В то время покаяние в измене царю было ознаменовано в первую очередь прославлением в лике святых царевича Димитрия, св. мощи которого были открыты для поклонения в Архангельском соборе Кремля. Перед св. мощами матерь царевича (инокиня Марфа) и принесла «всенародное покаяние» (т. е. публичное перед всем народом), называя себя виноватой пред царем, собором, всем народом и более всего пред своим сыном, что признала Самозванца.
Позже представители мирян подали в руки патр. Иову покаянную челобитную, в которой перечисляли ряд своих измен и клятвопреступлений и просили, чтобы патриархи простили им измены царю. В ответ была прочитана разрешительная грамоту патр. Иова, который сам был участником событий времени царя Бориса. В ней патр. Иов утверждал, что как прежде он заклинал народ быть верным царю Борису, так теперь он от этих своих клятв разрешает народ и сам просит у народа за них прощения.
Осмысление этого исторического события показывает, что покаяние приносили реальные клятвопреступники и изменники царю, причем покаяние они приносили именно тому Патриарху, через которого они приносили присягу Государю, и который наложил клятву за измену царям Борису и Феодору.
В качестве аргумента о возможности принесения покаяния за умерших ревнители соборного покаяния ссылаются на просьбы представителей мирян, чтобы патр. Иов простил и разрешил эти преступления не им только одним, обитающим в Москве, но и жителям всей России, и тем, которые уже скончались.
В ответ на такие доводы следует отметить, что ни архиерей, ни священник никогда не разрешают грехов ни живущим, ни почившим православным христианам, если те не принесли Богу посильное покаяние в совершенных ими грехах. Иначе происходит профанация Таинства Покаяния, когда объявляется о прощении тех грехов, в которых человек не кается или даже вовсе не совершал. Когда во время Чина погребения священник читает Разрешительную молитву, он просит Бога о прощении тех грехов умершего, в которых он раскаялся, но не успел еще принести достойных плодов покаяния.
Поэтому и факт разрешения грехов участников Смуты в 1607 г. не является для нас поводом для устроения особого Чина покаяния за измену царю и убийство царской семьи. Подобные действия скорее уводят человека от реального покаяния, отвлекают его от осознания тех грехов, которые действительно отделяют его от Бога. К тому же в утверждениях о виновности всей России и даже церковных людей в цареубийстве видна попытка переложить вину подлинных виновников цареубийства на Церковь и тех, кто к этому не имеет никакого отношения.
Рассматривая необходимость покаяния россиян в грехе цареубийства невозможно не вспомнить слова Святейшего Патриарха Алексия II о том, что «начало русской истории было отмечено убиением Святых страстотерпцев Бориса и Глеба, и не в сем ли грехе коренятся последовавшие за ним народные беды?». Но почему же ныне призывают каяться именно в убийстве царской семьи? Почему не говорится о страстотерпцах Борисе и Глебе, о гонениях на свт. Тихона Исповедника и великом сонме Новомучеников и Исповедников Российских? Ведь мы помним, что в годину лихолетья пострадали сотни тысяч священнослужителей и большинство архиереев. Почему в их убийстве не призывают каяться сторонники «всенародного покаяния»?
Осмыслению феномена «соборного покаяния» было посвящено заседание Священного Синода Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, состоявшееся 20 апреля 2005 г.:
«Священный Синод имел суждение об исходящих от некоторых групп православных мирян инициативах проведения «покаянного крестного хода» из разных епархий в Москву ко дню годовщины убиения святых страстотерпцев императора Николая Александровича, членов его семьи и пострадавших с ними…
В Таинстве Покаяния исповедующий свои грехи получает прощение от священника и разрешается от грехов Самим Господом Иисусом Христом. Это Таинство примиряет и воссоединяет человека с Церковью, восстанавливает его в благодатной жизни во Христе и устраняет средостение между Богом и человеком, возникающее по причине греховных деяний, совершенных конкретной личностью. Священный Синод напоминает, что в Церкви существуют вполне определенные формы совершения Таинства Покаяния, укорененные в Священном Предании и освященные многовековой традицией. Отступление от этих форм представляется неоправданным и излишним. История Церкви знает примеры всенародного молитвенно-покаянного подвига, подъемлемого ради нравственного очищения народа во времена смут и нестроений. В частности, церковное священноначалие неоднократно призывало к осмыслению и нравственной оценке греховных деяний, совершенных в минувшем столетии, когда, по слову святителя Тихона, «грех помрачил народный разум… разжег повсюду пламень страстей, вражду и злобу», что стало причиной гонений на Церковь, поругания святынь, братоубийства, в том числе убиения святого страстотерпца императора Николая Александровича и его семьи.