В декабре 1917 года состоялся съезд военно-революционных комитетов Кавказской гренадерской дивизии. К этому времени все комитеты и командные инстанции от главнокомандующих армий до командиров полков уже были ознакомлены с проектом декрета Совета Народных Комиссаров, который назывался Положением о демократизации армии. Вся власть в армии согласно положению вручалась солдатским комитетам, вводилась выборность командного состава, упразднялись офицерские чины, звания, ордена и погоны. Это был важный шаг, направленный на то, чтобы сломать старую армию, расчистив путь к созданию новой. Выразив недоверие прежнему начальнику Кавказской гренадерской дивизии, съезд солдатских комитетов обсудил вопрос о новом начальнике. Делегаты назвали фамилию Шапошникова. И он был избран на эту должность. Однако служба его совсем неожиданно прекратилась, едва начавшись. Пробыв начальником Кавказской гренадерской дивизии всего какой-то месяц, он вдруг тяжело заболел, почти два месяца пролежал в госпитале, а затем был уволен из армии в «бессрочный отпуск» по состоянию здоровья.
Так оказался весной 1918 года Шапошников в Казани. В тридцать пять лет, шестнадцать из которых были отданы военной службе, пришлось думать, как устроить жизнь дальше. Стал работать секретарем в народном суде. Но мысль, что он остался вне армии именно в то время, когда имевшийся у него военный опыт и знания могли особенно пригодиться, не оставляла ни на минуту. Неужели перенесенная болезнь стала непреодолимым препятствием для возвращения к военной службе?
Конец сомнениям положило опубликованное весной 1918 года обращение Советского правительства к бывшим офицерам с предложением вступать в Красную Армию для защиты Отечества и революции. Твердо решив, как он сам потом писал, что «преданная и неустанная служба делу пролетарской революции есть лучшая жизненная дорога», Шапошников обратился в штаб вновь учрежденного Приволжского военного округа с просьбой о зачислении его в ряды Красной Армии.
Письмо, с которым он адресовался к начальнику штаба округа Н. В. Пневскому, бывшему генерал-майору, весьма примечательно. Долгое время этот документ хранился в фондах Центрального государственного архива Советской Армии. «Военно-исторический журнал» сделал полезное дело, впервые опубликовав его на своих страницах в июньском номере за 1967 год. Я считаю необходимым полностью воспроизвести текст этого письма. Вот что писал Борис Михайлович 23 апреля 1918 года, обращаясь к Н. В. Пневскому:
«Господин генерал!
Прочитав в газетах об учреждении военного округа и о Вашем назначении начальником штаба Приволжского военного округа, я решил обратиться к Вам с этим письмом.
Как бывший полковник Генерального штаба, я живо интересуюсь вопросом о создании новой армии, и как специалист, желал бы принести посильную помощь в этом серьезном деле.
Сожалея, что предыдущая моя служба не дала мне возможности лично быть Вам известным, я позволю себе привести некоторые данные о ней.
Произведенный в 1903 году в офицеры из Московского военного училища, я в 1910 году окончил академию, а затем, откомандовав два года ротой, начал в 1912 году службу Генерального штаба в должности адъютанта штаба 14-й кавалерийской дивизии. Пробыв шесть месяцев войны в этой же должности, я последовательно занимал должности помощника старшего адъютанта штаба 12-й армии, и. д. штаб-офицера для поручений при управлении генерал-квартирмейстера штаба Северо-Западного фронта и с ноября 1915 года получил сначала штаб отдельной казачьей бригады, а затем и штаб 2-й Туркестанской казачьей дивизии. Пробыв в этой должности около двух лет, я в конце сентября 1917 года был назначен командиром 16-го гренадерского Мингрельского полка, а в начале декабря того же года был выбран на должность начальника Кавказской гренадерской дивизии, на какой находился до 16 января 1918 года, а затем по болезненному состоянию был эвакуирован и с 16 марта с. г. по демобилизации уволен в бессрочный отпуск.
Будучи уроженцем Урала, я бы хотел начать свою службу в этом районе, а потому позволю себе просить Вас о ходатайстве в назначении меня на службу в Приволжский военный округ. Как бывший офицер Генерального штаба, я бы желал получить должность Генерального штаба во вверенном Вам штабе или же в штабе войсковых соединений округа по Вашему усмотрению. Как начавший уже и строевой ценз по командованию полком, я мог бы занять и строевую должность, но должность Генерального штаба была бы для меня предпочтительней.