После этого Олимпиада вернулась в Эпир, а Александр отправился в Иллирию. Филиппу долго пришлось улаживать конфликт – он примирился с первенцем, которого официально объявил своим наследником, Аттал и его родственник, влиятельный Парменион, были отправлены командовать войсками в Анатолию во избежание столкновений с Александром. Эпирскому царю была обещана в жены сестра Александра. Тот вроде пошел на сближение с отцом, но с этого момента уже вел активную политическую игру за кулисами, не будучи уверенным в своих возвращенных правах. Так, он сблизился с правителем агриан Лангаром, который еще окажет ему большую услугу. Кроме того, Александр вступил в тайные переговоры с правителем Карии, прося руки его дочери. Вероятно, македонский наследник стремился стать правителем независимого государства, чтобы уже оттуда, с суверенных позиций, разговаривать с Филиппом и претендовать на Македонию. Переговоры эти Филипп пресек. Он имел тяжелый разговор с сыном. Ближайшие друзья Александра – Птолемей, Гарпал, Неарх, Лаомедон, Эригий – были высланы из страны. Неизвестно, как бы события развивались в дальнейшем, но произошла трагедия. Летом 336 года до н. э. в городе Эги (древней столице Македонии) происходили торжества по поводу свадьбы эпирского царя и македонской царевны. Филипп все время находился рядом с сыном и, кажется, был вполне доволен и собой, и им. При входе в театр офицер из гвардии гипаспистов Павсаний нанес царю смертельный удар мечом. Павсаний тут же был убит телохранителями, а Филипп скончался на руках у Александра. До сих пор не ясно, кто же подослал Павсания. У него были какие-то собственные семейно-личные мотивы для убийства, но это не исключает и участия высокопоставленных особ. Среди возможных заказчиков можно назвать персидского царя (македоняне уже завершали переговоры перед походом, а «царь царей» потом в письмах грекам похвалялся, что именно он убил душителя свободы эллинов) и Олимпиаду (по понятным причинам: кстати, она по приезде в Македонию позаботилась о благоустройстве могилы Павсания); наконец, самого Александра.
Так или иначе, но македонская знать и армия не решились обвинить наследника в отцеубийстве. Очень быстро его провозгласили новым царем при полном видимом одобрении со стороны солдат и офицеров. Антипатр первым поддержал Александра. Молодой царь сразу же устранил всех других возможных политических противников внутри страны. Было объявлено, что они использовали Павсания в личных целях. Были казнены влиятельные братья из княжеского рода Линкестидов. Были уничтожены Аминта, которого в свое время обошел Филипп; Каран – сын Филиппа, родившийся, когда тот еще не был царем; и практически все другие мужские потомки покойного царя (он, как уже упоминалось, был весьма чувственным человеком). Затем царь расправился с Атталом и всеми мужчинами его рода. Парменион уцелел, поскольку противодействовал Атталу, когда тот пытался настроить против нового царя армию; и более того, он (Парменион) стал одним из первых людей в государстве. Женщин Александр не тронул. Эту миссию взяла на себя его жестокая мать: в отсутствие сына она приказала убить свою соперницу Клеопатру и ее маленькую дочь.
Известие о гибели Филиппа взбудоражило всю Грецию. Подняли голову демократы. Демосфен появился на главной площади Афин в праздничном одеянии и с венком на голове и произнес речь, в которой сказал: «Филипп умер, а этот дурачок – его сын – нам не страшен». Афины начали переговоры с тогда еще живым Атталом и Персией. В Фивах и Амбракии поднялись восстания против расположенных там македонских гарнизонов. Большинство крупных греческих полисов отказались признать Александра. Однако тот показал себя не менее, а может, и более «железным» человеком, чем его отец. О волнениях в греческих городах он, конечно, узнал очень быстро. Молниеносно собрав армию (благо регулярное македонское войско почти всегда готово действовать), Александр не менее стремительно прорвался по труднодоступным тропам сначала в Фессалию, где его немедленно признали пожизненным стратегом. Затем македонские части под его командованием заняли Фермопилы, его признали амфиктионы. Очень скоро Александр неожиданно (для греков, разумеется) появился под Фивами и послал ультиматум Афинам. Полисы даже опомниться не успели, как уже слали льстивые послания и собирались на созванный Александром очередной Коринфский конгресс. Они признали нового македонского правителя гегемоном эллинов и перепоручили теперь ему должность главнокомандующего в предстоящей войне с персами. Это было самым удачным для Александра началом правления. Практически не пустив в ход оружия, он добился полного подчинения Эллады.