С середины августа 1812 года под непосредственным руководством главнокомандующего генерал-фельдмаршала М.И.Кутузова был взят курс на придание партизанскому движению большей масштабности и организованности, улучшение взаимодействия армейских частей с партизанами и более активное вовлечение последних в борьбу с противником.
Крупные партизанские отряды из крестьян имели подвижные конные подразделения и опорные базы. Например, под Гжатском, где действовал отряд рядового драгунского полка Е.Четвертакова, образовался партизанский район, куда захватчики в поисках продовольствия и фуража опасались заходить. Деревня Басманы являлась опорной базой отряда. Здесь было организовано боевое охранение, а в соседних селах выставлены вооруженные пикеты, во многих крестьянских отрядах была хорошо налажена разведка, система оповещения.
Особенно высокого накала достигло сопротивление захватчикам в период почти сорокадневного пребывания французов в Москве. В это время Кутузов в рапорте Александру I пишет о задуманном им плане партизанских действий: «...Я принимаю теперь в операцию со всеми силами линию, посредством которой, начиная с дорог Тульской и Калужской, партиями моими буду пересекать всю линию неприятельскую, растянутую от Смоленска до Москвы, и тем самым отвращая всякое пособие, которое бы неприятельская армия с тылу своего иметь могла...»
Соединения и части французских войск, занявшие Москву, остро нуждались в продовольствии, боеприпасах и фураже. К тому же в Москве появились диверсионные группы, которые поджигали склады, уничтожали захватчиков. Одной из таких диверсионных групп руководил капитан А.С.Фигнер, занимавшийся ликвидацией начальствующих чинов французской армии. Прекрасно владея французским, он легко проникал в расположение неприятеля под видом офицера, собирая при этом необходимую разведывательную информацию (чем не параллель – действия известного разведчика Н.Кузнецова из отряда спецназначения Д.Н.Медведева спустя более чем 130 лет).
Прославленный партизан Денис Давыдов писал впоследствии о тактике партизан в период контрнаступления русской армии: «Господствующая мысль партизанов той эпохи долженствовала состоять в том, чтобы теснить, беспокоить, томить, вырывать, что по силам, и, так сказать, жечь малым огнем неприятеля без угомона и неотступно».
Взаимодействуя с войсками русской армии, партизанские отряды принимали непосредственное и активное участие почти во всех крупных боевых операциях этого периода.
Из 600 тысяч солдат, отправившихся в поход на Россию, до Бородино дошли только 130-140 тысяч. И эти потери Наполеон в значительной степени относил за счет партизанской войны. В письме маршалу Бертье он писал: «Заметьте герцогу Эльхингемскому (Нею), что он ежедневно более людей теряет в фуражировках, нежели в сражениях».
При отступлении наполеоновской армии на ее коммуникации в тыл было направлено около 20 войсковых отрядов численностью от 200 до 2500 человек. Это был хороший опыт совместных действий войсковых и иррегулярных партизанских формирований в тылу врага. Несмотря на выделение для охраны тыла значительных сил, Наполеон оказался не в состоянии защитить свои коммуникации от воздействия партизан.
В Пруссии та же французская армия встретилась с заранее спланированной и подготовленной малой войной. Фельдмаршал Гнейзенау сумел убедить своего короля в предпочтительности иррегулярной обороны страны, необходимости придания ей характера организованного всенародного восстания. Такой способ действий, убеждал он короля, спас Россию, а опыт свидетельствует, что больше всего противник не любит войну такого рода. Разработанный им подробнейший «План подготовки народного восстания» можно считать первым инструктивным документом по малой войне, подготовленным профессиональным военным и в значительной мере реализованным на практике в виде принципиально новой системы обороны государства.
Как отмечал Клаузевиц, «Пруссия в 1813 г. показала, что внезапным усилением при помощи милиции нормальная мощь армии может увеличиться в 6 раз и что эта милиция может быть равно использована как внутри страны, так и для действий за ее пределами».
Важно отметить, что спустя более полувека основные положения, выдвинутые Гнейзенау, вновь нашли реальное воплощение – на этот раз в действиях не прусских, а оборонявшихся от нашествия прусской регулярной армии и не читавших его «План...», стихийно действовавших французских граждан. Если Гнейзенау учил, что там, где появляются превосходящие силы противника, следует отходить, оставляя ему опустошенную землю, атаковать его фланги и тыл, перерезать пути подвоза, то именно так и действовали французы в войне 1870 – 1871 гг. Как признавались сами пруссаки, действия франтиреров (вольных стрелков) доставляли им больше неприятностей, чем вся французская армия. Вот почему захватчики применяли исключительно жестокие меры к партизанам и гражданскому населению.