Попп внимательно читал Ганса Гросса и понял, что истинные возможности криминалистики с использованием естественных наук таятся в совершенно других областях. В том же 1904 году прокуратура в Брейсгау пригласила его в Вильдталь. Там на бобовом поле нашли портниху Еву Диш, задушенную ее же собственным красно-синим платком. Единственной уликой, оставленной, возможно, убийцей на месте преступления, был носовой платок. Под микроскопом Попп увидел на носовом платке красные и синие волокна шелка, по цвету совпадавшие с волокнами головного платка жертвы. Более того, в выделениях, оставшихся на платке, находились частички нюхательного табака, угля, песчинки и кристаллы роговой обманки. Подозрение жандарма, расследовавшего преступление, пало на бывшего участника Иностранного легиона Карла Лаубаха, работавшего на газовом заводе и на разработках колчедана и пользовавшегося нюхательным табаком. Когда его арестовали, Попп с еще большим усердием продолжил микроскопические исследования. Под ногтями Лаубаха удалось обнаружить много угольной пыли, песчинок и кристаллов роговой обманки, но прежде всего — красные и синие волокна шелка, ничем не отличавшиеся от волокон головного платка убитой. Наконец, на брюках Лаубаха, у щиколоток, Попп обнаружил следы желтой глины и светло-серой илистой земли, которая в некоторых местах покрывала глину. Попп определил вид и количество крупинок кварца, кристаллов и составных частей растений в слое глины и взял пробы почвы с места обнаружения трупа Евы Диш. При сравнении он пришел к выводу, что глина с брюк Лаубаха и почва с места преступления по составу совпадают. Что касается серого слоя, то он содержал пластинки слюды и частички угля. Такой состав почвы оказался также в пробах земли с проселочной дороги, которая вела от места преступления к дому Лаубаха. Попп сделал из этого вывод, что Лаубах сначала испачкал брюки глиной во время убийства, а затем илом, направляясь по проселочной дороге домой. После первоначального отрицания Лаубахом своей вины и предъявления ему Поппом результатов исследования франкфуртские газеты, освещавшие ход процесса, опубликовали статьи под заглавием: „Микроскоп в качестве детектива".
Попп заложил краеугольный камень для осуществления фантазии Конан Дойла и помыслов Гросса. В том же году он выступил с докладами на собрании союза химиков Германии и перед почтенной аудиторией общества Зенкенберга. В обстоятельных докладах Попп говорил о возможностях химии, минералогии и ботаники и об использовании их в криминалистике. Теперь, когда к нему за помощью обратился прокурор Зон, у Поппа был свой собственный криминалистический музей, которому могла бы позавидовать полиция большого города. Но этот музей не был похож на полицейские музеи ужасов, потому что картины на стенах, фотографии и объекты микроскопических исследований рассказывали о тех делах, раскрытию которых способствовала работа естествоиспытателя Поппа.
На запрос прокурора Попп сообщил, что волосы на перчатках принадлежали женщине и могли быть волосами Маргариты Филберт. Волосы на кусочке кожи — это волосы животного, вероятно крота. Попп полагал, что эта находка вообще не имеет отношения к убийству. Отпечатков пальцев он не нашел, зато обнаружил много конских волос. Когда прокурор получил ответ Поппа, то написал на полях (как признание точности выводов Поппа), что волосы — с конской попоны, которой был накрыт труп Маргариты Филберт в первую ночь после обнаружения. Так началось участие Поппа в деле Филберт.
Письмо находилось на пути в Кайзерслаутерн, когда Зон получил через окружной суд в Винвейлере анонимное послание из Фалькенштейна. Его язык не выдерживал никакой критики. Содержание было приблизительно таким: „Глубокоуважаемый суд Винвейлера, хочу попросить отнестись со всей серьезностью к Андреасу Шлихеру из Фалькенштейна в связи с убийством и ограблением, так как он замешан в этом деле. Когда Андреас Шлихер пришел к месту, где лежала девушка, он очень побледнел… не решался подойти к трупу, и можно было подумать, прочитать по его лицу… Вчера Шлихер говорил, что его потащат к следователю… Но о нем ни один человек ничего не скажет… Итак, вся община подозревает Шлихера.. Многие люди в Фалькенштейне не хотят говорить, потому что он опасный человек и его очень боятся… Уже три дня он не ходит на работу, чтобы жандармы не арестовали его там… "