Разнообразной была научно-общественная деятельность А. Н. Попова. Многие годы он был действительным членом Общества истории и древностей российских при Московском университете, а также действительным членом Русского географического общества. С 1851 и до 1864 г. А. Н. Попов занимал должность секретаря Общества истории и древностей российских. Кроме ведения корреспонденции Общества, в его обязанности входила издательская деятельность, в те годы весьма обширная. Под непосредственным руководством и под редакцией А. Н. Попова были изданы три тома «Записок Императорского археологического общества» (4, 5, 8-й), а в 5-м томе этих «Записок» он поместил свою статью «Дипломатическая тайнопись времен Алексея Михайловича».
7 декабря 1873 г. А. Н. Попов был избран членом-корреспондентом Академии наук по разряду историко-политических наук Историко-филологического отделения.
Особая страница в биографии историка — его работа в Русском историческом обществе. Основной результат деятельности Русского исторического общества в те годы — издание с 1857 г. «Сборника», содержавшего важнейшие, фундаментальные, непреходящего значения исторические документы и материалы. Уже во 2, 3-м (1858 г.) и 5-м (1870 г.) томах «Сборника» А. Н. Попов помещает подготовленные им материалы, а 21-й том был полностью им составлен и подготовлен к печати, но, увы, вышел в свет (в 1877 г.) вместе с открывшим этот том его некрологом.
Деятельность А. Н. Попова в Русском историческом обществе получила высокую оценку одного из его членов-основателей К. Н. Бестужева-Рюмина, считавшим, что Попов, долго являясь членом Совета, «участием своим в трудах его много способствовал тому, что общество заняло место, которое теперь ему принадлежит в ряду русских ученых обществ».
Во всех научных организациях он не просто числился, не только был их членом, но и активнейшим творцом — писал для них рецензии, отзывы на сочинения, представляемые на соискание премий, публиковал свои труды, принимал повседневное участие (а часто и руководящее) в их издательской деятельности.
А. Н. Попов скончался в Петербурге 16 ноября 1877 г. на 58-м году жизни после тяжелой и мучительной болезни. Место его упокоения неизвестно…
Даже беглый взгляд на перечень трудов А. Н. Попова, а мы их выявили более 80, поражает прежде всего многообразием направлений, тем, областей его исследований, причем временные рамки его исторических работ охватывают буквально тысячелетие — от начала XI до середины XIX в.
А. Н. Попов входил в кружок славянофилов на заре его существования, всю жизнь находился в дружеских отношениях со многими основоположниками славянофильства, разделял их взгляды (далеко не все!). Исторические работы Попова были далеки от философии русской истории — того поля, на котором в основном и происходили сражения славянофилов с их оппонентами. Уже в ранних работах Попова (например, в «Путешествии в Черногорию», статье о Шлёцере) следов славянофильских воззрений мало, их становится все меньше в дальнейших исследованиях, и они совершенно не проявляются в его основном труде — монографии об Отечественной войне 1812 года.
Попов был приверженцем государственной школы в том смысле, что несомненно разделял главное ее положение: государство — основная движущаяся сила в истории России; в отношении остальных положений он, пожалуй, был ближе к историческим воззрениям славянофилов.
Исторические работы А. Н. Попова свидетельствуют, что он в первую очередь был ученым и писателем. Интересы его в русской истории простирались достаточно широко во временном плане, однако главное внимание в его сочинениях уделялось XVII–XIX в. Их основной массив может быть условно разделен на три группы.
Первая — исследования по истории России последней трети XVII столетия, событий царствования Алексея Михайловича и Федора Алексеевича, как внутренних, так и внешнеполитических. По всей видимости, в 1850-е — начале 1860-х годов Попов намеревался написать крупное сочинение о заключительных годах царствования Алексея Михайловича и правлении царя Федора Алексеевича и публиковал фрагменты из этого труда. Современные ему историки особенно высоко оценивали его «Историю возмущения Стеньки Разина». К. Н. Бестужев-Рюмин писал, что «последующие живописные рассказы об этом событии главным образом основаны на тщательном документальном исследовании Попова».
Заслуживает также внимания малоизвестная, но достаточно большая работа А. Н. Попова «Московские приказы».
Вторая группа — исследования истории отношений царского правительства с римской курией в середине XIX в. Располагая, в силу своего служебного положения, многими важными документами по этому вопросу, Попов опубликовал два крупных обстоятельных сочинения — «Последняя судьба папской политики в России (1845–1867 гг.)», «Сношения России с Римом с 1845 по 1850 год». Ряд историков, например Бестужев-Рюмин, связывают интерес Попова к этому вопросу с резким ухудшением отношений между Россией и папским престолом в ходе и после Польского восстания 1863–1864 гг. последовавшим со стороны России официальным разрывом конкордата с папой 27 ноября 1866 г. и перерывом в дипломатических отношениях с Римом. Возможно, это и так, но интерес Попова к этой проблематике был широким и систематическим: он постоянно интересовался (и публиковал по этому вопросу документы, материалы и исследования) деятельностью в России католической церкви, личностью митрополита С. Сестренцевича-Богуша, греко-униатской церковью, иезуитами.
Здесь же следует упомянуть еще два труда: «Сношения России с Хивою и Бухарою при Петре Великом» и «Дело Новикова и его товарищей (по новым документам)». Кроме этого, он опубликовал ряд документов в «Сборнике Русского исторического общества». Первая работа посвящена совершенно не исследованному до того эпизоду русской истории петровских времен и в приложении содержит дневник (на итальянском языке) Ф. Беневени, посланного в 1725 г. в Хиву и Бухару, который историки (Бестужев-Рюмин) считают «драгоценным». Вторая работа также содержит обнародованные Поповым документы, что позволяет по-новому взглянуть на это дело.
Третья группа исторических работ Попова посвящена Отечественной войне 1812 года. К основному труду А. Н. Попова судьба оказалась явно неблагосклонной. При жизни ему удалось в «Журнале Министерства народного просвещения» опубликовать статью «Сношения России с европейскими державами перед Отечественною войною 1812 года» — большой фрагмент, который впоследствии стал рассматриваться как первый том монографии о войне 1812 года, и три фрагмента в журналах «Русский архив» и «Русская старина»: «Москва в 1812 году», «Французы в Москве в 1812 году» и «От Малоярославца до Березины» (публикация последнего фрагмента завершилась в ноябре 1877 г.).