В 1941–1946 годах Фишер работал в центральном аппарате разведки. Однако это не означает, что он всё время сидел за столом в служебном кабинете на Лубянке. К сожалению, до сих пор недоступны все материалы о его деятельности в тот период. Известно пока, что он, как и его друг Абель, занимался тогда подготовкой и заброской во вражеский тыл нашей агентуры. 7 ноября 1941 года Фишер, занимавший должность начальника отделения связи, был в группе сотрудников разведки, обслуживавшей безопасность парада на Красной площади. Достоверно известно, что в 1944–1945 годах он принимал участие в радиоигре «Березино» и руководил работой группы советских и немецких (работавших под нашим контролем) радистов. Подробнее об этой операции рассказано в очерке об Отто Скорцени.
Не исключено, что Фишер лично выполнял задание в тылу у немцев. Известный советский разведчик Конон Молодый (он же Лонсдейл, он же Бен) вспоминал, что, будучи заброшенным за линию фронта, он почти тотчас был пойман и доставлен на допрос в немецкую контрразведку. В допрашивавшем его офицере он узнал Вильяма Фишера. Тот поверхностно допросил его, а оставшись наедине, обозвал «идиотом» и чуть ли не сапогами вытолкнул за порог. Быль это или небыль? Зная привычку Молодого к мистификациям, можно скорее предположить второе. Но что-то, возможно, и было.
В 1946 году Фишера вывели в особый резерв и начали готовить к длительной командировке за рубеж. Ему тогда было уже сорок три года. У него подрастала дочь. Расставаться с семьёй было очень трудно.
Фишер был всесторонне подготовлен для нелегальной работы. Он великолепно разбирался в радиоаппаратуре, имел специальность инженера-электрика, был знаком с химией и ядерной физикой. Рисовал на профессиональном уровне, хотя нигде этому не обучался. А о его личных качествах, пожалуй, лучше всего сказали «Луис» и «Лесли» — Морис и Леонтина Коэны (Крогеры), с которыми ему доведётся работать в Нью-Йорке: «С Марком — Рудольфом Ивановичем Абелем работать было легко. После нескольких встреч с ним мы сразу почувствовали, как постепенно становимся оперативно грамотнее и опытнее „Разведка, — любил повторять Абель, — это высокое искусство… Это талант, творчество, вдохновение…“ Именно таким — невероятно богатым духовно человеком, с высокой культурой, знанием шести иностранных языков и был наш милый Мильт — так звали мы его за глаза. Сознательно или бессознательно, но мы полностью доверялись ему и всегда искали в нём опору. Иначе и не могло быть: как человека в высшей степени образованного, интеллигентного, с сильно развитым чувством чести и достоинства, добропорядочности и обязательности его нельзя было не любить. Он никогда не скрывал своих высоких патриотических чувств и преданности по отношению к России».
В начале 1948 года в нью-йоркском районе Бруклин поселился свободный художник и фотограф Эмиль Р. Гольдфус, он же Вильям Фишер, он же нелегал «Марк». Его студия находилась в доме 252 по Фултон-стрит.
Это было тяжёлое время для советской разведки. В США в полном разгаре были маккартизм, антисоветизм, «охота за ведьмами», шпиономания. Разведчики, работавшие «легально» в советских учреждениях, находились под постоянным наблюдением, в любой момент ждали провокаций. Связь с агентурой была затруднена. А от неё поступали ценнейшие материалы, связанные с созданием атомного оружия.
Контакт с агентами, непосредственно работавшими на секретных атомных объектах — «Персеем» и другими, поддерживался через «Луиса» (Коэна) и руководимую им группу «Волонтёры». Они находились на связи у «Клода» (Ю.С. Соколова), но обстоятельства сложились так, что встречаться с ними он больше не мог. В директиве из Москвы указывалось, что руководство группой «Волонтёры» должен взять на себя «Марк».
12 декабря 1948 года «Марк» впервые встретился с «Лесли» и начал регулярно работать с ней, получая через неё ценную информацию по оружейному плутонию и другим атомным проектам.
