Весной 1900 года Борис Шапошников успешно завершил свое среднее образование. В середине июня он направил необходимые документы для поступления в Московское военное пехотное училище, добавив к ним еще и обязательную личную подписку: «Ни к каким тайным обществам не принадлежал и впредь принадлежать не буду».
Не одни лишь материальные соображения утвердили Шапошникова в его решении поступить в военное училище. В этой связи стоит вспомнить и другое его высказывание.
«Моим тогдашним сотоварищам, — писал он в воспоминаниях, — конечно, трудно было понять мое решение идти в военное училище. Дело в том, что я окончил реальное училище со средним баллом 4,3. С таким баллом обычно шли в высшие технические учебные заведения.
В военные же училища, по общему представлению, шла слабая по теоретической подготовке молодежь. На пороге XX века такое мнение о командном составе армии было довольно распространено. Поражение царской армии в русско-японской войне явилось жестоким, но хорошим уроком. Не будь русско-японской войны, царская армия была бы скорее и сильнее разбита германской армией».
По досадному случаю Шапошников не сумел поступить в училище в 1900 году: из-за болезни пропустил экзамены. Он возвратился к родителям в Белебей, поступил там на работу младшим делопроизводителем. А через год он вновь направил документы в Московское военное пехотное училище. На этот раз все прошло успешно, и он стал юнкером.
Мне довелось учиться в том же училище. Правда, происходило это много позже, в 1915 году, когда шла уже первая мировая война, поэтому мы проходили программу по ускоренному курсу, и пробыл я там всего четыре месяца.
Училище размещалось в Лефортове, в Красных казармах, старинном двухэтажном здании с толстыми стенами, мрачными, пропускавшими мало света окнами, с большим коридором посредине, с асфальтовыми полами. Напротив здания училища находился двухэтажный корпус, занятый под квартиры начальствующего состава. По красоте и удобству училище далеко уступало расположенному на Знаменке зданию Александровского военного училища. И не только по красоте здания, но и «по чину» в иерархии военных училищ царской России. Первым считалось Павловское в Петербурге, вторым Александровское в Москве и только третьим — Алексеевское. Созданное в 1864 году, оно до 1906 года именовалось Московским военным пехотным училищем, затем по велению Николая II ему дали название Алексеевского в честь родившегося наследника престола. История училища характерна с точки зрения эволюции во взглядах царского правительства на подготовку командных кадров для армии.
Острый недостаток командного состава, обнаружившийся во время Крымской войны 1853-1856 годов, и слабый уровень его общеобразовательной и специальной подготовки привели к известным реформам, проведенным военным министром Д. А. Милютиным при Александре II: кадетские корпуса были преобразованы в военные гимназии с усилением общеобразовательной программы, а из специальных классов кадетских корпусов были созданы для пехоты 1ри военных училища: Павловское и Константиновское (впоследствии оно преобразовано в артиллерийское) в Петербурге и Александровское в Москве.
Поскольку 400-600 молодых офицеров, выпускавшихся ежегодно из этих училищ, не могли покрыть потребности в командном составе пехоты, в стране в результате милютинской реформы было образовано еще 16 училищ для пехоты и конницы с трехлетним сроком обучения. В них принимались юноши не из кадетских корпусов, а те, кто окончил полный курс или не меньше четырех классов гимназии или реального училища, независимо от сословной принадлежности. Таким образом, Алексеевское пехотное училище заметно отличалось от Павловского и Александровского прежде всего методом комплектования. Если в эти два училища принимались только выходцы из дворян или по меньшей мере дети из богатых семей, то в Алексеевское, как и в другие юнкерские училища, царизм вынужден был открыть доступ детям других сословий. Иной оказывалась и судьба выпускников Алексеевского училища. Обычно их ожидала «военная лямка» в провинциальном захолустье. Но это не мешало «алексеевцам» гордиться своим военно-учебным заведением. Гордился им и Борис Михайлович. Говоря о неравных условиях, в которых находились военно-учебные заведения царской России, он писал:
«Даже кадетские корпуса были в более благоустроенных зданиях, чем наше училище.