В период подготовки конференции в бригадах прошли большие дискуссии. Они касались и уже выполненных исследований, и ближайших задач. Особенно горячо спорили в бригаде гидробиологии. Кое-кто вообще выступал против права гидробиологии считаться наукой. Доводы подобных дебатистов были довольно прямолинейны: есть зоология, ботаника, физиология, гидрология и т. д., а гидробиология не имеет ни специфического объекта, ни оригинальных методов исследования и представляет набор отдельных вопросов смешанного характера, решаемых методами фундаментальных наук. Эти утверждения невольно вспомнились через несколько лет, когда Севастопольская биологическая станция была объявлена чисто зоологическим учреждением. Не забылись они и в 1953 г., когда в «Зоологическом журнале» развернулась дискуссия о задачах гидробиологии и о нецелесообразности ее существования как самостоятельной науки.
Участники конференции решили просить Академию наук СССР создать постоянно действующую комиссию по изучению Черного и Азовского морей. Конференция явилась первой попыткой коллективного планирования морских исследований, которое в дальнейшем было широко принято на всех морях и стало основой океанологических исследований, руководимых государственными органами. Опубликованные в свое время резолюции конференции сыграли свою положительную роль и теперь служат небесполезным справочным материалом.
В. А. Водяницкий, 1935 г.
На конференции явственно проявилось кардинальное расхождение во взглядах Н. М. Книповича и Ю. М. Шокальского и, пожалуй, даже их психологическая несовместимость. К этому времени уже вышла упомянутая выше книга Н. М. Книповича. Ю. М. Шокальский демонстративно ее игнорировал и, выступая незадолго перед севастопольской конференцией на Международном географическом конгрессе в Варшаве, без изменения повторил все положения Шпиндлера и Врангеля о несмешиваемости глубинных и поверхностных вод в Черном море. Выпуклость изоповерхностей он приписывал подпору средиземноморских вод, втекающих через Босфор (что но сути дела физически непонятно). Само по себе растекание по дну более соленых вод должно было, конечно, усиливать стратификацию (слоистость), но оно еще не могло образовать выпуклости, да еще и в виде двух куполов. Было удивительно, что, получив громадный новый материал во время своей многолетней Черноморской экспедиции, Ю. М. Шокальский не усмотрел необходимости подойти критически к общепринятой теории гидрологического строения Черного моря, разработанной его предшественниками в Военно-Морской академии.
Н. М. Книпович, по специальности зоолог, создавший капитальные труды по океанографии Баренцева, Каспийского, Черного и Азовского морей и Северного Ледовитого океана, слыл среди профессиональных гидрологов дилетантом-самоучкой. В его адрес была даже пущена острота: «Лучший зоолог среди океанографов и лучший океанограф среди зоологов». Истина заключалась в том, что Николай Михайлович получал существенные результаты, пользуясь несложными методами гидрологических построений и в значительной мере здравым умом глубокого натуралиста, умея видеть то главное, что непосредственно вытекает из анализа материалов экспедиций. Во всяком случае, именно его труды в свое время стали основой действительного комплексного изучения наших морей и того, что теперь называется рыбопромысловой океанографией. Хорошо известно, как высоко ценил Ф. Нансен исследования Н. М. Книповича по Северному Ледовитому океану и Баренцеву морю.
Что касается Черного моря, то гидрологи-профессионалы упрекали Н. М. Книповича в слишком широких обобщениях некоторых выводов, сделанных в результате его плавания в ограниченном северо-восточном районе, и переносе их на весьма далекие районы Черного моря. В особенности острые споры возникли между Н. М. Книповичем и участниками экспедиций Ю. М. Шокальского Е. Ф. Скворцовым и В. Н. Никитиным из-за мощного холодного течения, открытого ими на протяжении от Синопа до Туапсе. Н. М. Книпович утверждал, что у берегов Турции «неоткуда взяться холодным водам, поскольку это самый южный район Черного моря». Впоследствии гидрологи показали, что к берегам Турции зимой действительно приходят весьма холодные воды, образовавшиеся в северо-западном районе и обошедшие (против часовой стрелки) все промежуточные берега.