Поразительно, но римские аристократы, узнав 16 января о теперь уже несомненном движении Цезаря на столицу, растерялись. И это при том, что ситуация назревала уже года два, а к войне вроде бы готовились. Растерялся и сам Помпей, которому сенат вручил верховное командование. Оказалось, что он не может так быстро собрать войска. В сенате ему иронично предлагали топнуть ногой, как он обещал. Наконец Помпей объявил, что его сторонники должны вместе с ним покинуть Рим для продолжения борьбы. Более того, тех сенаторов, которые не последуют за ним, он будет считать врагами. Насколько это отличалось от позиции Цезаря! Тот, наоборот, стремясь любыми способами оттолкнуть от Помпея его соратников, даровал многим из них полное прощение, даже наградил впоследствии высокими государственными должностями. Он объявил, что тех, кто соблюдает нейтралитет, будет считать своими друзьями.
Рим охватила паника. Даже те, кто не поддерживал Помпея, покидали свои дома, хватая без разбора какие-то пожитки. Все опасались волны репрессий со стороны Цезаря. В спешке сенаторы даже оставили в Риме государственную казну. Цезарь же быстро занимал один город за другим. Население само открывало перед ним ворота, зачастую против желания находившихся здесь военных командиров. Вскоре к Цезарю присоединился еще один легион, пришедший из Галлии. Легионы Помпея сосредоточены были на юге Италии и в средней Италии – в Корфинии. Из-за несогласованности действий военачальников эти силы так и не соединились. В результате Цезарь мог разбираться с ними отдельно. Его войско осадило Корфиний, и здешние легионы решили перейти на сторону Цезаря, освободив его от необходимости вести длительную осаду города. Цезарь же продемонстрировал еще раз свое знаменитое милосердие, отпустив с миром попавших к нему в руки помпеянцев – крупных военачальников, сенаторов, всадников.
Помпей уже принял решение не сражаться с противником в Италии, а переправить свою армию на Балканский полуостров. Последняя часть его войска отплыла из порта Брундизий 17 марта. В распоряжении Помпея оставался практически весь флот, так что Цезарь не мог преследовать противника. Но в руках Юлия Цезаря за очень короткий срок оказалась вся Италия. При этом он, собственно, не дал ни одного сколько-нибудь крупного сражения и, даже побеждая, несколько раз пытался начать с Помпеем мирные переговоры, но тот неизменно уклонялся от них.
Из Брундизия Цезарь вернулся в Рим. Никаких репрессий с его стороны не последовало. Он собрал оставшихся представителей сената, убеждал их в том, что стал жертвой беззакония и вынужден был защищаться. Ему не очень-то и возражали. Единственный эпизод, когда новому властителю Рима пришлось применить силу, был связан с государственной казной. Упускать возможность захватить ее Цезарь не мог, он приказал взломать дверь в хранилище и, встретив сопротивление со стороны трибуна Метелла, пригрозил убить его, доверительно сообщив, что «сказать это мне труднее, чем сделать». Население Рима Цезарь подкупил хлебной раздачей и обещаниями денежных подарков.
В столице он пробыл всего около недели. Больше всего Цезаря занимала необходимость продолжения войны с Помпеем, а медлить в этих делах он не привык. В Сицилию, Сардинию и Галлию поехали его уполномоченные, которые должны были сменить там в качестве наместников ставленников сената. Руководство городскими делами в Риме Цезарь оставил претору Эмилию Лепиду, управление Италией – Марку Антонию. Пока Цезарь находился в походе, в Риме Лепид провозгласил его диктатором.
Сам же вождь антипомпейских сил отправился не в Грецию, где находился Помпей, а в Испанию. Дело в том, что там оставались значительные силы, преданные Помпею, и чувствовать такую опасность в тылу Цезарь не хотел. Отправляясь на Пиренейский полуостров, он произнес: «Я еду воевать с армией без полководца, чтобы потом встретиться с полководцем без армии».
В Испании Цезарю пришлось вести борьбу против легатов Помпея – Луция Афрания и Марка Петрея. Военные действия сосредоточились в районе города Илерда. Вначале они развивались не очень успешно для Цезаря. Был даже такой момент, когда бурным течением реки Сикарис оказались разбиты и снесены мосты, а Цезарь со значительной частью своих войск очутился чуть ли не в положении осажденного, отрезанного от продовольствия и подкреплений. Хорошо что ему удалось тайно от противника навести мост через реку в 30 километрах от своего лагеря. Огромное значение во всей испанской кампании сыграла та добрая слава, которую традиционно покровительствовавший провинциальным общинам Цезарь оставил о себе, еще будучи пропретором. На его сторону стали переходить без всякого боя города к северу от Ибера (Эбро). Афраний и Петрей пытались отступить в места, где позиции помпеянцев были сильнее, но Цезарь отрезал противнику путь к Иберу, окружил и вынудил сдаться в начале августа 49 года до н. э. Этому предшествовали массовые братания солдат двух армий, переговоры Цезаря с вождями подчинявшихся Афранию испанских племен. В дальнейшем Афрания упрекали в том, что он проиграл не полководцу, а купцу и дипломату. Действительно, Цезарь опять продемонстрировал умение одерживать победы не военным, а дипломатическим (а иногда, чего греха таить, и финансовым) путем. Цезарь провел в Кордубе (Кордове) всеиспанский съезд, где не забыл поблагодарить и наградить все общины, поддержавшие его в борьбе. Вскоре под ударами цезарианцев пала Массилия (сейчас Марсель). Таким образом, Цезарь полностью подчинил себе запад. Восток же оставался у Помпея. Он все еще не уступал противнику ни в количестве войск, ни в каких-либо других ресурсах, зато имел подавляющее превосходство на море. Туда Цезарь мог даже и не соваться. Тем более, что и то незначительное количество кораблей, которое у него было, Долабелла потерял в сражении у берегов Иллирии. Так что в Цизальпинскую Галлию могли в любой момент нагрянуть войска Помпея из Македонии, а в Испанию – из Африки, где погиб в боях с нумидийским царем Курион.