Но после торопливого, непышного венчания, в первые недели вдвоем он беспокоен и раздражителен. Он признавался с пугающей откровенностью: "Вообще все, что выводит меня из обыкновенного круга моих занятий, действует на меня не совсем благоприятно". Это про медовый месяц.
Ему было некогда — великие дела ждали его. Где ему разгадывать молчаливую, несуетно приветливую Екатерину Дмитриевну! Он быстро и уверенно помогал ей строить семейное счастье по его плану. Он попросту запер ее в четырех стенах нанятой и по советам знакомых, обставленной квартиры: в театр не возил, потому что допоздна пропадал в театре анатомическом, на балы с ней не ездил, потому что балы безделье, да и одна мысль, что жена пойдет выделывать ногами, его ужасала, отбирал у нее романы и подсовывал ей взамен ученые журналы, потому что это поможет ей. понять его направление, он ревниво отстранял ее от подруг, потому что она должна была всецело принадлежать ему, как он всецело принадлежит науке. Он хотел один заменить ей все: дело, думы, людей. А женщине, наверно, было слишком много и слишком мало одного великого Пирогова.
Екатерина Дмитриевна умерла на четвертом году супружества, оставив Пирогову двух сыновей: второй стоил ей жизни. Она умерла в январе — еще не успели убрать елку, устроенную для старшего мальчика: темное пахучее дерево стояло посреди гостиной, окутанное серебряной бахромой, огоньки свечей вздрагивали медными грошиками.
Из рапорта профессора Пирогова: "Расстроенное мое здоровье, требующее по крайней мере полугодичного спокойствия и перемены места, заставляет меня переменить весь род моей службы…"
Но в тяжкие для него дни горя и отчаяния высочайше утвержден его проект Анатомического института. "В вечерние часы, — вспоминал современник, — вся эта огромная комната, переполненная трупами во всех положениях и видах, окруженными массами студентов, одетых в черные клеенчатые фартуки, при тусклом освещении и копоти масляных ламп, окутанная облаками табачного дыма, производила странное впечатление, напоминая собою скорее картину пещеры из дантовского ада, чем место для научных исследований". Но это было место для научных исследований — первый в мире Анатомический институт! И когда Пирогов, ко всем должностям которого прибавилась еще одна, тоже, кажется, прежде неслыханная — "директор анатомических работ", когда Пирогов входил в эту адскую пещеру, он чувствовал, как горе понемногу отлетает, и боль в душе унимается, и где-то в самом уголке ее тихо оживают надежды.
Чудо произошло в американском городе Бостоне 16 октября 1846 года. Хирург Джон Уоррен удалил пациенту опухоль на шее без боли. Ему помогал зубной техник Уильям Мортон. Перед операцией он приладил к лицу больного неуклюжую маску и, стараясь не торопиться, подливал в соединенный с нею трубочками сосуд прозрачную жидкость из бутылки. Руки у Мортона дрожали, жидкость плескала мимо, по комнате расползался пронзительный тяжелый запах. Через несколько минут Мортон сказал, обращаясь к хирургу: "Приступайте, мистер Уоррен. Ваш пациент уже далеко!" Бывалый Уоррен взглянул на него едва не с испугом. Пациент на столе спал. Хирург взял нож и помедлил делать первый разрез: ему было не по себе от бесчувственной неподвижности больного. Он вдруг почувствовал, что ему трудно преодолеть себя, что он не умеет оперировать, не слыша воплей и стонов, не видя перёд собой искаженного болью лица, умоляющих глаз. Наверно, прав умный француз Вельпо, когда говорит, что операция без боли — химера, что режущий инструмент и боль — понятия извечно неразделимые. Уоррен внимательно осмотрел ремни и полотенца, которыми были связаны руки и ноги больного. Он поднес нож к телу больного, почти уверенный, что еще мгновение, и больной, конечно же, откроет глаза, заорет благим матом, дернется, стараясь порвать путы, и все будет просто и легко, как всегда. Но больной спал. Уоррен работал в непривычной, напряженной тишине. Ему казалось, что это он спит: впервые в жизни он не спешил, движения его были замедленны, как бывают в воде или во сне. Среди молчания он завершил операцию, отложил, стараясь не звякнуть, инструменты и растерянно повернулся к зрителям: "Джентльмены, это не обман!.."