Наряду с этим у «Марка» был на связи кадровый сотрудник американской разведки агент «Герберт». От него через ту же «Лесли» была получена копия законопроекта Трумэна об образовании Совета национальной безопасности и создании при нём ЦРУ. «Герберт» передал Положение о ЦРУ с перечислением задач, возлагаемых на эту организацию. Прилагался также проект указания президента о передаче в ведение ФБР из военной разведки охраны производства секретных вооружений — атомных бомб, реактивных самолётов, подводных лодок и т. д. Из этих документов явствовало, что основная цель реорганизации спецслужб США заключается в усилении подрывной деятельности против СССР и активизации разработки советских граждан.
Взволнованные и обеспокоенные обострением «охоты на ведьм» «Волонтёры» стремились чаще общаться со своим руководителем «Луисом», ставя под удар не только себя и его, но и «Марка». В этих условиях было решено прекратить связь с ним «Луиса» и «Лесли» и вывести их из страны. В сентябре 1950 года супруги Коэны выехали из США. Принятые меры позволили на семь лет продлить пребывание Вильяма Фишера в Соединённых Штатах.
К сожалению, нет доступа к материалам о том, чем занимался и какую информацию передал на Родину Вильям Фишер за этот период. Остаётся надеяться, что когда-нибудь они будут рассекречены.
Разведывательная карьера Вильяма Фишера завершилась, когда связник и радист Рейно Хейханен выдал его. Узнав о том, что Рейно погряз в пьянстве, разврате, руководство разведки решило отозвать его, но не успело. Он залез в долги и стал предателем.
В ночь с 24 на 25 июня 1957 года Фишер под именем Мартина Коллинза остановился в нью-йоркской гостинице «Латам», где провёл очередной сеанс связи. На рассвете в номер ворвались трое в штатском. Один из них заявил: «Полковник! Мы знаем, что вы полковник и что вы делаете в нашей стране. Давайте знакомиться. Мы агенты ФБР. В наших руках достоверная информация о том, кто вы и чем занимаетесь. Лучший для вас выход — сотрудничество. В противном случае арест».
Фишер наотрез отказался от сотрудничества. Тогда в номер вошли чиновники службы иммиграции и арестовали за нелегальный въезд на территорию США.
Вильяму удалось выйти в туалет, где он избавился от шифра и телеграммы, полученной ночью. Но агенты ФБР нашли некоторые другие документы и предметы, подтверждавшие его принадлежность к разведке. Арестованного в наручниках вывели из гостиницы, усадили в машину, а затем на самолёте доставили в штат Техас, где поместили в иммиграционный лагерь.
Фишер сразу догадался, что его выдал Хейханен. Но тот не знал его настоящего имени. Значит, можно не называть его. Правда, отпираться в том, что он выходец из СССР, было бесполезно. Вильям решил назваться именем своего покойного друга Абеля, считая, что как только сведения о его аресте станут известны, дома поймут, о ком идёт речь. Он опасался, что американцы могут начать радиоигру. Взяв известное Центру имя, он давал понять службе, что находится в тюрьме. Американцам заявил: «Буду давать показания при условии, что вы разрешите написать в Советское посольство». Те согласились, и письмо действительно поступило в консульский отдел. Но консул не понял сути. Он завёл «дело», подшил письмо, а американцам ответил, что такой совгражданин у нас не значится. А в Центр и не подумал сообщить. Так что об аресте «Марка» наши узнали только из газет.
Поскольку американцы разрешили написать письмо, Абелю пришлось дать показания. Он заявил: «Я, Рудольф Иванович Абель, гражданин СССР, случайно после войны нашёл в старом сарае крупную сумму американских долларов, перебрался в Данию. Там купил фальшивый американский паспорт и через Канаду в 1948 году въехал в США».
Такая версия не устраивала американскую сторону. 7 августа 1957 года Абелю было предъявлено обвинение по трём пунктам: 1) заговор с целью передачи Советской России атомной и военной информации (полагался смертный приговор); 2) заговор с целью сбора такой информации (10 лет тюрьмы); 3) пребывание на территории США в качестве агента иностранной державы без регистрации в госдепартаменте (5 лет тюрьмы).