Уже после того, как воцарился мир в Вавилонии, вспыхнуло назревавшее и готовящееся Мардук-апла-иддином восстание на западе. Непосредственным организатором и вдохновителем этого восстания был Езекия (Хизикия), царь Иудеи, который нашел поддержку у Египта и арабских бедуинов. Он отказался платить Ассирии дань и позволил жрецам, знатным людям и простому народу города Экрона заковать в цепи их властителя Пади за то, что тот выполнял договоры и соблюдал присягу в верности ассирийскому царю. Среди восставших территорий были Тир, Сидон, филистимлянские города и т. д… Надо отметить, что у союзников не было в действиях единодушия и сами они были, очевидно, деморализованы судьбой вавилонского восстания.
А Синаххериб в 701 году начал свой новый, третий поход, теперь уже на Иудейское царство.
При его приближении сидонский царь Элулай бежал на остров Кипр. Тир был осажден ассирийцами, но не был взят. Тогда Синаххериб, будучи ловким дипломатом, решил возвысить вечного врага Тира, город Сидон, и на царский престол в Сирии посадил сидонянина Тубаала.
Финикийцы и частью филистимляне покорились Ассирии. Аскалонский царь за попытку оказать сопротивление лишился своего престола и был уведен в плен.
К счастью для Иерусалима, Синаххериб простоял некоторое время в Сидоне, чтобы лично принять присягу и дань от финикийских, аммонутянских, моавских и других владык. Только после этого Синаххериб послал отряд, чтобы наказать восставших против него иудеев, а сам с главными силами армии пошел на юго-восток. При городе Алтаке, близ Экрона, Синаххериб наголову разбил преградившую ему путь египетскую армию, состоявшую из пехоты, колесниц и конницы. Сыновья египетского фараона были взяты в плен. После этого ассирийский царь двинулся к Лахишу, овладел им и другими иудейскими городами. «46 городов его могучих, — сообщает Синаххериб, — крепостей и мелкие селения, что в их окрестностях, которым нет числа, 200 150 человек, малых и больших, мужчин и женщин, лошадей, мулов, ослов, верблюдов, крупный и мелкий рогатый скот без числа я вывел из них и счел добычею».
Далее войска Синаххериба двинулись на Иерусалим и осадили его со всех сторон. Иудейский царь Езекия попал в Иерусалиме в капкан, из которого не было выхода. Жители города голодали, но все еще надеялись на помощь Египта. В это время в ассирийской армии вспыхнула чума. Но и иудейский царь, потеряв надежду на помощь Египта и желая облегчить судьбу горожан, решился принести повинную. Мир был заключен, осада Иерусалима снята. Езекия откупился огромной данью — 150 кг золота и 9 т (согласно Библии) или даже 24 т (по ассирийским данным) серебра, не считая всевозможного другого добра. Чтобы собрать такую дань, Езекия должен был не только опустошить свою и храмовую казну, но и снять с дверей и пилястров храма золотую обшивку. Все эти драгоценности он отправил в Лахиш вместе с освобожденным царем города Экрона Пади, которого Синаххериб вновь восстановил на престоле. Земли же, захваченные у Иудеи, он разделил между тем же Пади и оставшимися ему верными властителями Ашдода и Газы.
Синаххериб захватил в Иудее огромную добычу, но взять одну из самых мощных крепостей того времени, Иерусалим, ему так и не удалось. Это было вызвано не только эпидемией, вспыхнувшей в ассирийском войске, но и обстоятельствами, заставившими Синаххериба возвратиться в Вавилон. Там его противники решили избавиться от ассирийского господства и вновь подняли восстание. Негодованию Синаххериба не было предела. Он считал виновниками восстания вавилонскую знать и жречество, которые по каждому поводу сеяли смуту, желая ослабить влияние ассирийского государства на Вавилон и его области Синаххериб, и в свою очередь, старался ослабить значение Вавилона, свести на нет его роль, ибо историческая слава и привилегированное положение этого города мешали проведению в жизнь его планов. Тем более что союз Вавилона с Эламом при поддержке Египта часто угрожал безопасности ассирийского государства.
Синаххериб вел дальновидную политику. Планируя завоевание Египта, он ставил своей целью направить торговый путь на Восток, минуя Вавилонию, чтобы свести на нет ее роль как торгового центра почти всей Передней Азии.
