По контракту России предоставлялось право эксплуатации дороги в течение 80 лет со дня открытия движения, после чего железная дорога бесплатно переходила во владение Китая. Вместе с тем китайскому правительству предоставлялось право «…через 36 лет выкупить эту линию, возместив полностью все затраченные капиталы и все сделанные для означенной линии долги с наросшими процентами».
Обществу КВЖД предоставлялись всевозможные привилегии: «…безусловное и исключительное управление своими землями», право сооружения телеграфа, доходы общества освобождались от налогов. Общество было свободно от какого бы то ни было контроля со стороны китайского правительства. Состав управления дороги, назначение и увольнение руководящих сотрудников подлежали утверждению русским министром финансов.
В 1903 г. строительство дороги было завершено. Протяженность линии составила более 7,5 тыс. км. На строительство КВЖД царское правительство потратило около 375 млн рублей золотом. Общество КВЖД в своих интересах приобретало пароходы для организации морского судоходства. Во многих портах Дальнего Востока были устроены склады, конторы и даже пристани. Общество владело телеграфом, телефонными станциями, производило добычу угля, заготовку древесины, вело разведку полезных ископаемых в различных районах Маньчжурии. Россия получила от Китая на территории КВЖД те же права и привилегии, что и другие державы в Китае: экстерриториальность в Маньчжурии для русских подданных, право ввести свои войска для охраны дороги в «полосе отчуждения» и пр. Полоса отчуждения – коридор вдоль Китайско-Восточной железной дороги шириной 9 верст (9,6 км) по сторонам от линии – стала своеобразным государством в государстве.
Согласно Русско-китайской конвенции 1898 г., Россия получала в арендное («полное и исключительное») пользование на 25 лет Порт-Артур (Люйшунь) и Дальний (Далянь) вместе с прилегающим водным и территориальным пространством (Ляодунский полуостров). Общество КВЖД также получало право на строительство соединительной ветви от одной из станций магистральной линии до Дальнего – южной ветки Китайско-Восточной железной дороги, получившей впоследствии название Южно-Маньчжурской железной дороги (ЮМЖД), от Дальнего до Чанчуня.
В сентябре 1899 г. правительство США обратилось к другим державам с нотой, в которой предлагалось соблюдать равенство возможностей в торговле с Китаем. В последующем эта инициатива получила название доктрины «открытых дверей».
20 июня 1900 г. пекинское правительство объявило войну иностранным державам. В столицу вошли отряды членов тайного общества «Ихэцюань» («Кулак, поднятый во имя справедливости и гармонии»), движение которых начало развиваться еще осенью 1898 г. в провинции Шаньдун. Ихэ-цюаньцы выступили против чужеземного засилья и совместно с цинскими войсками начали осаду иностранных миссий и концессий в столице Китая. Существенный ущерб был нанесен строившейся КВЖД. 40-тысячная армия из частей, представленных восемью державами (Великобритания, Германия, США, Франция, Россия, Япония, Австро-Венгрия и Италия), подавила восстание ихэтуаней («боксерское» восстание) и в августе 1900 г. заняла Пекин.
Победители не смогли договориться между собой относительно раздела Китая и решили сохранить у власти цинский двор, добившись от него дальнейших уступок, закреплявших, по существу, полуколониальный статус страны. Китай обязывался уплатить иностранным державам в течение 39 лет огромную контрибуцию в размере 450 млн таэлей. Для обеспечения уплаты контрибуции иностранные государства получили право контролировать процедуру сбора таможенных пошлин и соляного налога. Им разрешалось также иметь в центральной части столицы укрепленный «посольский квартал» и размещать свои гарнизоны в 12 других стратегически важных пунктах Китая.