Патриарх и Священный Синод дважды, в связи с 75-летием и 80-летием страдальческой гибели царской семьи, призывали ко всенародному покаянию в этом грехе. Верим, что многие чада нашей Церкви принесли Богу такое покаяние, которое выражалось в стремлении изгнать из своей жизни греховное помрачение и равнодушие к судьбам Церкви и Отечества, сделавшее некогда возможными гонения на Церковь, погружение страны в пучину братоубийственной ненависти и кровопролития.
Истинным плодом принесенного покаяния стало совершающееся возвращение народа на стези веры, благочестия и жизни во Христе, а видимым его свидетельством — причисление Русской Православной Церковью царской семьи и новомучеников и исповедников к лику святых на Юбилейном Архиерейском Соборе в 2000 году.
Покаянное осмысление исторической трагедии, постигшей наш народ, не должно сопровождаться утверждениями о неизменной и уникальной приемлемости для православных христиан того или иного государственного строя. Священный Синод напоминает, что учение Церкви о государственном устройстве было ясно выражено в «Основах социальной концепции Русской Православной Церкви».
Признавая право священнослужителей индивидуально высказывать частное мнение по различным вопросам, Священный Синод с прискорбием отмечает, что в последнее время некоторые пастыри и, к сожалению, в редких случаях даже архиереи, позволили себе участвовать в коллективном подписании текстов, расходящихся по содержанию с Соборными определениями. Это фактически приводит к созданию групп, предпочитающих соборному рассуждению, которое происходит в канонически установленных формах, организованное выражение односторонних мнений, не разделяемых всей Церковью. Священный Синод определяет, что такие действия противоречат каноническому соборному строю Церкви, и указывает на их недопустимость для священнослужителей».
Заключение Синода РПЦ показывает, что цитирование слов Святейшего Патриарха Алексия II о необходимости «всенародного покаяния» в качестве благословения на создание нового Чина всенародного покаяния неправомерно и расходится с мнением Священноначалия Русской Церкви. «Осознанно или неосознанно, но проповедники этих псевдоправославных идей объективно работают на дискредитацию Православия в глазах российского общества, на ослабление и раскол Церкви».
В том же 2005 году кроме Патриарха и членов Синода о новоявленном Чине всемирного покаяния за царя свое отношение выразили и другие архиереи Русской и Украинской Церкви. По мнению митрополита Воронежского и Борисоглебского Сергия «чин соборного всенародного покаяния в грехе цареубийства искусственно навязан Церкви людьми, которые стремятся добиться ее раскола. Вместо того чтобы показывать красоту Православия и прививать нравственный образ жизни людям, их начинают сбивать с толку».
Архиепископ Львовский и Галицкий Августин в своем докладе на Международной богословской конференции «Эсхатологическое учение Церкви» высказал мнение, что «чины всенародного покаяния» выдумываются невоцерковленными людьми в противовес чину таинства личного покаяния (зафиксированного в Требнике)».
Таким образом, в 2005 г. Священноначалие Русской Церкви недвусмысленно высказалось относительно самочинного «Чина покаяния за царя». Однако «ревнители покаяния», к сожалению, не вняли голосу Церкви, и продолжают распространять свои воззвания по всем епархиям РПЦ. В этих листовках размещается фотография Святейшего Патриарха Алексия II, а также его высказывания относительно необходимости покаяния всего русского народа, которые вырваны из контекста его высказываний, и совершенно не относятся к инициативе проведения покаянных шествий к памятнику царя.
Это показывает, что составители подобных листовок намеренно вводят в соблазн вех верных чад Русской Церкви, лукаво играя на их доверии к словам Первоиерарха Русской Церкви.