През този период посланик на САЩ в София е Джеймс Пардю. В края на тригодишния си престой в България американският дипломат заявява, че през времето, през което Борисов е отговарял за борбата с мафията, нито един представител на организираната престъпност не е прибран зад решетките. В началото на 2004 г. самият Борисов признава, че разкриваемостта при поръчковите убийства в България е едва 12 %. Отговорността за това генерал-майорът стоварва върху правителствени кръгове, които по неговите думи са сключили „частно споразумение“ с мафията, което пречи важни престъпници да бъдат поставени под ключ26.
На 19 януари 2004 г. в София, в асансьора на своя офис е хвърлен във въздуха Стоил Славов заедно с трима от бодигардовете си. В сградата, която българската полиция определя като седалище на престъпната групировка СИК, а в действителност принадлежи на застрахователната компания „Бул Инс“, се намира и офисът на фондация „Ханс Зайдел“ (за нея ще стане дума по-нататък в изложението). Сигурно е, че застрахователна фирма „Бул Инс“ е свързана със СИК — това е, така да се каже, узаконяване на придобитите чрез изнудвания и други незаконни дейности пари. Освен тесните контакти със СИК Славов притежава и мощната петролна фирма „Интерпетролиум“. За борбата с тези организации във вътрешното министерство отговаря Бойко Борисов. По онова време по македонската телевизия цитират изказвания на представители на българската опозиция, които настояват за смени във вътрешното министерство. Според тях присъствието на мафията в правителството затруднява каквато и да било промяна. Един полицейски служител от Македония отбелязва: „Българските престъпници, които ние разследваме, за съжаление, се радват на протекцията на правителството“27.
Още през май 2006 г. комисарят по разширяването на ЕС Оли Рен твърди, че в миналото е имало много малко разследвания и обвинения срещу престъпни банди в България, като визира и мандата на Бойко Борисов. „От 2000 г. насам е имало над 150 поръчкови убийства, свързани с организираната престъпност, и нулева разкриваемост на деянията“, пишат следователи от Европейския съюз28.
През лятото на 2005 г. Бойко Борисов напуска Министерството на вътрешните работи, за да се кандидатира за кметския пост в София. Печели изборите с голяма преднина. Борбата е за управлението на един град, който страда от криза с отпадъците, от недостатъчна и в окаяно състояние инфраструктура и от корупция на всички нива. Какво е истинското лице на победителя в тази битка, на носителя на надеждата, на мъжа, който, от една страна, публично се изправя срещу мафията и корупцията, но от друга, трудно би могъл да избяга от противоречивото си минало? Публикация в списание „Congressional Quarterly“ много точно отразява нееднозначния образ на настоящия кмет на София. Журналистът Джеф Стейн пише, че Борисов е бил един от най-важните играчи с администрацията на Буш, когато е ставало дума да се изградят американски бази в България. В това, разбира се, няма нищо скандално. После обаче следват извадки от едно „конфиденциално досие“, изготвено по поръчение на швейцарска банка от група бивши служители в тайните служби на САЩ. Там Борисов е описан като „бизнес партньор и някогашен сътрудник на най-известните гангстери в България“. Твърди се, че по време на четиригодишната си служба в Министерството на вътрешните работи, т.е. в периода 2001–2005 г., е използвал положението си, за да покрива корупционни схеми и да закриля престъпни организации. „Борисов има документирана история на бизнес отношения с лица, за които се смята, че са сред най-важните ръководители на организираната престъпност в България“, се казва в доклада, в който подробно се изброяват профилите на подозрителни криминално проявени съюзници на Борисов, както и двадесет и осем неразкрити убийства по време на неговия мандат.
Освен това се твърди: „Когато Борисов бе шеф на полицейските служби, на съд бяха изправяни само дребни гангстери, докато бившите му партньори просперираха, а техните уж конкуренти бяха избивани систематично“. Частните следователи на банката правят заключението, че твърденията за контакти на Борисов с гангстери „налагат службите за сигурност на САЩ, които отговарят за връзките с България и за обмяната на информация с тази страна, да бъдат изключително предпазливи“.
28