Весной 1909 года Альберт Швейцер подружился с Еленой Бреслау, дочерью преподавателя Страсбургского университета. Поистине эти двое нашли друг друга. Елена всегда стремилась помогать униженным, обездоленным, оскорбленным. Она готова была помочь Швейцеру в осуществлении той грандиозной задачи, которую он перед собой поставил.
18 июня 1912 года состоялось бракосочетание Альберта Швейцера и Елены Бреслау. Швейцер с женой стали тотчас же готовиться к отъезду в Африку. Сам он тоже прошел в Париже курс тропической медицины. Надо было тщательно продумать, какое медицинское оборудование, какие лекарства брать с собой в Африку. Малейшая оплошность, отсутствие какого-либо хирургического инструмента или же лекарства могли обернуться трагедией. Из Европы все это могло быть прислано лишь много месяцев спустя! Супруги Швейцер располагали к тому же весьма ограниченными средствами, приходилось считаться и с этим.
К этому времени еще не была завершена работа над рукописями. Готовилось второе издание книги «История изучения жизни Иисуса». Кроме того, Швейцер работал над второй частью «Истории исследования учения Павла» и беспрестанно отвечал на письма из разных городов и церковных общин, авторы которых просили у него совета по вопросам органостроения. Альберт Швейцер не справился бы с таким объемом работы, не будь у него верной и толковой помощницы в лице Елены Бреслау.
Однако самой неотложной задачей оставалось написание диссертации по медицине. Швейцер избрал для нее любопытную тему: «Психиатрическая оценка личности Иисуса».
В 1913 году Швейцер с женой отплыли в Африку, по поручению Парижского миссионерского общества они должны были основать больницу при миссии в Ламбарене (Французская Экваториальная Африка, ныне Габон). Потребность в его услугах была огромной. Не получая медицинской помощи, туземцы страдали от малярии, желтой лихорадки, сонной болезни, дизентерии, проказы. В первые же девять месяцев Швейцер принял 2 тысячи больных. В 1917 году Швейцер и его жена, как германские подданные, были интернированы во Францию до конца первой мировой войны. В 1919 году у них родилась дочь Рена.
После освобождения Швейцер провел еще семь лет в Европе. Истощенный, больной, измученный необходимостью выплачивать долги по Ламбарене, он работал в муниципальной больнице в Страсбурге. Кроме того, он возобновил органные концерты. С помощью архиепископа Натана Сёдерблю Швейцер в 1920 году давал концерты и читал лекции в Упсальском университете и других местах.
В эти годы Швейцер развил систему этических принципов, которую назвал «Почтение к жизни». Свои взгляды он изложил в книгах «Философия культуры I: Упадок и возрождение цивилизации» и «Философия культуры II: Культура и этика», опубликованных в 1923 году». Определение этики представляется мне таким, — объяснял Швейцер — То, что поддерживает и продолжает жизнь, — хорошо, то, что повреждает и нарушает жизнь, — плохо. Глубокая и всеобщая этика имеет значение религии. Она и есть религия». Почтение к жизни, продолжал Швейцер, «требует от каждого жертвовать частицей своей жизни ради других».
Швейцер снова собирался в Ламбарене. Существовала одна важная проблема, которая долгое время ставила под вопрос планы Швейцера: его жене по состоянию здоровья была противопоказана Африка, не говоря уже о том, что ей надо было растить пятилетнюю дочь Рену. Супругам Швейцер пришлось принять суровое решение — о разлуке на долгие годы И только благодаря тому, что Елена понимала важность замысла своего мужа и, находясь в Европе, деятельно помогала ему во всем, Швейцеру удалось заново создать, а впоследствии и расширить прославившуюся на весь мир больницу в Ламбарене.
Совместно с Эммой Мартин она великолепно организовала постоянную помощь больнице из Европы. Таким образом, заслуга Елены Швейцер в осуществлении дела, которому посвятил свою жизнь ее муж, весьма велика.
