Проблема с этой теорией заключалась в том, что у Путина не было никакой мыслимой причины желать убийства Немцова. Как и другие либеральные лидеры, выдвинувшиеся на первый план при Ельцине, его время прошло. Он не представлял никакой политической угрозы.
Как и в случае с убийством журналистки Анны Политковской восемь лет назад, Немцов после своей смерти приобрел символическое значение, несоизмеримое с его ролью до смерти. Политковская была убита в день рождения Путина. Немцов был убит в 150 метрах от Кремля, где работал Путин. В обоих случаях, как только рассеялся туман конспирологических теорий, ответственность была возложена на окружение главы Чечни Рамзана Кадырова.
Сам Путин с того момента, как ему сообщили об убийстве Немцова, был уверен, что это дело рук Кадырова. Сложность заключалась в том, что с этим делать.
После предыдущих политических убийств, в которых были замешаны чеченцы, в том числе убийства Политковской и Руслана Ямадаева, еще одного оппонента Кадырова, застреленного в 2008 году на светофоре в центре Москвы, сами убийцы были арестованы и приговорены к длительным срокам заключения, но следователи не предприняли никаких попыток допросить подозреваемых в заказных убийствах. Путин расценил убийство Политковской как политически неумелое, но она была ярым критиком его режима, и он не может сожалеть о том, что ее заставили замолчать, даже если предпочел бы, чтобы это произошло по-другому. Убийство Ямадаева было внутричеченским делом, а в такие дела он принципиально не вмешивается.
В случае с Немцовым все было иначе. Он был бывшим первым вице-премьером, в свое время рассматривался как возможный преемник Ельцина, и, несмотря на то, что перешел в оппозицию, оставался аккредитованным членом политической элиты. Это был первый случай убийства лидера такого уровня в России, и его смерть ошеломила московский истеблишмент.
Через неделю после убийства, 6 марта, Путин исчез из поля зрения, якобы из-за гриппа, но на самом деле для того, чтобы обдумать свои дальнейшие действия. На следующий день были произведены первые аресты, в том числе и предполагаемого убийцы - бойца кадыровского батальона "Север" Заура Дадаева. Это вызвало немедленный протест со стороны самого Кадырова, который опубликовал в Instagram сообщение, в котором назвал Заура "настоящим патриотом России, ... одним из самых храбрых бойцов полка ... готовым отдать жизнь за Родину". По словам Кадырова, если Заур действительно причастен к этому убийству, то оно может быть связано с делом Charlie Hebdo - когда в Париже исламскими террористами были убиты восемь журналистов после того, как французский сатирический журнал опубликовал кощунственные, по мнению мусульман, карикатуры на пророка Мухаммеда. Утверждение не подтвердилось. Немцов никогда не защищал публикацию карикатур. В любом случае, время не совпадало. Группа Заура вела за ним скрытое наблюдение с октября 2014 года, за три месяца до нападения на Charlie Hebdo.
Заур был всего лишь пехотинцем. Приказ поступил гораздо выше. Как до, так и после убийства он и его соратники часто общались по телефону с депутатом Госдумы РФ от Чечни Адамом Делимхановым, выполнявшим функции проконсула Кадырова в Москве, и с сенатором от Чечни в Совете Федерации Сулейманом Геремеевым, которого подозревали в организации убийства Ямадаева в 2008 году. Подразумевалось, что решение об убийстве Немцова исходило от самого Кадырова.
Ответ Путина был поэтапным.
9 марта, на следующий день после публичной защиты Заура Кадыровым, было объявлено о награждении главы Чечни государственной наградой "За активную общественную деятельность". Официально это было совпадением - Андрей Луговой, отравивший Литвиненко в Лондоне семью годами ранее, получил в тот же день такую же награду - но многие восприняли это как сигнал о том, что, независимо от того, к чему может привести расследование смерти Немцова, Путин прикроет Кадырова. Однако президент отказался отвечать на звонки Кадырова. После убийства Немцова, когда он пытался дозвониться до него, ему отвечали, что Путин недоступен. Вместо этого он был вызван на встречу с секретарем Совета Безопасности Патрушевым, который дал ему понять, что Путин в курсе всех деталей убийства, и посоветовал, если он хочет узнать больше, обратиться к своему окружению.
После того как 16 марта президент вновь появился на публике, он продолжал отказываться от звонков Кадырова. Но чеченский лидер умел играть и в эту игру. Через десять дней он в сопровождении большой делегации вылетел в Дубай якобы для участия в скачках, в которых участвовали несколько его лошадей. Там он открыто насмехался над Москвой. Некоторые СМИ даже вышли с заголовками "Кремль боится Чечни?", - написал он. Это провокация... Кремлю нечего бояться. Это попало в самую точку. В начале того же месяца либеральная "Новая газета" написала: "Власть означает право безнаказанно совершать насилие. Тот, чье насилие остается безнаказанным, - правитель". Убийство Бориса Немцова говорит о том, что Путин больше не является самым сильным человеком в России.