере- мытов (см. Док. №№ 16, 33). Длительное время он был постоянно связан по службе с командармом 1-го ранга Беловым. Познакомились они в 1921 г., когда Перемытов являлся начальником штаба СКВО, а Белов командовал 9-й Донской дивизией. Уже тогда они обсуждали тему подавления крестьянских выступлений и пришли к мнению, что восставшие были честными крестьянами, недовольными политикой советской власти. Затем Перемытов преподавал в Академии им. Фрунзе, а в мае 1936 г. Белов пригласил его начальником штаба в МВО.
Помимо вписанных следователями представителей командного состава МВО, якобы являвшихся участниками заговора, протоколы допросов Перемытова содержат признание некоторых реально существовавших в Московском военном округе проблем, которые квалифицировались как «вредительские». Так, в 1935–1936 гг. была поставлена задача подготовить 3000 парашютистов, тогда как штатных было всего 500 человек (9-й батальон особого назначения). На 1937 г. было запланировано подготовить уже 5000. Для этого отвлекли 12 тысяч человек, среди которых было много командиров среднего и младшего звена. Однако обучение было сорвано из- за того, что вместо положенных по плану подготовки 6 прыжков сумели организовать только по 1–2 прыжка (ЦА ФСБ России. АСД Р-23506. Т. 1. Л. 46).
В значительной мере проливает свет на методы получения «признательных» показаний об участниках мнимых контрреволюционных организаций и состоянии дел в армии сохранившееся в архивном деле заявление комдива С.И. Деревцова, начальника Автобронетанкового управления ОКДВА, адресованное Сталину, Ежову и Балицкому. Следователь Арнольдов сказал ему, что он является условно арестованным. По заданию Политбюро и т.т. Ежова и Ворошилова он должен выступить в роли члена правотроцкистской группы и вскрыть преступную деятельность бывшего командующего Приморской группой войск, являвшегося якобы руководителем организации. Деревцову было сообщено, что о выполнении данного партийного задания и его согласии Арнольдов телеграфировал Ежову и, следовательно, Политбюро ЦК ВКП(б). Никаких репрессий в отношении семьи не будет. В конце разговора Арнольдов пожал ему руку и даже поцеловал его. В конце заявления Деревцов писал, что все обещания оказались ложью и он все понял, когда до него дошли сведения о выселении из квартиры его семьи. После подачи этого заявления комдив Деревцов подвергся жесточайшим избиениям и был расстрелян в марте 1938 г.
Трагическую судьбу большой группы высших офицеров Красной Армии определили их служебные поездки за рубеж. Комбриг И.С. Колтунов — заместитель начальника 3-го отдела Генштаба РККА, бывший офицер царской армии, в 1932 г. был в командировке в Германии, где изучал состояние транспортного военного сообщения (см. док. № 34). Колтунова обвинили в шпионаже в пользу Германии.
К моменту ареста интенданта 2-го ранга А.А Захарова, начальника отделения Управления снабжения РККА (см. Док. № 24), были уже репрессированы как участники «военно-фашистского заговора» бывший начальник Военно-хозяйственного управления РККА коринтендант П.М. Ошлей, его заместитель ди- винтендант А.Я. Ванаг. В справке на арест они упоминались в качестве «вербовщиков» Захарова. После ареста Захаров пытался отказаться от показаний, полученных от него в результате избиений, но безрезультатно. Обвинения заключались в том, что он якобы завышал заявки на количество необходимого продовольствия для армии, от чего в итоге страдало недополучавшее его гражданское население. В 1937 г. военнослужащим ЗабВО недопоставили 2200 тонн мяса, что также ставилось в вину Захарову. В разговорах Захаров отмечал, что причиной плохого снабжения является политика партии и правительства в области сельскохозяйственного производства.