Узнав о том, что фанатики готовы убить президента, Аллан Пинкертон решил предпринять меры для предотвращения покушения. С этой целью Пинкертон и Дэвис через Хилла познакомились с «капитаном» Фернандино. Незаметный цирюльник, он, по существу, стал глашатаем балтиморских ультра. Сыщики убедились, что очень многие видные граждане, которых он когда-то стриг, брил и пудрил, считают его теперь своим вожаком.
Дэвис сумел втереться в доверие к Фернандино, изображая из себя сторонника крайних мер. Однажды он был вместе с Хиллом приглашён на собрание заговорщиков. Их было около тридцати. Фернандино привёл всех к присяге, причём Дэвис сделал мысленную оговорку: «в интересах защиты своей родины».
Обсуждался важнейший вопрос: о предстоявшем покушении. Предполагаемый убийца президента должен был определиться путём жеребьёвки. Среди белых шаров, лежавших в ящике, был один красный. Вынувший его заговорщик не должен был выдать этого ни словом, ни жестом, и считать себя удостоившимся чести привести план в исполнение.
Хилл, однако, узнал и под большим секретом сообщил Дэвису, что в ящике не один, а восемь красных шаров: руководители заговора не были уверены в своих сообщниках и решили перестраховаться. Дэвису и Хиллу достались белые шары, но восемь человек остались при убеждении, что именно каждый из них несёт ответственность за спасение Юга от «презренного янки».
Аллан Пинкертон сопоставил сообщение Дэвиса с информацией Уэбстера и других своих агентов и убедился, что заговор действительно имеет место.
Убийство Линкольна должно было произойти во время его проезда через Балтимор и послужить сигналом для разрушения мостов, паромов и железнодорожных путей. В результате северяне остались бы без вождя, столица оказалась бы отрезанной от северных штатов и началось бы восстание рабовладельцев Юга.
Идейные вожди южан, консервативно настроенные, ничего не знали о предстоявшем покушении. Зато начальник полиции Балтимора Кейн принял в его подготовке самое деятельное участие. Он спланировал размещение полицейских в день приезда президента таким образом, чтобы вокруг Линкольна могла собраться толпа, в которой затаились бы участники покушения. Произведя выстрел или нанеся удар кинжалом, убийца должен был затеряться в толпе, а затем скрыться. На берегу Чесапикского залива ждала бы лодка, которая должна была отвезти его на быстроходный пароход. На нём убийцу доставили бы в какой-нибудь отдалённый порт Юга, где его чествовали бы как героя.
Получивший эти сведения Пинкертон направил членам президентского окружения две предостерегающие записки.
21 февраля 1862 года он встретился с президентом и представил ему свои доказательства балтиморского заговора, при этом подвергся перекрёстному допросу, не менее придирчивому, чем в уголовном суде.
Одновременно сведения о заговоре поступили и из других источников, в том числе от Джона Кеннеди, начальника полиции Нью-Йорка.
С учётом всех этих сообщений условия поездки Линкольна из штата Иллинойс в Вашингтон были изменены. Охрана приняла срочные меры. Президент должен был выступать в Гаррисберге на банкете в его честь. Но по совету охраны он предусмотрительно покинул банкетный зал и проследовал к запасному пути, где уже стоял специальный поезд, состоявший из одного вагона. Внезапный отъезд Линкольна был объяснён приступом головной боли.
Поездкой президента, которая частично проходила через мятежную территорию, распоряжались директор железной дороги Фелтон и Пинкертон. По железной дороге, движение на которой было заранее прекращено, Линкольн был доставлен в Филадельфию. Он подчинился всем мерам предосторожности, которые требовала охрана. Ему пришлось изобразить из себя инвалида, которого опекала сердобольная сестра. Её роль исполняла миссис Кет Уорн из пинкертоновской команды. Кстати, она была первой женщиной в Америке, а возможно, и в мире, ставшей профессиональным частным сыщиком.
