Несмотря на провал лондонской затейки Герцена, Кельсиева и Огарева, народники продолжали интересоваться старообрядчеством и немало сделали для популяризации изучения этого, тогда еще очень мало известного русским ученым и читателям, движения. Вслед за Щаповым и Кельсиевым старообрядцами занимались такие представители народничества, как Н. А. Аристов, Я. В. Абрамов, Ф. Фармаковский, В. В. Андреев, А. С. Пругавин, И. Каблиц (псевдоним Юзов) и многие другие. К ним же можно до некоторой степени причислить и известного историка Н. М. Костомарова, который так же, как и А. Щапов, принадлежал к земскому областническому направлению русской историографии и стремился изучать не только историю государства, но и историю самого народа. Ознакомившись с работами самих старообрядцев, Н. М. Костомаров в обстоятельном очерке «История раскола у раскольников»[4] писал, что «раскольники» очень отличались своим духовным и умственным складом от представителей русской средневековой культуры и церкви: «в старой Руси господствовало отсутствие мысли и невозмутимое подчинение авторитету владетельствующих… раскол любил мыслить и спорить». Несмотря на то что почтенный историк был совсем несправедлив в своем осуждении Древней Руси, — ведь недаром современный исследователь древней русской литературы Д. И. Чижевский считает четырнадцатый и шестнадцатый века веками споров и разногласий, — тем не менее Костомаров был прав, говоря о старообрядчестве как о «крупном явлении умственного прогресса», которое в течение веков отличалось своей любовью к прениям и исканием ответа на свои духовные запросы.
Хотя историки либерального, по преимуществу народнического, направления сделали немало для раскрытия идеологии и социальной жизни «раскола», все же, как это ни странно, главную роль в выяснении сущности раннего старообрядчества и причин кризиса в русской церкви семнадцатого века сыграл весьма реакционный противник, вернее даже заклятый враг «раскольников», Николай Иванович Субботин, профессор Московской Духовной Академии, который в 1875 году начал издавать теперь совершенно незаменимые для истории старообрядчества «Материалы для истории раскола за первое время его существования». В девяти томах своих «Материалов», а затем в своем периодическом издании «Братское Слово», в бесчисленных изданиях старообрядческих источников и в своих монографиях Н. И. Субботин собрал бесконечное количество документов, писем, биографий и «житий», полемических трактатов и исторических работ, написанных самими «раскольниками». В первом же томе своих «Материалов» он опубликовал «Житие протопопа Ивана Неронова», одного из виднейших противников Никона, и «Записку» о его жизни. Из этих сочинений, написанных еще в 1650–60–ых годах, было видно, насколько необдуманны и неосторожны были поступки патриарха; кроме того в них ярко вырисовывался облик самого Неронова, который, задолго до патриаршества Никона, вместе с другими священниками, начал бороться против летаргии и косности большинства епископата. Раскрытие роли этого кружка духовенства, т. н. боголюбцев, пытавшихся вдохнуть дух новой, подлинно религиозной жизни в русскую церковь, было поворотным событием в изучении истории раскола русского православия.
Николай Федорович Каптерев (1847–1917), другой профессор Московской Духовной Академии, в своем большом труде о борьбе сторонников старого обряда с Никоном[5] впервые использовал опубликованные Субботиным материалы, присоединил к ним открытые им новые данные и сделал соответствующие выводы. Несмотря на свое внешне отрицательное отношение к противникам Никоновских затеек, Н. Ф. Каптерев не только отметил роль «боголюбцев» протопопов, которые во главе с Ив. Нероновым задолго до Никона начали движение внутреннего церковного возрождения, но и показал ужасные последствия Никоновских необдуманных действий. Помимо этого он был первым историком, который взял под сомнение теорию «испорченности» или неправильности старорусского обряда и указал, что русский обряд был вовсе не испорчен, а наоборот сохранил ряд черт ранних древневизантийских обрядов, в том числе и двухперстие, которые уже позже, в ХII‑XIII веках, были изменены самими греками, что и вызвало расхождение между старорусскими и новогреческими церковными обрядами. Эффект, произведенный книгой Н. Ф. Каптерева был настолько значителен, что возмутившийся ею Н. И. Субботин смог через К. П. Победоносцева приостановить на годы академическую карьеру и дальнейшую исследовательскую работу этого ученого.