Прошли годы. Сад на берегу моря у дворца Гримальди в окрестностях Генуи, залитый лунным светом. Брезжит заря. Амелия с беспокойством ждет возлюбленного, молодого дворянина Габриеля Адорно. Он, как и старый падре Андреа, под именем которого скрывается Фьеско, принимает участие в заговоре патрициев против дожа, казнившего его отца. Андреа сомневается в глубине чувств Габриеля к Амелии и сообщает молодому патрицию, что она — сирота, взятая из монастыря и заменившая умершую дочь Гримальди. О том Же из уст самой Амелии узнает дож, прибывший во дворец Гримальди, чтобы посватать ее за своего фаворита Паоло. Услышав ее рассказ о детстве в уединенном домике на берегу моря, о встрече с неизвестной прекрасной дамой, Бокканегра убеждается, что Амелия — его потерянная дочь Мария. Теперь о браке с ненавистным ей Паоло не может быть и речи, и тот, оскорбленный отказом, решает похитить Амелию с помощью Пьетро.
Зал Совета. Дож окружен советниками — патрициями и плебеями, среди последних — Паоло и Пьетро. Бокканегра призывает забыть междоусобицы и примириться с вечной соперницей Генуи Венецией — ведь они дети одной матери. Но Паоло иронизирует над письмом Петрарки с призывом к миру, так вдохновивши дожа, и все советники стоят за объявление войны. С улицы доносятся крики, толпа плебеев следует за Габриелем, обвиняя его в убийстве. Советники-плебеи обнажают мечи против советов-патрициев, толпа требует мести патрициям, смерти дожу. Габриель, считая дожа виновным в похищении Амелии, бросается на него с мечом. Внезапно появляется сама Амелия и умоляет о прощении Габриеля. Рассказ Амелии о похищении вновь заставляет советников взяться за оружие. Бокканегра призывает их к миру, а трепещущего от страха Паоло, в котором подозревает виновника происшедшего, заставляет провозгласить проклятье похитителю, подхватываемое всеми присутствующими.
Кабинет дожа во дворце. Паоло, потрясенный проклятьем, мучимый завистью и жаждой мести, решает любым способом погубить Бокканегру. Он подсыпает ему в чашу медленно действующий яд и предлагает арестованным заговорщикам-патрициям убить дожа во время сна. Фьеско с презрением отказывается, а Габриель, поверивший словам Паоло, что дож сделал Амелию своей любовницей, решается на убийство. Возвратившийся Бокканегра, утолив жажду из чаши, погружается в сон. Габриеля, уже занесшего над ним меч, останавливает Амелия. Узнав истину, он умоляет возлюбленную и дожа о прощении, и Бокканегра посылает Габриеля вестником мира к заговорщикам, чьи призывы к оружию вновь будоражат город.
Празднично иллюминованная Генуя ликует, приветствуя кортеж новобрачных и славя Бокканегру. Паоло, приговоренный к смерти за измену, утешается тем, что дож умрет первым — подсыпанный им яд уже действует. Торжествующий Фьеско сообщает об этом дожу, и Бокканегра узнает в вестнике смерти своего старого противника, которого считал давно умершим, — отца Марии. Теперь он готов выполнить поставленное перед ним когда-то условие примирения — Бокканегра нашел свою дочь и возвращает ее Фьеско, который не может сдержать слез. Появляются счастливые новобрачные Амелия и Габриель в сопровождении пышной свиты. Весть о близкой смерти дожа поражает всех. Бокканегра благословляет молодую чету и счастливый умирает на руках дочери, завещав власть дожа Габриелю Адорно.
«Симон Бокканегра» — одна из наиболее мрачных опер Верди, написанная в темных тонах. С тревожной атмосферой жизни средневекового города, наполненной звоном оружия и бесконечными распрями, гармонируют суровые, властные, психологически сложные характеры Бокканегры, Паоло, Фьеско. Стремясь возможно правдивее передать мотивировки их поступков, противоречивость душевных переживаний, Верди широко использует вокальную декламацию, необычные хроматические гармонии, инструментальные лейтмотивы. Музыка развивается непрерывным потоком, не разделяясь на самостоятельные, замкнутые номера.