Президент и сопровождавшая его команда заняли три купе спального вагона поезда. В этот же поезд сели Джон Кеннеди и вооружённая охрана. По совету Пинкертона и распоряжению Фелтона бригады специально подобранных рабочих были посланы красить мосты. Эти люди могли стать резервом охраны в случае мятежа или нападения на поезд. На всех переездах, мостах и запасных путях дежурили вооружённые агенты Пинкертона, снабжённые сигнальными фонарями.
Уже в пути, на одной из станций, от Уэбстера было получено сообщение о том, что отряды рабочих-железнодорожников проходят подготовку якобы для охраны железной дороги, а в действительности для её разрушения по сигналу о начале мятежа.
Аллан Пинкертон разместился на задней площадке вагона, в котором спал президент. Он изучал местность и получал сигналы от своих людей, расставленных вдоль дороги.
Наконец поезд прибыл в Балтимор, миновать который было нельзя. В те времена спальные вагоны, направлявшиеся в столицу, приходилось перетаскивать по улицам Балтимора с помощью конной тяги на вокзал вашингтонской линии. Можно себе представить, каково было Линкольну и его спутникам ехать по улицам города, полного заговорщиков. Но Балтимор мирно спал, не ведая о том, что происходит. До вокзала добрались без всяких осложнений, хотя ещё пришлось понервничать, так как поезд на Вашингтон опоздал на два часа.
На следующее утро Линкольн был в Вашингтоне.
Когда весть об этой удаче контрразведки стала широко известна, враги президента подняли Линкольна и его охрану на смех. Сейчас трудно утверждать, было ли покушение на Линкольна реальной угрозой или блефом Пинкертона и других охранных служб. Факт остаётся фактом — операция по обеспечению безопасности президента прошла успешно.
Фернандино и другие главные заговорщики бежали из Балтимора и скрылись в неизвестном направлении.
После этой операции Пинкертон и его сотрудники вернулись в Чикаго. Но они так хорошо зарекомендовали себя, что после официального вступления президента Линкольна в должность 4 марта 1861 года Пинкертона и Уэбстера снова вызвали в Вашингтон.
К этому времени перед страной встала угроза неизбежной войны. Девять южных штатов уже были охвачены пламенем мятежа. 19 апреля в Балтиморе произошли столкновения регулярных войск и местного населения. Затем было сожжено несколько железнодорожных мостов, сообщение между столицей и Севером прервано, телеграфные провода перерезаны. В этих условиях президент пригласил Аллана Пинкертона обсудить с ним и членами кабинета вопрос об учреждении «отдела секретной службы» в Вашингтоне. Пинкертон был назначен главным руководителем вновь организованной Федеральной секретной службы.
Ожидая официального назначения, он практиковался в искусстве военной разведки в качестве «майора Аллена», офицера при штабе генерала Джорджа Мак-Клеллана. Он так понравился генералу, что тот хотел оставить его при себе. Но Пинкертона ждали другие задачи.
Федеральная секретная служба добилась первого успеха, разоблачив опасного агента Конфедерации миссис Розу Гринхау. В докладе Пинкертона говорилось о подозрительных лицах, имевших «доступ в золочёный салон аристократических предателей», принадлежавший богатой вдове Гринхау. Свою шпионскую деятельность она начала в апреле 1861 года. Причём вдова не скрывала своих убеждений и открыто выступала в поддержку рабовладельцев-южан. Как только Аллан Пинкертон и его агенты начали вести наблюдение за этой дамой, они обнаружили неопровержимые доказательства её шпионской деятельности и измены одного федерального чиновника, которого она завербовала.
Окна квартиры Гринхау были расположены слишком высоко, и, чтобы что-нибудь увидеть с тротуара, агенты Пинкертона обычно становились на плечи друг другу. Слежка принесла плоды, и миссис Гринхау была заключена в тюрьму.
Аллан Пинкертон организовал засаду в квартире Гринхау, но, к его удивлению, в ловушку никто не попался. Оказалось, что восьмилетняя дочь миссис Гринхау залезла на дерево и оттуда кричала всем знакомым ей лицам: «Маму арестовали! Мама арестована!»
Но благодаря своим связям вдова Гринхау вскоре вышла из тюрьмы, и ей разрешили выехать в Ричмонд на пароходе, защищённом флагом перемирия.