Только таким путем можно с доступною полнотою проследить и идущий процесс трансформации языковых систем и движущие его силы. Но в ходе этого процесса выявляются не одни только внутренние языковые перестройки, но и языковые схождения, установить каковые невозможно без более широкого привлечения различных языков в горизонтальном разрезе синхронического их сосуществования. При таких условиях сам принцип группировки должен коренным образом измениться с непременным учетом того, что само распределение языков не может быть стабильным и неизменным для всех их периодов и тем более не может быть изначальным. Языки изменяются как в процессе движения своих внутренних противоречий, так и в идущем ходе сближения языков и частичного слияния их, поэтому подлежат уточнению пути схождения языков, различные в различные периоды и при различных условиях одного и того же периода. Например, схождение монгольских языков может итти другими путями, чем схождение тюркских и на иных условиях, чем шло схождение романских. Все это затрудняет проблему группировки языков и то же время требует уточнения самих признаков отнесения данного языка к той или иной группе.
Н.Я. Марр, подходя к разрешению выдвигаемых вопросов методом диалектического материализма, выдвигает в последних своих работах схему распределения языков по стадиям и системам в пределах всего глоттогонического процесса. Под стадиею понимается им отрезок от одной коренной перестройки до другой. Между этими начальным и конечным пунктами идет процесс внутреннего развития с обострением внутренних противоречий до момента взрыва цельности языковой структуры.
Каждое стадиальное состояние требует выявления присущих ему закономерностей, разнообразящихся в зависимости от условий развития конкретных языков, но все же общих в своем основном направлении и в своей основной характеристике. Так, например, агглютинация будет неоднотипна в различных языках, но все же система прилеп окажется ведущим характеризующим признаком для определенной языковой группировки. Разнообразия будут заключаться в деталях, также как детализируются отдельные моменты взрывов и вызывающие их внутренние и внешние причины. В частности, переход древне-греческого в ново-греческий, переходы персидских языков, начиная с ахеменидского, вызваны не одними только внутренними причинами роста языка.
Равным образом, образование каждого языка в начальном периоде его существования является следствием ломки предшествующего состояния другого языка или ряда других языков, в результате чего появляется новый язык, сигнализирующий свое прошлое сохраняющимися пережитками в виде наличных в нем архаизмов. Но и эти архаизмы находятся уже под воздействием чуждых им норм нового состояния, в силу чего могут измениться в своем прежнем облике, чем и затрудняется автоматически точное восстановление прошлого по наличным в языке пережиткам. Этим осложняется палеонтологический анализ речи и спуск в более древние периоды, не сохранившие цельных языковых структур. Оказывается, таким образом, что одним формальным анализом ограничиваться и в данном случае не приходится.
Индо-европейская школа обходит всю эту сложную обстановку и вовсе не ставит вопроса о происхождении изучаемого языка, или же разрешает его тем же формально-типологическим методом, возводя романские языки к латинскому, всегда в пределах только письменных источников, и оставляя почти без всякого внимания все население древней Галлии, говорившее на каких-то иных, чуждых римлянам, языках. Лишь в отдельных случаях имеются намеки на миграцию, там же, где переселенческий момент не улавливается или где имеется более данных об автохтонной перестройке, вопрос генетического порядка вовсе обходится молчанием. В таком положении лингвист оказывается нередко, так, например, трудно объяснить появление языка ахеменидской Персии VI века до н.э. переселением народа, засвидетельствованного в своем имени Парсуа на том же месте, во всяком случае еще в VIII веке (см. клинообразные надписи Вана и Ассирии), ссылка же на мидийский язык темна и непонятна, так как сами же персы времен Ахеменидов различали оба языка своими переводами (язык второй категории ахеменидских надписей). При таких условиях, подходя формально к персидскому языку, придется признать необходимым или провести его палеонтологический анализ, прослеживая пути диалектического его развития в результате коренной ломки социального строя Передней Азии именно в указанное время, или же признать его неожиданное появление и на этом успокоить исследовательскую мысль.