Вавилоняне, естественно, оказывали сопротивление этим планам. И даже ставленник Синаххериба Белибни под влиянием своих соотечественников в конечном счете откололся от Ассирии и вступил в союз против нее с халдеями.
В 700 году Синаххериб нанес поражение союзу Вавилона и Халдеи и снова захватил Вавилон. Учитывая, что Белибни был лишь слепым орудием в руках вавилонской верхушки, он ограничился возвращением его обратно в Ниневию. На вавилонский престол Синаххериб поставил своего старшего сына, Ашшурнадиншума, а сам выступил против Мардук-апла-иддина.
Мардук-апла-иддин был одним из самых опасных врагов Ассирии. Вытесненный в 702 году из Вавилона, он отступил в свои наследственные владения, защищенные болотами, казавшимися непроходимыми, в халдейскую область Бит-Якин, на берегу Персидского залива. Однако и тут его настигли войска Синаххериба. Мардук-апла-иддин не решился оказать сопротивление. Погрузив на корабли небольшое количество воинов и захватив с собой статуи богов, он пересек Персидский залив и добрался до южного побережья Элама. Не имея флота, Синаххериб не пытался его преследовать и удовольствовался захватом в плен халдеев, оставшихся на берегу (в том числе брата и сыновей Мардук-апла-иддина).
Мардук-апла-иддин получил от эламского царя Халлудуша-Иншушинака II город Нагиту, «лежащий посреди моря», т. е. на одном из островков Персидского залива. Здесь он чувствовал себя в полной безопасности.
Действительно, Синаххериб на шесть лет оставил своего злейшего врага в покое. Он подчинял воинственных горцев, обитавших на северо-востоке от среднего течения Тигра, а затем перебросил свои войска на северо-запад, в Киликию, где в 696 году было усмирено восстание наместника Кируа. На следующий год Синаххериб покорил соседнее царство Тиль-Гаримму в восточной части Каппадокии.
Только в 694 году Синаххериб решил возобновить борьбу с Мардук-апла-иддином и окончательно расправиться с этим непримиримым врагом Ассирии. Но добраться до его новой резиденции, города Нагиту, можно было только морем. И тогда Синаххериб с помощью финикийцев построил флот.
Он высадился с моря, взял город и увез с собой беглецов. Ни один из ассирийских государей не предпринимал ничего подобного, ни один из них не повторил этого. Многие одержали и более крупные сухопутные победы, чем он, но Синаххериб единственный победитель на море.
Итак, последнее убежище Мардук-апла-иддина было подвергнуто разгрому и были опустошены соседние области Южного Элама. Множество халдейских пленников (беглецов из Бит-Якина), а также эламитов было уведено в Ниневию. Однако среди пленников не оказалось самого Мардук-апла-иддина. Больше мы ничего о нем не знаем. Надо полагать, ему удалось ускользнуть и он умер в изгнании. Так завершилась 30-летняя борьба Ассирии с халдейским претендентом на царский трон Вавилона.
Однако эламский царь Халлудуш-Иншушинак II и его преемник, Кудур-Наххунте, не оставили мысли об отторжении Вавилонии от Ассирии и превращении ее в государство, зависимое от Элама. В Вавилоне появляются новые ставленники эламитов. Опустошив южные области Элама, Синаххериб пытается нанести врагу новый удар и в 693 году направляется в северо-западные горные области Элама. Этот поход начался удачно. Тридцать четыре эламских города с окрестными селениями были разорены, и спорные пограничные районы присоединены к ассирийской провинции Дер (на восточном берегу Тигра). Эламский царь Кудур-Наххунте покинул свою укрепленную резиденцию Мадакту и удалился в отдаленную горную твердыню — Хидалу. Синаххериб двинулся через горы по направлению к покинутому «царскому городу» Мадакту, но его поход из-за неблагоприятных погодных условий был внезапно прерван. Наступил месяц кислим (ноябрь-декабрь). В горах Загра разразились стремительные ливни, а затем начался снегопад. Горные ручьи разлились, и переправиться через них не было никакой возможности. Синаххериб «устрашился» (как он сам откровенно признает) не противника, отказавшегося от сопротивления, а разбушевавшейся стихии и повернул назад.