Но композитор занят не только созданием симфоний и струнных квартетов. Он руководит театром в Эстергазе. Под его руководством поставлено около 90 опер — как собственных, так и отредактированных им сочинений его современников. С итальянской труппой театра связана поздняя любовь композитора. Он признавался: «Моя жена была бездетной, и поэтому я… стал менее равнодушен к очарованию других особ женского пола». Одной из таких очаровательниц была 19-летняя неаполитанка Луиджа Польцелли. Муж певицы, много старше ее, был скрипачом. Их семейная жизнь не сложилась, и Луиджа отдала предпочтение 48-летнему Гайдну. Он испытывал к ней сильную страсть на протяжении многих лет. Добился продления ее контракта, упрощал вокальные партии и никогда не поручал главных, понимая ограниченность ее возможностей. Вряд ли эта длительная связь принесла ему настоящее счастье: Луиджа была ограниченна, корыстолюбива и постоянно требовала денег. Гайдн принимал деятельное участие в воспитании двух ее сыновей. Однако после смерти жены, несмотря на настойчивые требования Луиджи, не женился на ней (ему тогда было 68 лет) и в окончательном варианте завещания вдвое уменьшил предполагавшуюся первоначально пенсию, ибо «есть более ее нуждающиеся».
Основным жанром творчества Гайдна всегда оставалась симфония. На рубеже 60—70-х годов одно за другим появляются произведения патетические, нередко в миноре, которым позднее — не автором — даны соответствующие названия: № 49 (1768) — «Страсти», № 44 (предположительно — 1771) — Траурная, № 45 (1772) — Прощальная, которая до сих пор пользуется популярностью. В них отразились тяжкие переживания композитора, но в то же время слышится эмоциональный отклик на новое нарождающееся в немецкой литературе стилевое течение, получившее название «буря и натиск» (одно из самых известных произведений этого стиля — роман в письмах И. В. Гете «Страдания молодого Вертера»).
Наряду с патетическими в те же годы возникают симфонии иного склада. Одна из наиболее праздничных, блестящих, с трубами и литаврами — № 48, исполненная в Эстергазе 1 сентября 1773 года, когда имение посетила императрица. Об этом напоминает название «Мария Терезия», тогда как за другими симфониями закрепились заголовки, данные слушателями по поразившим их деталям музыки. Так, № 55, с четкими, педантичными вариациями второй части, известна под названием «Школьный учитель»; № 73, имитирующая в финале звучание охотничьих рогов, — «Охота»; № 82, с подражанием в финале наигрышам поводырей медведей на фоне гудящей волынки, — «Медведь»; № 83, с кудахчущей побочной темой первой части, — «Курица» и т. п.
Две последние симфонии входят в число Парижских (№ 82–87) и свидетельствуют о популярности Гайдна, перешагнувшей в 70—80-е годы границы Австрии. Они были написаны по заказу парижского концертного общества, носившего масонское название «Олимпийская ложа». Тогда же, в середине 80-х годов, композитор получает заказы из Мадрида (оратория «Семь слов Спасителя на кресте») и Неаполя (концерты для редкого инструмента — колесной лиры, на которой играл король), его произведения издаются в Лондоне, и конкурирующие английские антрепренеры приглашают его на гастроли. Но самое поразительное — 27 апреля 1781 года две симфонии Гайдна исполняются в Нью-Йорке! Имя его становится известным и в России. В конце 1781 года, когда в Вене находился будущий император Павел I, Гайдн посвятил ему 6 квартетов опус 33, получивших название «русских», а его супруге давал уроки игры на клавесине.
Эти годы озарены дружбой с Моцартом, которая никогда не омрачалась завистью или соперничеством. Моцарт уверял, что именно от Гайдна впервые узнал, как следует писать струнные квартеты, и посвятил своему старшему другу, которого обычно называл «папа Гайдн», 6 квартетов 1785 года, предпослав им трогательное предисловие. А Гайдн считал Моцарта «величайшим композитором, какого сейчас имеет мир» и всю жизнь вспоминал о впечатлении, которое производила на него игра Моцарта. Почти одновременно оба композитора вступили в масонский орден: Моцарт в ложу «Коронованная надежда», Гайдн — «К истинному единодушию» (1785). Однако в отличие от Моцарта масонской музыки Гайдн не писал. Два последних десятилетия жизни композитора резко отличны от предшествующих. Продолжая числиться придворным капельмейстером Эстергази, Гайдн наконец-то получил свободу. Это произошло в 1790 году, когда наследник князя Николауса распустил капеллу. Тогда же композитор переехал в Вену, а в 1791 году отправился на гастроли в Англию по приглашению лондонского импресарио Дж. П. Саломона. Согласно контракту, Гайдн должен был написать шесть симфоний и исполнить их в Лондоне, а, кроме того, сочинить оперу и 20 других произведений. Саломон предоставил в распоряжение композитора один из лучших оркестров того времени, состоявший из 40 человек и включавший кларнеты, которых Гайдн еще не использовал в симфониях. Полтора года пребывания в Лондоне, в течение которых были написаны симфонии №№ 93–98, стали для него поистине триумфальными.