Афины еще держались, но после сицилийской катастрофы от них отпали многие союзники: острова Хиос, Лесбос, малоазийский Милет и др. По совету Алкивиада спартанцы в 413 году возвели укрепленный лагерь в Декелее, в 20 км от Афин, и повели блокаду города. В результате постоянных неприятельских набегов оказалось подорвано сельское хозяйство Аттики.
Основные силы афинского флота были направлены к Самосу, чтобы предотвратить переход на сторону противника полисов этого острова. Пелопоннесский же флот укрепился в Милете. Спартанцы заключили договор с персидским сатрапом Тиссаферном, признав суверенитет персов над малоазийскими греками. Персы же предоставили спартанцам субсидии на содержание флота. Пелопоннесский флот был усилен также эскадрами ионийских греков. Противостояние у Самоса было прервано в 411 году олигархическим переворотом в Афинах. Власть перешла к Совету четырехсот, избираемому только 5 тысячами наиболее богатых граждан. Олигархи попытались достичь соглашения со Спартой на основе Никиева мира. Однако спартанцы настаивали на полном отказе Афин от гегемонии на море. В это время афиняне потерпели поражение у Эретрии. Спартанцы заняли Эвбею, которая была богаче Аттики. Правительство четырехсот пало, и власть перешла к Ферамену, выражавшему интересы 5 тысяч наиболее состоятельных граждан. Одновременно Алкивиад перешел на сторону Афин, возглавил флот у Самоса. Ему удалось заручиться поддержкой персов и одержать несколько побед над пелопоннесским флотом. Благодаря этому удалось вновь наладить подвоз хлеба в Афины из греческих колоний на берегах Черного моря. В 407 году Алкивиад вернулся в Афины во главе флота из 200 триер с богатой добычей и пленными. Его сделали стратегом-автократором с неограниченной властью. Но править Алквиаду пришлось недолго.
Персы, обеспокоенные успехами афинян, предоставили новые субсидии спартанцам. Спартанский наварх Лисандр смог нанести поражение афинскому флоту у мыса Нетия. После этого Алквиада изгнали из Афин.
В следующем, 406 году, афиняне одержали свою последнюю крупную победу. Пелопоннесский флот был разгромлен у Аргинусских островах, а его начальник Калликратид, сменивший Лисандра, погиб. В начале боя афинский стратег Конон столкнулся у Лесбоса с основными силами спартанского флота и, потеряв 30 триер, укрылся в Митиленской гавани. Ему на выручку двинулись ПО афинских триер, подкрепленные 40 триерами союзников. У Калликратида было 170 триер, из которых 50 он оставил для блокады Митилены, а остальные двинул навстречу афинскому флоту у Аргинусских островов. Перевес афинян в 30 триер оказался решающим. К тому же флагманский корабль Калликратида был захвачен противником в самом начале битвы, что нарушило управление пелопоннесским флотом. Спартанцы потеряли 77 кораблей, а афиняне — только 25. Однако поднявшаяся буря не позволила похоронить погибших в соответствии с установленным обычаем. За это шесть афинских военачальников во главе с командующим флотом Фрасиллом были казнены.
С персидской помощью спартанцы восстановили флот и в 405 году разгромили афинян в морском сражении при Эгоспотамах в Гелеспонтском проливе. Перед этим Лисандр, благодаря персидским деньгам, вдвое повысил жалованье своим матросам и объявил, что такое же жалованье будут получать афинские гребцы, если перейдут к нему на службу. Это вызвало массовое дезертирство из афинских рядов.
В битве при устье реки Эгоспотамы афинским флотом в 180 триер командовал Конон, спартанским в 170 триер — Лисандр. В течение пяти дней оба флота, выстроившись в линию, стояли друг против друга, не вступая в бой. На шестой день Лисандр, выждав момент, когда неприятельские экипажи сошли на берег, чтобы пополнить запасы воды и пищи, атаковал. Одновременно на суше из-за Эгоспотамы внезапно перешла в наступление спартанская пехота. Спастись сумели только 9 триер под командой Конона, на которые успели сесть все гребцы. Суда же с неполным составом гребцов не могли маневрировать и стали легкой добычей спартанцев. Им досталась 171 триера и 3 тысячи пленных, которые были немедленно казнены.