Ученики, среди которых был д'Энди, появились у Франка в 1872 году — тогда его пригласили, наконец, в консерваторию. Учитель органа Бенуа ушел в отставку, и освободившееся место было предложено Франку. Очень скоро вокруг него стихийно собрались юные музыканты, которые «папашу Франка» предпочитали официальным профессорам композиции. Они выразили желание заниматься в «классе импровизации» на органе. «Этот класс органа, о котором я навсегда сохранил волнующее воспоминание, был долгое время в консерватории истинным центром обучения композиции, — продолжает свои воспоминания д'Энди. — …Высшая школа Франка, основанная на творениях Баха и Бетховена, но допускающая все устремления к новизне и вдохновению, привлекла к себе в то время молодые умы учеников, одаренных воображением и искренне влюбленных в искусство. Так и случилось, что, сам того не зная, наш учитель объединил вокруг себя все выдающиеся артистические силы, рассеянные по разным классам консерватории, не считая еще и частных учеников, приходивших на занятия в его тихую гостиную на бульваре Сен-Мишель, окна которой выходили (редкий случай в Париже) в тенистый сад…»
Франк стал наставником блестящей плеяды учеников, среди которых, кроме д'Энди, нужно назвать композиторов Э. Шоссона, А. Дюпарка, многих органистов, дирижеров, композиторов меньшего ранга, музыкально-общественных деятелей.
К ученикам Франка принадлежал и К. Дебюсси, также оставивший о нем письменные свидетельства. «Я хотел бы лучше запечатлеть образ С. Франка, чтобы каждый читатель смог унести в своей памяти точное воспоминание о нем… Этот человек, который был несчастным, непризнанным, обладал детской душой, настолько неистребимо доброй, что он мог созерцать всегда без горечи недоброжелательность людей и противоречивость событий», — пишет Дебюсси в одной из статей, посвященных своему учителю. П. Дюка, не бывший учеником Франка, но испытавший на себе его влияние, говорил: «Не было и не будет профессора менее деспотичного и более уважаемого».
Учеников привлекала не только обаятельная личность Франка. Он был непревзойденным знатоком старых мастеров, его занятия основывались на анализе творчества Баха, Бетховена и других выдающихся композиторов. Привлекали и его собственные произведения, отличавшиеся глубокой самобытностью.
Работал Франк чрезвычайно много. Летом он позволял себе уехать из Парижа в местечко неподалеку, но дважды в неделю приезжал играть на органе в церкви св. Клотильды, несмотря на то, что имел там заместителя. На даче он получал, наконец, единственную в году возможность творить не отвлекаясь. Осенью он радостно сообщал ученикам: «Я хорошо поработал летом. Думаю, вы будете довольны». Кстати, на его занятия приходили не только ученики — их посещали и многие известные композиторы, давно закончившие консерваторский курс. Был в их числе и Жорж Бизе.
К сожалению, признание композитор получил только в среде своих учеников. Его сочинения исполнялись редко и обычно сопровождались равнодушием публики и недоброжелательством критики. Лишь начиная с 1880-х годов концерты из его сочинений — становятся более частыми, с его музыкой знакомятся Брюссель, Антверпен, Гавр, Бордо и другие города. Известность пришла, в основном, через камерное творчество. Всемирно известный скрипач Э. Изаи, поклонник Франка, участвовал в исполнениях его квартета и квинтета. Именно Изаи Франк посвятил одно из самых известных своих сочинений — скрипичную сонату. Рукопись была послана скрипачу в качестве свадебного подарка. «Ничто на свете не могло бы доставить мне большей чести и счастья», — сказал растроганный Изаи. Соната вошла в его постоянный репертуар. На ее первом исполнении в Брюсселе присутствовал автор. «В этот вечер он был на вершине счастья. Никогда не видели этого человека, такого простого, мягкого, скромного, в состоянии подобной радости. Он буквально упивался своей музыкой», — вспоминал Изаи.