В 1923 году, в Верхнем Шварцвальде, в городке Кенигсфельд, Швейцер построил дом для своей жены и ребенка. Он не хотел уезжать в Африку, пока дом не будет готов. Много времени провел он со строителями. Часто, засучив рукава, он и сам брался за работу. С неизменным рюкзаком на спине, он приезжал на велосипеде на строительную площадку, минуя французскую границу. В ту пору послевоенная Германия переживала период острейшей инфляции, и строители радовались куску мяса и даже хлеба куда больше, чем любому вознаграждению в обесцененных денежных знаках.
Отъезд в Африку был назначен на начало 1924 года. Вернувшись в Ламбарене, Швейцер нашел больницу в руинах. Его новая больница постепенно превратилась в комплекс из 70 зданий, в ее штат входили врачи и медсестры из числа добровольцев. Комплекс строился как типичное африканское селение, электричество было проведено только в операционные. Вокруг свободно бродили животные, и членам семьи разрешалось ухаживать за больными во время выздоровления. Целью Швейцера было вызвать доверие туземцев, оказывая им помощь в знакомых для них условиях. К началу 1960-х годов в больнице Швейцера размещалось 500 человек.
Периоды работы в Африке Швейцер чередовал с поездками в Европу, во время которых читал лекции, давал концерты, чтобы собрать средства для больницы. Он был удостоен многих наград.
В 1928 году город Франкфурт наградил его премией имени Гете, воздав должное «гетевскому духу» Швейцера и его служению человечеству. Когда в 1939 году в Европе началась война, лекарства для Ламбарене стали поступать из США, Австралии, Новой Зеландии. После войны поток грузов возрос.
После войны ученый встречался с Альбертом Эйнштейном. Швейцер уверял Эйнштейна, что разум и нравственное начало возобладают над слепыми разрушительными инстинктами, что в мировом общественном мнении произойдут глубокие изменения, которые должны неизбежно повести к отказу от войн.
В 1951 году Швейцер получил премию Мира западногерманской ассоциации книгоиздателей и книготорговцев. В том же году он был избран членом Французской академии.
В 1953 году Швейцер находился в Ламбарене, когда пришла весть о присуждении ему Нобелевской премии мира. Представитель Норвежского нобелевского комитета Гуннар Ян отметил: «Швейцер показал, что жизнь человека и его мечта могут слиться воедино. Его работа вдохнула жизнь в понятие о братстве, его слова достигли сознания бесчисленных людей и оставили там благотворный след». Швейцер не мог оставить своих обязанностей в Африке, чтобы присутствовать на церемонии награждения, поэтому премию принял французский посол в Норвегии На деньги, полученные от Нобелевского комитета, Швейцер построил лепрозорий недалеко от больницы в Ламбарене.
В конце 1954 года великий гуманист и мыслитель отправился в Осло, где 4 ноября выступил с Нобелевской лекцией «Проблемы мира». В ней он выразил убежденность, что человечество должно отказаться от войн по этическим причинам, так как «война делает нас виновными в преступлении бесчеловечности». По его мнению, лишь тогда, «когда идеал мира укоренится в людском сознании, можно будет ожидать эффективной работы учреждений, призванных оберегать мир».
В 1957 году Швейцер выступил с «Декларацией совести», переданной по радио из Осло. В ней он призвал всех простых людей мира объединиться и потребовать от своих правительств запрещения испытаний ядерного оружия. Вскоре после этого 2 тысячи американских ученых подписали петицию о прекращении атомных испытаний. Бертран Рассел и Кэнон Коллинз в Англии развернули кампанию за ядерное разоружение.
В 1958 году начались переговоры о контроле над вооружениями, которые пять лет спустя завершились формальным договором сверхдержав о запрете на испытания.
Деятельность Швейцера оценивали по-разному. Некоторые считали его медицинскую практику в джунглях расточительством таланта, другие обвиняли его в бегстве от жизни. Джеральд Макнайт в книге «Вердикт Швейцеру» назвал Ламбарене местом, где Швейцер мог осуществлять абсолютную власть. Многие журналисты считали патерналистское отношение Швейцера к пациентам реминисценцией времен миссионерства. Критики отмечали и его непонимание националистических устремлений Африки, жесткое, авторитарное обращение с помощниками, кое-кто из посетителей говорил о низком уровне санитарии в больнице Швейцера.