В 1861 году Брукнер сдал экзамены в Венской консерватории по органной игре и теоретическим предметам. Присутствовавший на экзамене известный дирижер И. Гербек отметил: «Он должен был бы испытывать нас, а не мы его». В том же году Брукнер обратился к еще одному педагогу — О. Китцлеру, капельмейстеру театра в Линце. У него музыкант прошел курс анализа форм на примере произведений Бетховена и инструментовку. Именно Китцлер познакомил Брукнера с современной музыкой, с сочинениями Листа и Вагнера. Особенно сильное впечатление произвели на Брукнера оперы Вагнера, которые шли в театре Линца. Брукнер страстно увлекся этой музыкой. Чтобы услышать «Тристана и Изольду», он поехал в Мюнхен, где познакомился с автором оперы и поставившим ее дирижером Гансом фон Бюловом.
Первые крупные произведения Брукнера, написанные в Линце — три мессы и симфоническая увертюра, вызвавшая одобрение Китцлера. Исполнение в Линце Первой мессы, монументального сочинения для солистов, хора и оркестра, прошло с триумфом — Брукнер был увенчан лавровым венком. После этого композитор решается создать симфонию, однако она, по мнению того же Китцлера, «больше ученическая работа, которую он писал не особенно вдохновенно». В течение 1863–1864 годов Брукнер пишет еще одну симфонию, но сам остается не удовлетворенным ею. Позднее она стала известна под № 0. Лишь в 1865–1866 годах появляется симфония, ставшая Первой. Так, только на пятом десятке композитор почувствовал, что ученичество кончилось.
К сожалению, начался трудный период в жизни Брукнера. Еще в 1860 году умерла его мать — единственный по-настоящему близкий человек. Девушка, в которую он был влюблен, отвергла его предложение. Тяжелый, подчас непосильный труд, к тому же плохо вознаграждавшийся, привел к тяжелейшей депрессии с симптомами душевной болезни. Сам Брукнер так описывал свое состояние в письме к одному из друзей: «У меня было чувство совершенного упадка и беспомощности — полное истощение и крайняя раздражительность! Я находился в ужаснейшем состоянии; признаюсь в этом только тебе, не говори никому ни слова. Еще немного, и я стал бы жертвой болезни и погиб навсегда…» Летом 1867 года композитор лечился на курорте, и уже тогда появилось навязчивое стремление пересчитывать все встречавшиеся предметы — окна домов, листья на деревьях, звезды на небе, булыжники на мостовой, бисер и жемчуг на вечерних туалетах дам, узоры обоев, пуговицы на сюртуках встречных. Ему казалось, что он должен вычерпать воды Дуная, чтобы и их измерить!
Одна только любовь к музыке поддерживает композитора. Он надеется, что новая его симфония, впоследствии ставшая Первой, получит признание в Линце и приобретет ему друзей. Но этим надеждам не суждено было осуществиться. Премьера Первой симфонии, состоявшаяся 9 мая 1868 года в Линце, прошла без успеха. Это стало для него еще одним сильнейшим ударом. Последовало обострение болезни. В письмах к И. Гербеку, когда-то давшему прекрасный отзыв на экзамене, а затем ставшему верным другом, он писал: «Я совершенно покинут и от всего мира уединен. <…> Искренне прошу, спасите меня, иначе я пропал!» У несчастного возникали фантастические проекты: переменить профессию и стать писцом, или переехать в Мексику, «или еще куда-нибудь, если нас не хотят знать на родине». Он чувствовал, что необходимо кардинально переменить жизнь.
Спасение пришло неожиданно. В Вене скончался его бывший учитель Зехтер. Перед смертью он назвал Брукнера как самого достойного своего преемника. Хлопотал за Брукнера и Гербек, имевший значительное влияние в музыкальных кругах. Брукнер не сразу согласился на переезд: столица пугала его, постоянная неуверенность в себе с болезнью еще более усилилась. К тому же оклад жалования, который ему предлагался, был слишком мал для приличной жизни в столице. Он не хотел больше терпеть постоянную нужду, в которой прошли лучшие годы жизни, и выдвинул свои условия. Они были приняты, и 6 июня 1868 года Брукнер стал преподавателем контрапункта и гармонии в консерватории Общества друзей музыки. Через три года он получил звание профессора. Считая себя недостаточно образованным, скромный по натуре музыкант, уже будучи профессором, в течение семестра слушал в университете лекции по истории музыки у Э. Ганслика — одного из крупнейших музыкальных авторитетов Вены. В 1875 году его пригласили читать лекции по гармонии и контрапункту в Венском университете, преподавал он одно время и в Учительском институте св. Анны, а, кроме того, стал органистом придворной императорской капеллы, где на первых порах исполнял свои обязанности бесплатно. Поначалу преподавание доставило ему немало горьких минут. Так, его непосредственный начальник, Л. Целльнер, специалист по музыкальной акустике и органу, поняв, что Брукнер станет для него опасным конкурентом, всячески унижал его, утверждал во всеуслышание, что тот «не органист» и советовал, вместо того, чтобы сочинять никому не нужные симфонии, заняться лучше фортепианными переложениями чужой музыки.