С учреждением в 1590 году в Русском царстве патриаршества Гермоген становится митрополитом Казанским и Астраханским. Уже в то время он «ревностно» занимался церковно-политической деятельностью. Проводил христианизацию нерусского населения Поволжья, создавал особые слободы «новокрещёнов». Вёл энергичное церковное строительство в своей митрополии.
В 1592 году он обращался к патриарху Иову с просьбой установить ежегодное поминание казанских христианских мучеников за веру и русских воинов, павших под Казанью в 1552 году.
Гермоген также был известен как видный церковный литератор своего времени. Его перу принадлежит «Сказание о явлении иконы Казанской Богоматери», одной из самых почитаемых в Русской православной церкви.
…Казанский и Астраханский митрополит деятельно участвовал в избрании ближнего боярина Бориса Годунова на царство. Так на смену династии Рюриковичей пришла династия Годуновых, которой не суждено было долго просуществовать. В Русском царстве наступило Смутное время.
Лжедмитрий I (он же галичский дворянин Григорий Отрепьев), став обладателем шапки Мономаха и царём всея Руси Дмитрием I, попытался наладить или, вернее сказать, уладить отношения с православными иерархами. Он вызвал в Москву, среди прочих лиц, и влиятельного митрополита Гермогена.
Однако Гермоген не стал прислужничать самозванцу. В Московском Кремле митрополит во всеуслышанье потребовал от воцарившегося Лжедмитрия I перехода его невесты католички Марины Мнишек в православие. Но ни она, ни поляки, наводнившие Москву, о том и слышать не желали. Митрополит был подвергнут царской опале и сослан в Казань.
Однако самозванцу долго царствовать не пришлось. Он был свергнут в результате народного взрыва, который подготовили бояре-заговорщики во главе с братьями Шуйскими. Один из них, Василий Шуйский, стал новым государем всея Руси.
…В 1606 году в Москве состоялись выборы нового Патриарха Московского и всея Руси. Им стал Гермоген, митрополит Казанский и Астраханский, известный патриот родной земли, ярый противник прихода «на Москву» иноземцев и иноверцев, сторонник народного единения в Русском царстве, которое в злую годину смуты переживало национальную трагедию.
Новый Всероссийский Патриарх поддержал царя Василия Шуйского во время народного восстания под руководством Ивана Болотникова 1606–1607 годов. Более того, он предал восставших церковному проклятию, что было тогда сильным, действенным средством против любых народных волнений.
Чтобы «избавить» Отечество от поветрия самозванчества, патриарх организовал перемещение мощей царевича Дмитрия Ивановича из Углича в Москву. Тем самым на официальном церковном уровне признавалась смерть самого младшего сына царя Ивана Грозного.
20 февраля 1607 года Гермоген провёл ещё одно важное мероприятие, имевшее большую политическую значимость и направленное на укрепление государственности Московского царства, на его способность защититься от внешних врагов. Это было проведение в кремлёвском Успенском соборе всенародного церковного покаяния с целью прощения всех совершённых в годину Смуты клятвопреступлений.
Когда же на политическую сцену вышел Лжедмитрий II (он же Богданка), патриарх Гермоген посылал в Тушинский лагерь «увещевательные грамоты». Он же воспротивился свержению с престола царя Василия Шуйского, который был ему обязан сильной поддержкой при избрании.
…Когда Семибоярщина пригласила на царствование польского королевича Владислава, патриарх выдвигал непременным условием этого принятие католиком Владиславом православия. Однако к его голосу власть держащие люди «на Москве» не прислушались, хотя Гермоген увещевал бояр:
«Скажу вам прямо: буду писать по городам, если королевич примет греческую (православную. — А. Ш.) веру и воцарится над нами, я им подам благословение; если воцарится, да не будет с нами единой веры, и людей королевских из города не выведут, то я всех тех, которые ему крест целовали, благословлю идти на Москву и страдать до смерти».
Гермоген не подписал грамоту с распоряжением героическим защитникам города-крепости Смоленска о сдаче его полякам. Он резко протестовал против национального предательства бояр, впустивших ночью в Москву, в Кремль, польское коронное войско гетмана Жолкевского, благодаря чему первопрестольный русский град оказался в руках не просто иноземцев, но ещё и иноверцев-католиков.