Но мы будем исторически несправедливы, если скажем, что все было гладко в строительстве Красной Армии и флота. Все было в истории нашей страны: и выступления моряков в Кронштадте (6.1919 и 2–3.1921 гг.), и анархистские отряды, и борьба на другой стороне баррикад. Еще длительное время после окончания Гражданской войны в России происходила ликвидация очагов сопротивления новой власти.
Не будем закрывать глаза и на то, что часть моряков, особенно командный состав флота и кораблей, так и не приняли идей социалистической революции. Многие из них покинули Родину, другие ждали каких-то значительных перемен. Это было время мучительных раздумий, с кем пойти на эту братоубийственную войну. И по одну и по другую сторону баррикад сражались отважные люди, преданные одним им понятным идеям, и чтобы стать на чью-то сторону, необходимо было окунуться в водоворот тех страстей и событий, которые бушевали в это время в России. И нередко этот выбор был неправильным.
Но как бы то ни было, советская власть сумела повести за собой массы простого народа, который и одержал победу. И только сейчас, по истечении длительного времени, мы начинаем приходить к некоторому пониманию и прощению людей, сражавшихся по обе стороны, но воевавших за свое единое Отечество.
В ходе Гражданской войны шел непрерывный поиск наиболее целесообразной организационной структуры военного руководства армией и флотом. В феврале 1918 года Морской генеральный штаб претерпел существенные изменения, из его состава были удалены нежелательные элементы и саботировавшие его работу чиновники и военнослужащие. Сменившие их адмиралы и офицеры императорского российского флота, сочувствующие революционным идеям, сыграли важную роль в создании морских сил республики и в руководстве боевыми действиями флота в первом периоде Гражданской войны.
В апреле были учреждены должности начальников морских сил и образовано всероссийское бюро военных комиссаров, которое проводило идеологическую работу на кораблях вместе с их судовыми комитетами.
2 сентября 1918 года вместо Высшего военного совета постановлением ВЦИК был образован Революционный Военный Совет Республики (РВСР), на который была возложена вся полнота ответственности за вооруженную защиту страны. Одновременно учреждается и должность Главнокомандующего всеми вооруженными силами Республики.
15 октября 1918 года решением РВСР была введена должность командующего морскими и речными силами (КО-МОРСИ), который являлся помощником главнокомандующего по морской части и отвечал за организационно-боевую подготовку сил флота, планирование и проведение боевых действий на морях, реках и озерах.
В декабре упразднили Коллегию Народного комиссариата по морским делам, а ее функции передали созданному при РВСР Морскому отделу, при котором в марте 1919 года была создана Высшая военно-морская инспекция.
В июне этого же года был упразднен Морской отдел и создан Штаб командующего морскими силами (состоял из оперативного управления, флагманских специалистов, службы связи и канцелярии), в ведении которого находились действующие силы флота и морские крепости. Штаб решал следующие задачи:
— подготовка и организация всех морских сил республики;
— планирование и руководство боевыми действиями флотов и флотилий согласно распоряжениям Полевого штаба РВСР;
— подготовка данных для принятия решений по флоту главнокомандующему вооруженными силами.
Таким образом, к этому созданному новому органу перешли все важнейшие функции Морского генерального штаба, в ведении которого остались только организационно-мобилизационные, уставные, научные и правовые вопросы, не связанные с боевой деятельностью флота.
Морской генеральный штаб, органы тыла, хозяйственные и административные учреждения флота перешли в подчинение управляющего морскими делами Наркомата.
В марте 1920 года была проведена реорганизация Управления морской авиации, которая была непосредственно подчинена Главному управлению РККВФ, оставаясь в оперативном подчинении командующего морскими силами.