2 ноября 1472 года царевна вступила в Москву; многочисленная толпа народа собралась посмотреть на нее. Прямо с дороги она была привезена в церковь, где митрополит благословил ее, а потом отвел в хоромы великой княгини Марии. Вскоре сюда же прибыл и великий князь: жених и невеста впервые увидали друг друга. Тут же было совершено обручение, а через несколько часов, после литургии, в Успенском соборе Иван Васильевич и София Палеолог были обвенчаны. Венчание подгадали под день памяти святого Иоанна Златоуста – небесного покровителя московского государя. Отныне и семейное счастье князя Ивана отдавалось под покровительство великого святителя.
Бесславным финалом миссии папского легата был отказ от публичного диспута с митрополитом, призвавшим ради такого случая на помощь знаменитого на всю Москву ученостью «книжника Никиту Поповича». Диспута (точнее, последствий его) «легатос убоялся» еще более и предпочел отмолчаться, сославшись на отсутствие необходимых книг. Проведя в Москве два месяца впустую, Антоний Бонумбре отбыл в Рим с великокняжескими дарами для понтифика.
Византийская принцесса Зоя, питомица папы, стала Софией Фоминичной, великой княгиней московской. А великий князь продемонстрировал, что Москва отныне претендует на статус лидера всего православного мира.
О романтической стороне взаимоотношений Софии и Ивана III известно мало. Точнее, неизвестно ничего – в русских летописях того времени было не принято подглядывать в замочную скважину. Тем не менее многие полагают, что поладили они неплохо. Во-первых, София родила великому князю десятерых (!) детей. Во-вторых, недоброжелатели Софии (а таких было много) со временем начали упрекать Ивана III в том, что он, ранее часто и охотно обсуждавший с боярами политику государства, «старые обычаи… переменил… и запершися сам третей у постели всякие дела делает».
Для того чтобы получить подобный уровень влияния на князя, одним из прозвищ которого было Грозный, Софии наверняка потребовалась вся ее мудрость, осторожность и терпение. И конечно, необходимо было подарить ему наследника. А вот этого сделать не удавалось довольно долго. София одну за другой родила трех дочерей, две из которых умерли во младенчестве. Между тем сын Ивана от первого брака – Иван Иванович Молодый – постепенно входил в возраст, и вокруг него сложилась партия бояр, не желавших усиления «латинянки».
София отправилась на богомолье к Троице-Сергиевой лавре, и там ей было видение преподобного Сергия Радонежского, который «вверже в недра ея отроча младо мужеска пола». 25 марта 1479 года на свет появился ее первый сын – будущий великий князь московский Василий III.
Покой княжеской семьи был нарушен уже в следующем году, когда ордынский хан Ахмат начал поход на Русь. Причиной этого стал окончательный отказ Ивана III платить дань Орде. Считается, что к этому решению его активно подталкивала и София, говоря о том, что не пристало государству – наследнику Византии платить дань варварам. Вряд ли, конечно, стенания Софии стали решающим аргументом – избавиться от унизительной зависимости от Орды Московское княжество мечтало давно. Но опасность осады Москвы была настолько велика, что Иван III отправил Софию с семейством и казной на Белоозеро (это тоже ставили ей в вину ее противники). Сам князь, собрав войско, выдвинулся навстречу Ахмату.
Обстановка усугублялась и тем, что союзный Ахмату литовский великий князь Казимир угрожал Пскову, а братья Ивана III – Андрей и Борис, – недовольные тем, что он прибрал к рукам вотчины покойного брата Юрия, не выделив ничего им, подняли самый настоящий мятеж. Возможно, именно этим вызвана нерешительность Ивана, оставившего армию, едва та укрепилась на берегах пограничной реки Угры. Передав командование сыну, великий князь бросился в Москву, готовить город к осаде. Меж тем к Угре подошел Ахмат, но переправиться с наскока не смог – началось знаменитое «стояние на Угре». Войска под командованием Ивана Молодого стойко отбивали все попытки ордынцев форсировать реку. Великий князь звал сына в Москву, на что тот ответил: «Подобает мне здесь умереть, а не к отцу ехать».
Воспользовавшись тем, что хан Ахмат намертво застрял на Угре, Иван III сумел договориться со своими братьями. Те прекратили мятеж и присоединились к нему. Приближалась зима. Угра замерзла, но ордынцы так и не сумели ее перейти – плохо готовая к зимней войне армия Ахмата («татарове нагы и босы, ободралися») отступила. Фактически на этом окончилось татаро-монгольское иго. Московское княжество подтвердило свою независимость.