Сейчас имя ученого связывают с «оккультным возрождением» в Англии и ему даже приписывают авторство пьес Уильяма Шекспира. На самом же деле Фрэнсиса интересовала только наука. Просто в то время ее называли естественной, или экспериментальной, магией, объединяя с алхимией и астрологией. Ученый выступал против любого шарлатанства в данной сфере, ратуя за «точное эмпирическое исследование реального опыта». То есть за ту магию, что создает «чудеса» научно-техническим путем. Этой теме Бэкон посвятил труды «Великое восстановление наук» и «Опыты, или Наставления нравственные и политические». Науку, в особенности прикладную, он называл законной наследницей древней магии, уже исчерпавшей свои ресурсы и вынужденной передать эстафету новым формам познания природы. Познав тайные законы материи — в первую очередь загадку взаимопревращения и взаимопроникновения веществ, — человек способен достичь высшего — божественного могущества и разработать новые законы, которые изменят его среду обитания в соответствии с высокими запросами «царя природы».
Поскольку справиться с таким замыслом в одиночку вряд ли кому-то под силу, ученый выдвинул идею создания обществ, члены которых могли бы поддерживать друг друга в начинаниях. Такие содружества совмещали бы в себе научно-культурное просвещение и просветленность божественным духом, являясь главной движущей силой духовно-научного прогресса, благодаря которому человек мог бы уподобиться Богу.
В 1620 г., в предисловии к труду «Новый Органон, или Истинные указания для истолкования», Бэкон изложил «великий план восстановления наук». Основу его учения составила теория «идолов», препятствующих познанию мира, а также принципы индукции, с помощью которых этих идолов можно свергнуть. Последних ученый разделил на четыре типа. Идолы рода — ошибки, совершаемые в силу субъективности восприятия, склонности приписывать природе человеческие качества. Идолы пещеры — ошибки, обусловленные индивидуальными особенностями мышления, которые в крайних проявлениях мешают познанию (например, консервативность мешает воспринимать новое, склонность к анализу — обобщать и т. д.). Идолы площади — ошибки, порождаемые пустыми словами, искажающими понимание реальности. Идолы театра — ошибки, совершаемые из-за приверженности догмам, суевериям и пр.
Ученый придерживался мысли, что истинное знание рождается из чувственного опыта и достигается путем постепенного обобщения фактов, наблюдаемых в этом опыте. Все знания ученый делил на три типа, согласно их психическим функциям. Историю он относил к памяти, поэзию — к воображению, философию (в которую включались и науки) — к разуму. В основе научного познания, по Бэкону, лежат индукция и эксперимент. Индукция (метод рассуждения от частного к общему) может быть полной и неполной. Полная индукция предполагает, что свойства предмета в изучаемом классе повторяются регулярно, а обобщения базируются на предположении, что именно так обстоит дело во всех сходных случаях. Неполная индукция включает обобщения, сделанные на основе исследования только некоторых объектов класса в тех случаях, когда количество всех объектов необозримо. Такое заключение носит вероятностный характер.
Пытаясь создать «истинную индукцию», Бэкон искал факты, не только подтверждающие определенный вывод, но и опровергающие его. Причем главное значение для него имели именно исключения. С помощью этого метода Бэкон установил, например, что «формой» теплоты является движение мельчайших частиц тела.
В 1620 г. ученый выразил свои идеи в утопии «Новая Атлантида», за которую король пожаловал ему 1,2 тыс. фунтов. В этом произведении ученый описал вымышленный тихоокеанский остров Бенсалем, которым правит орден Дом Соломона — сообщество мудрецов, объединяющее в себе прошлое и будущее, поскольку члены ордена искушены во всех формах древней магии и в то же время придерживаются технократических принципов. Они занимаются наукой, руководят техническими изобретениями, распоряжаются производством и ресурсами страны, заботятся о внедрении изобретений в промышленность и сельское хозяйство, управляют государством. Также им принадлежит монополия внешних отношений. На остров нет доступа иностранцам; лишь мудрецы Дома Соломона путешествуют по другим землям, откуда привозят сведения обо всех открытиях науки и техники. Целью общества является расширение власти человека над природой — до тех пор, пока его возможности не станут безграничными. На острове есть комнаты чудесного исцеления болезней и поддержания здоровья, подводные лодки и приборы передачи звуков на расстояние, способы улучшения пород животных и выведения новых растений. Очевидно, что члены общества осуществили «великое восстановление наук» и возвратились к состоянию Адама до грехопадения — именно так Бэкон представлял себе конечную цель духовной эволюции человечества.