Военная коллегия под Оренбургом перестала существовать 1 апреля 1774 года, после поражений Пугачева. Ее бумаги по приказанию Пугачева сожгли при отступлении на хуторе Углицком. Большинство ее членов, работников погибли в боях, попали в плен. Впоследствии на Урале Пугачев снова создал ее. Во главе коллегии встал Творогов И. А. Секретарем сначала стал Шундеев И. Я., а затем – Трофимов И. (беглый мценский купец под именем Дубровский А., впоследствии он попал в плен у Черного Яра и умер от пыток). Повытчиками – Седачев А. (из работных людей Вознесенского завода), а после его гибели у крепости Магнитной – Туманов Г. (переводчик конторы Воскресенского завода, один из самых боевых и активных пугачевских атаманов, действовавший в районе Челябинска и Миасса), а также Степанов Г. (бывший ранее заводским конторским писарем, впоследствии пропал без вести возле Черного Яра).
Члены «Государственной Военной коллегии» руководили пополнением и снабжением Большого войска, составляли манифесты, отправляли правосудие, присуждали наказания и награды, координировали действия отдельных отрядов, назначали их командиров и вводили казачье самоуправление в местах, «освобожденных» от помещиков, заводовладельцев и чиновников. Наконец, коллегия старалась поддерживать дисциплину своего Войска и боролась с самоуправством.
Повстанческие силы в Берде именовались Большим или Главным войском. Большое войско было поделено на полки по территориальному и этническому принципам. Войсковым атаманом Большого войска являлся командир полков яицких казаков Овчинников А. А., который также возглавлял Особую походную канцелярию, руководившую боевыми действиями повстанческой армии. Во главе илецких казаков стоял Творогов И. А. Казаков из Оренбурга и крепостей, форпостов, захваченных повстанцами, возглавлял Падуров Т. И. Во главе исетских казаков стоял Балдин П. З. Башкирский полк возглавлял Кинзя Арсланов, татарский (из Сеитовской или Каргалинской слободы) – Мусса Алиев и Садык Сеитов, калмыцкий (из Ставрополя-на-Волге) – Дербетев Ф. И., полк работных людей уральских заводов – Соколов-Хлопуша А. Т. Подпоручик Шванович М. А. возглавил полк пленных солдат. Во главе артиллеристов был поставлен Чумаков Ф.
Большинство данных руководителей получили чин полковника – обычное звание многих повстанческих командиров. Каждый полк делился на несколько команд из примерно 100 воинов в каждой, и возглавлялся выбранными офицерами, имевшими традиционные казацкие звания: сотник, есаул, хорунжий и т. д. На практике, однако, яицкие казаки через Военную коллегию управляли назначениями всех командиров.
На других территориях действовали местные отряды, которые назывались повстанцами армиями. Особо следует выделить среди них отряды, которые возглавляли Белобородов И. Н., бывший артиллерист, канонир, «главный атаман и походный полковник»; Чика-Зарубин И. Н., предводитель повстанческой армии под Уфой; Кузнецов И. С., бригадир, «главный российского и азиатского войска предводитель»; Салават Юлаев, «походный полковник» и бригадир; Грязнов И. Н., «главной армии» полковник. Свой отряд («корпус») Белобородов разделил на сотни – русскую (командир Варенцов С.), башкирскую (Азбаев Е.), марийскую (Оскин О.). Его «сибирский корпус», в котором командир поддерживал строгую дисциплину, пять месяцев воевал с врагами самостоятельно. 6 мая 1774 года он соединился с Пугачевым у крепости Магнитной.
Повстанцы воевали под знаменами, на которых имелись изображения восьмиконечного православного креста, Николая-чудотворца, Спаса, надписи (например, с текстом призывов пугачевских манифестов). Медали, которыми награждали отличившихся, делали из рублевых серебряных монет с портретом Петра I (медаль на погребение Петра I), их прикрепляли к лентам и носили на левой стороне груди. Они имели разные размеры – «побольше» и «поменьше», всего Пугачев вручил «с двадцать» экземпляров.
Пугачев назвал нескольких своих соратников именами главных министров Екатерины. Максим Шигаев стал «графом Воронцовым», Чика – «Иваном Чернышевым», Овчинников – «Паниным», Чумаков – «Орловым». Иногда вожаки восставших называли Берду Москвой, изба Пугачева именовалась «дворцом», а на ее стене висел портрет великого князя Павла Петровича – сына Петра III. Кроме того, у Пугачева имелась личная гвардия из 25 яицких казаков и адъютант – «генерал» Аким Давилин. Пугачев иногда осуществлял свой суд, сидя на «троне» на крыльце своего «дворца» в окружении двух казаков, а в руках держал символы власти – топор и булаву.