Несмотря на занятость в связи с подавлением выступления Чехословацкого корпуса, в начале лета 1918 г. Оперод перевели в собственное здание на Пречистенку, 37 и 39 — он отделился от Московского окружного военкомата в прямом смысле этого слова. Если первоначально Оперод ютился в двух комнатенках, то теперь в его распоряжении находились 2 огромных здания. Такое переселение не могло состояться без санкции Ленина или
Свердлова: распределением ордеров ведал Моссовет во главе с Львом Борисовичем Каменевым, для которого Аралов авторитетом не был. «Кабинет Теодори, — вспоминал позднее И.И. Вацетис, — располагался в небольшой подслеповатой комнате. На стенах висели карты и схемы с детальным расположением всех вооруженных сил РСФСР, как на фронтах, так и внутри страны»[114]. По итогам новоселья начались срочные работы по организации Оперативного отделения и Отделения связи[115].
Оперативное отделение (заведующие — левый эсер Николай Васильевич Мустафин, затем большевик Евгений Владимирович Гиршфельд) после своего сформирования не только разрабатывало вопросы оперативного характера, но и контролировало деятельность Высшего военного совета по управлению войсками. В отделе находились сведения о ходе боевых действий, реальной численности армии и степени ее материального обеспечения; осуществлялся прием докладов с мест о военном положении, состоянии воинских частей, командного состава и т. п. По итогам составлялись ежедневные сводки для политического руководства, военного и дипломатического ведомств Советской России (непосредственно сводки получали председатель Совнаркома В.И. Ленин; председатель ВЦИК Я.М. Свердлов; председатель Высшего военного совета и нарком по военным делам Л.Д. Троцкий, его заместитель Э.М. Склянский, члены коллегии Наркомвоена К.А. Мехоношин, Н.И. Подвойский и И.И. Юренев (К.К. Кротовский), член Реввоенсовета Восточного фронта П. А. Кобозев, руководители Оперода С.И. Аралов и Г.И. Теодори; руководители НКИД Г.В. Чичерин и Л.М. Карахан). Для Ленина, Свердлова, Троцкого, Склянского, Чичерина и Карахана составлялись также специальные, еженедельные сводки — с выводами Теодори (подписывал сводки С.И. Аралов). Кроме того, Оперативное отделение осуществляло: организацию шифровального дела (ответственный — зав. отделением Е.В. Гиршфельд); ежесуточную запись всех распоряжений наркомвоена Л.Д. Троцкого, С.И. Аралова и Г.И. Теодори по вопросам ведения боевых операций и организации войск. Не ранее июля 1918 г., на основании специального распоряжения Л.Д. Троцкого, в составе Оперативного отделения было создано Подотделение учета и проверки распределения артиллерийского и технического имущества для пресечения «безудержной» раздачи Центральным управлением по снабжению армии, Всероссийской коллегией по вооружению (расформированной, по инициативе Теодори, 13 июля на заседании в Наркомвоене под председательством Л.Д. Троцкого) и комиссиями по снабжению фронтов оружия, броневых машин и боеприпасов[116]. Оперативное отделение Оперода, по состоянию на 16 июля 1918 г., насчитывало 17 сотрудников, в том числе 4-х руководителей (заведующего Н.В. Мустафина, 2-х консультантов и помощника заведующего), 11 служащих и двух посыльных[117]. К 14 октября в отделении служило на 6 человек больше: 5 руководителей (зав. отделением, консультант, 3 помощника заведующего), 15 служащих и 3 посыльных[118]. В процентном отношении увеличение сотрудников только данного отделения Оперода составило 26 %, при этом число руководящих сотрудников возросло на 20 %, специалистов — на 26,6 %, технических сотрудников — на 50 %.
Отделение связи (зав. отделением — большевик А.Ф. Боярский) занималось организацией различных видов связи — почтово-телеграфно-телефонной, радиотелеграфной, технической (мотоциклетки, автомобили и самокатчики) и людской (курьеры и уполномоченные); контролем и наблюдением за связью на всей территории Советской республики, за порядком ее несения в Штабе Высшего военного совета, штабах участков Завесы и штабе единственного на тот момент Восточного фронта. Отделение обслуживало всеми видами связи сам Оперод и организовывало прямую и секретную связь с Кремлем, Восточным и Южным фронтами, НКИД и коллегией Наркомвоена и Всероссийским бюро военных комиссаров (Всебюрвоенкомом).
Административно-учетное отделение, «полусформированное», по признанию Теодори, еще весной 1918 г., к осени уже ведало вопросами, связанными с укомплектованием армии командным и рядовым составом, а также лошадьми, осуществляя: учет, регистрацию и пополнение личным составом управлений, учреждений и заведений тыла, армии и округов; учет, регистрацию и составление соображений по всем вопросам пополнения армии лошадьми; составление сведений о численном составе воинских частей, управлений, учреждений и заведений; подготовкой материала для военно-статистических обзоров и описаний военных округов и ТВД. Поскольку функции отделения частично дублировали функции управлений Всероссийского главного штаба — По командному составу и По ремонтированию армии, отделение взялось контролировать деятельность обоих управлений, а также штабов участков Завесы[119].