На следующее утро народ, собравшийся перед Успенским собором, покорно славит Бориса, согласившегося венчаться на царство. Но торжество не радует государя — тягостные предчувствия терзают его.
В келье Чудова монастыря старик-отшельник Пимен пишет правдивую летопись о Борисе, повинном в гибели законного наследника престола — царевича Димитрия. Подробностями убийства заинтересовался молодой инок Григорий Отрепьев. С волнением он узнает, что Царевич был его ровесником, и принимает дерзкое решение: назваться Димитрием и вступить в борьбу с Борисом.
Григорий появляется в корчме на литовской границе вместе со случайными попутчиками — беглыми монахами Варлаамом и Мисаилом. Входят пристава: они разыскивают Гришку Отрепьева. Читая царский указ, Гришка называет приметы Варлаама. Мнимого преступника схватывают, но обман обнаруживается, и Самозванцу приходится бежать.
Царский терем в Кремле. Борис утешает дочь Ксению, горюющую об умершем женихе. И в семье, и в государственных делах нет царю удачи. Тщетны его старания заслужить любовь народа, мучительны воспоминания о совершенном преступлении. Князь Василий Шуйский, хитрый и коварный царедворец, приносит известие о появлении в Литве Самозванца, назвавшегося именем Димитрия, которого поддерживают король и паны. Борис в смятении. Он сурово допрашивает Шуйского — свидетеля смерти Димитрия — действительно ли погиб царевич? Однако послушать рассказ Борис не в силах: ему мерещится призрак убитого младенца.
Девушки развлекают песнями скучающую в Сандомирском замке Марину Мнишек. Честолюбивая полька, мечтающая занять престол московских царей, хочет пленить Самозванца. В интересах католической церкви этого требует от нее и иезуит Рангони.
Вместе с толпой веселящихся панов Марина выходит из замка в сад. Здесь ее поджидает Самозванец. Хитростью и лаской Марина разжигает его любовь. Она будет принадлежать ему, когда он во главе польского войска овладеет Москвой и станет властелином Руси.
Площадь перед собором Василия Блаженного. Народ жадно ловит слухи о приближении Самозванца. Он верит, что Димитрий жив и спасет от произвола Бориса. Начинается царское шествие. Голодный люд протягивает руки с отчаянной мольбой: «Хлеба!». Юродивый бросает в лицо самодержца тяжкое обвинение: он просит Бориса зарезать обидевших его мальчишек, как он зарезал маленького царевича.
В Грановитой палате Кремля собралась боярская дума. Все взволнованы вестью о Самозванце. Запоздавший Шуйский рассказывает о тайных страданиях Бориса. Неожиданно перед взорами бояр предстает сам царь, в страхе отгоняющий от себя призрак ребенка. Муки Бориса достигают предела, когда намеренно приведенный Шуйским летописец Пимен повествует о чудесном исцелении слепого, помолившегося над могилкой Димитрия. Царь не выдерживает и падает без чувств. Очнувшись, он зовет сына Федора и, едва успев произнести последние слова напутствия и провозгласить его царем, умирает.
На лесной прогалине, близ селения Кромы, народ глумится над Борисовым воеводой, расправляется с попавшимися под руку иезуитами. Варлаам и Мисаил подстрекают взбунтовавшийся народ, рассказывая о пытках и казнях на Руси. Ярким пламенем разгорается восстание. Появляется Самозванец, все радостно приветствуют его. Но Юродивый предрекает народу новые невзгоды.
«Борис Годунов» — народная музыкальная драма, многогранная картина эпохи, поражающая шекспировским размахом, смелостью контрастов. Действующие лица обрисованы с удивительной яркостью и психологической проницательностью. В музыке с потрясающей силой раскрыта трагедия одиночества и обреченности царя, новаторски воплощен мятежный, бунтарский дух русского народа.
Пролог состоит из двух картин. Оркестровое вступление к 1-й выражает скорбь и трагическую безысходность. Хор «На кого ты нас покидаешь» сродни заунывным народным причитаниям. Обращение дьяка Щелканова «Православные! Неумолим боярин!» проникнуто величавой торжественностью и сдержанной печалью. 2-я картина пролога — монументальная хоровая сцена, предваряемая колокольным звоном. Торжественная величальная Борису «Уж как на небе солнцу красному» основана на подлинной народной мелодии. В центре картины — монолог Бориса «Скорбит душа», в музыке которого царственное величие сочетается с трагической обреченностью.
1-я картина I акта открывается кратким оркестровым вступлением; музыка передает однообразный скрип пера летописца в тишине уединенной кельи. Мерный и сурово-спокойный монолог Пимена («Еще одно, последнее сказанье») очерчивает строгий и величавый облик старца. Властный, сильный характер чувствуется в его рассказе о царях московских. Григорий охарактеризован как неуравновешенный, пылкий юноша. 2-я картина заключает в себе сочные бытовые сцены. Среди них — песни шинкарки «Поймала я сиза селезня» и Варлаама «Как во городе было во Казани» (на народные слова); последняя насыщена стихийной силой и удалью.