Четырехчастная симфония с развернутой программой, опубликованной в начале каждой части, — единственный случай в творчестве Чайковского (друзья верно почувствовали, что здесь он не «сам собой»). Тип литературного изложения, как и некоторые образы, близок Берлиозу, в третьей и четвертой частях прямо перекликаясь с его «Гарольдом в Италии».
Программа первой части наиболее подробна: «Манфред блуждает в Альпийских горах. Томимый роковыми вопросами бытия, терзаемый жгучей тоской безнадежности и памятью о преступном прошлом, он испытывает жестокие душевные муки. Глубоко проник Манфред в тайны магии и властительно сообщается с могущественными адскими силами; но ни они и ничто на свете не может дать ему забвения, которого одного только он ищет и просит. Воспоминание о погибшей Астарте, некогда им страстно любимой, грызет и гложет его сердце, и нет ни границ, ни конца беспредельному отчаянию Манфреда…»
Эта программа воплощена в трагической медленной части, совсем не похожей на сонатное аллегро, открывающее все симфонии Чайковского. Сопоставлены два контрастных образа — безотрадное, безнадежное, полное отчаяния настоящее и воспоминания о прошлом, светлом и невозвратимом. Крупная трехчастная форма включает ряд тем, развитие которых идет большими волнами. Первая тема, устремленная вниз, представляет собой напряженный монолог низких деревянных (бас-кларнет и 3 фагота), будто подхлестываемых резкими аккордами низких струнных. Вторая тема (струнные в унисон) упорно стремится вверх, несмотря на сдерживающие, направленные вниз подголоски и неустойчивые гармонии. Третья тема — с пунктирным ритмом, интонациями стона, вздоха, на беспокойном триольном фоне. Развиваясь, варьируясь, они чередуются, достигая кульминации, в которой слышится отчаяние. Это портрет главного героя. Резко контрастен средний раздел, начинающийся после генеральной паузы, — мажорное анданте с певучей темой, звучащей вначале как далекое воспоминание (струнные с сурдинами). Она вызывает ассоциации с другими лирическими темами Чайковского, особенно в развитии, в звучании деревянных с подголосками струнных, приобретая все более страстный, восторженный характер. Следующая напевная минорная тема подобна дуэту мужского и женского голосов. После грандиозного нарастания возвращается первая тема — тема Манфреда. Она звучит еще более скорбно, с несвойственным Чайковскому надрывным пафосом.
Заголовок второй части — «Альпийская фея является Манфреду в радуге из брызг водопада». Это легкое воздушное скерцо, полное изобразительных эффектов, невольно вызывает ассоциации со скерцо феи Маб из «Ромео и Джульетты» Берлиоза. С обычной для Чайковского изобретательностью рисуются в легких стаккато деревянных сверкающие на солнце водяные брызги. Тема варьируется, окрашивается в минорные тона, словно набежавшие облака на миг скрывают солнце, и возвращается в первоначальном виде. Наконец, остается лишь один затухающий звук, предвещающий явление из водопада самой феи. Это трио скерцо, построенное на распевной теме, как всегда у Чайковского, независимо от сюжета, узнаваемо русской. Светлую картину омрачает скорбный мотив Манфреда из первой части. Звучащий у валторны соло, он не сливается ни со светлой темой феи (флейты), ни с легкими брызгами водопада (стаккато струнных и деревянных) — герой одинок, его измученная душа не может обрести покоя. Реприза скерцо — картина водопада, в струях которого на миг, вместо альпийской феи, является Манфред.
Медленная третья часть — «Пастораль. Картина простой, бедной, привольной жизни горных жителей». Чередующиеся мелодии напоминают непритязательные пастушьи наигрыши (гобой, валторна, деревянные духовые, подражающие волынке). Развитие этих тем образует большую волну нарастания, на гребне которой трагическим контрастом является искаженная тема Манфреда у труб, играющих с предельной силой (четыре форте) на фоне тремоло литавр: «Как судороги молча рыдающего человека, как еле слышные и сдавленные стенания, сотрясаются мрачные аккорды на фоне ударов колокола» (А. Должанский). Возвратившиеся свирельные наигрыши звучат более тревожно, словно омраченные трагической темой Манфреда.